Die Welt der Zukunft ist eine Welt geprägt von Cyberspace, Menschen Surfen zusammen mit künstlichen Intelligenzen im Netz und einzig das Vorhandensein einer Seele (Ghost) unterscheidet noch wer lebt und wer nicht.

In diesem Umfeld arbeitet Major Motoko Kusanagi in der Section 9 der Sicherheitskräfte, einer Abteilung die sich mit Cyberverbrechen beschäftigt. Motoko selber ist ein Cyborg (künstlicher Mensch, menschliches Gehirn und Machinenhülle), ihr Körper ist nur mehr eine Hülle (Shell) für ihr Gehirn (Ghost). Sie und ihr Team verfolgen einen Kriminellen, einen "Ghosthacker" namens "Puppet Master", der in die Seele von Menschen eindringt und diese für seine Machenschaften umprogrammiert und mannipuliert. Meißt können diese Menschen nicht wieder in die Realität zurückgeholt werden oder geheilt werden. Viele Menschen sind ihm schon zum Opfer gefallen. Als Major Kusanagi genauer nachforscht findet sie heraus das dieser sogenannte "Puppet Master" kein Mensch ist sondern eine künstliche Intelligenz darstellt die im Internet geboren wurde undheranwuchs. Doch er sucht etwas ganz bestimmtets, er sucht sie.....Er sucht Kusanagi um  mit ihr zu verschmelzen.  Wird es schaffen? Was steckt dahinter?

Findet es selbst heraus.....