A diarréia ocorre quando o processo absortivo encontra-se comprometido. As enzimas não atuam de forma efetiva e a absorção através dos vários mecanismos ( transportes ativos, difusão e osmose) encontra-se desequilibrada.

Os vários microorganismos são as principais causas da má absorção em crianças. Esse fato atua sobre as reações enzimáticas e impede a redução das partículas ingeridas às formas necessárias para o reconhecimento de receptores celulares e posterior englobamento.

Assim, a alta concentração de partículas no tubo digestivo faz com que a água que estava mobilizada no compartimento extracelular se desloque por osmose para o tubo e se junte à água não absorvida que se manteve unida às partículas que não sofreram captação ativa ou passiva. O distúrbio é denominado hidroeletrolítico, pois a água não é eliminada isoladamente. Ao passar por osmose do meio extracelular para o tubo digestivo, a água segue um gradiente de concentração e, portanto, é eliminada juntamente com os íons. Perde-se muitos íons bicarbonato, que tinham a função de neutralizar no intestino a acidez vinda do estômago. Desta forma, o organismo torna-se menos alcalino, tem-se uma acidez metabólica. O tampão sangüíneo suaviza os efeitos dessa acidose metabólica.