Estos soldados, guardias fronterizos y agentes aduaneros deben custodiar los lugares históricos y religiosos serbios y también estar presentes en los puestos fronterizos. Nace la semilla del temor en los habitantes serbios al considerar las probables venganzas de los albanokosovares pero especialmente del ELK. Los siguientes pasos serán la entrada de 50.000 soldados de la fuerza de intervención en Kosovo por tres frentes.
Kosovo fue divida en cinco aéreas que estará controladas por Estados Unidos, Francia, Italia y Alemania. El balance de los 78 días de bombardeos en cuanto a las bajas yugoslavas civiles: muertos 2.000, heridos 6.000; militares, muertos 5.000, heridos, 10.000. En cuanto a los objetivos militares, el 41% de las reservas de petróleo del ejército yugoslavo fueron destruidas y el 50% de los arsenales en Kosovo fueron eliminados. En cuanto a la infraestructura civil, fueron destruidos 34 puentes y viaductos, 100 hospitales y centros médicos, 25 plantas de radio y televisión y 8 aeropuertos. El 10 de junio, Occidente aprueba el Pacto de Estabilización para el Sudeste de Europa, un plan cuyo fin es restablecer la fuerza económica de la región de los Balcanes, democratizarla y sentar así las bases políticas para prevenir conflictos como el de Kosovo.
El proyecto prevé una inversión de más de 7.500 millones de dólares por parte de la Unión Europea y la posibilidad de que los países de los Balcanes firmen en el futuro convenios de asociación con la UE. Entre 1.300 y 2.200 millones de dólares provendrán del Fondo Monetario Internacional y el Banco Mundial. La UE y el BM se encargarán de evaluar y coordinar la ayuda para al menos seis países vecinos a Kosovo: Albania, Bosnia, Croacia, Macedonia, Bulgaria y Rumania.
El 11 de junio, un convoy de soldados entró en la capital de Kosovo, Prístina, violando el acuerdo entre Rusia y la OTAN. Moscú declaró que fue un 'error'. Este hecho repercutirá en los días siguientes. El 12 de junio, los británicos entran a Kosovo en helicópteros. Buscan controlar la ruta a la capital. Por otro lado, el secretario general de la ONU, Kofi Annan anuncia que el diplomático brasileño, Sergio Vieria de Mello encabezará provisionalmente la misión civil internacional en Kosovo. Vieria de Mello es el subsecretario general de la ONU para Asuntos humanos y coordinador de Socorro en Emergencias. Pristina queda sin agua potable luego que el ELK atacó las instalaciones estratégicas. Según el acuerdo, las tropas internacionales deben desarmar a todas las unidades paramilitares entre ellos el ELK. El ELK representará un papel importante y se resistirá a la desmilitarización. Se mantuvo una disputa entre militares británicos y rusos por el control del aeropuerto de Prístina y sobretodo por la tensión que generó la llegada a Kosovo de los militares rusos previa a los de los británicos.
El 13 de junio se descubre que no solo Yelstin sabía del ingreso de tropas rusas en Kosovo sino que habría sido el mismo quien dio la orden de entrar antes que la OTAN. Mientras, la OTAN completa el despliegue de 14.000 soldados en Kosovo. A pesar de esto, los aliados no logran controlar el caos. El 15 de junio los ultranacionalistas serbios anuncian su salida del gobierno dejando al presidente Milosevic sin mayoría en el Parlamento. La Iglesia Ortodoxo serbia exigió la renuncia de Milosevic y también acusó a la dirigencia de Belgrado de ser incapaz de resolver la trágica situación que atraviesa Yugoslavia. Milosevic continua recorriendo el país y pone en marcha un programa de reconstrucción de viviendas.
Ante la falta de una verdadera oposición y una creciente devoción religiosa por parte de los serbios, el comunicado de la Iglesia Ortodoxa tiene gran peso. El poder del ELK crece y la amenaza de su poder se siente por toda la provincia serbia. La huida de los serbios se vio dificultada por las agresiones de los albanokosovares y el ELK. El 16 de junio, los rebeldes anuncian que consideran a los rusos como una fuerza enemiga. Moscú lo tomó como una declaración de guerra y demandó de inmediato el desarme de la guerrilla. El 17 de junio, Milosevic favorece a la convocatoria de elecciones anticipadas para que pueda legitimar su régimen y permanecer en el poder. No puede permitir que la oposición se organice y lo destituya del poder. Mientras, en Kosovo, continúan los ataques contra los serbios.
Los separatistas incendiaron dos monasterios medievales de la Iglesia Ortodoxa serbia. También atacaron otros dos templos y secuestraron a un religioso. Clinton excluyó todo intento de la OTAN de capturar en Belgrado a Milosevic para entregarlo al Tribunal Penal Internacional para ser juzgado por crímenes de guerra. El 18 de junio Estados Unidos y Rusia llegaron a un acuerdo sobre la participación de tropas rusas junto con las fuerzas de la OTAN en la supervisión de la paz en Kosovo. El reparto de 3.600 soldados rusos en la Fuerza de paz para Kosovo (KFOR), se realizará en tres zonas: la estadounidense, la francesa y la alemana. Las tropas rusas servirán bajo comando y control de Rusia pero trabajarán con los mandos de la OTAN en cada uno de los sectores de las fuerzas aliadas. El aeropuerto de Prístina estará abierto a todos los países. Este era uno de los requisitos básicos exigidos por la OTAN. El otro era la preservación de la unidad de comando.
La participación de Rusia en la KFOR es considerada clave para intentar frenar el éxodo masivo de los civiles serbios. La guerrilla continua tomando represalias. El EKL se rehusa a desarmarse. Como reconocimiento por su papel en la resolución de la guerra de Kosovo, los siete países más ricos del mundo (G7) decidieron ayudar a Rusia a sanear su deuda externa. Hubo, sin embargo, una nueva fricción por la cual Rusia reclama que no se ponga como condición la salida de Milosevic en la financiación para la reconstrucción de Yugoslavia. La postura occidental fue firme al respecto y anunció que mientras Milosevic esté en le poder, el dinero no llegará a Serbia.
El 20 de junio el ejército yugoslavo completó su retirada de Kosovo. La OTAN y el ELK firmaron un acuerdo para la desmilitarización de la organización separatista y pone fin a su existencia como fuerza militar. El acuerdo establece que la guerrilla depondrá todo armamento en un período de 30 días, excepto las armas de bajo calibre. Los integrantes de la guerrilla que sean de nacionalidad extranjera deberán salir de Kosovo. Además, el ELK debe acatar la autoridad de las fuerzas de paz de la OTAN en Kosovo y comprometerse a no realizar actividades de tipo militar.
El 21 de junio una bomba de la OTAN mató por error a cuatro personas cuando explotó al ser trasladada. El 22 de junio alrededor de 180.000 refugiados regresaron a Kosovo desde el fin de los ataques de la OTAN según la ACNUR. Aún quedan 8000.000refugiados en el exterior. El 23 de junio congelan los bienes de Milosevic tras un pedido del Tribunal Penal Internacional que ha pedido la captura de Milosevic para ser juzgado por sus crímenes internacionales.