In Bauplänen von Rudolphi und anderen geht hervor, dass zum Zeitpunkt der Projektierung und Bauausführung unter der neuerbauten Schlosskirche noch keine Fürstengruft geplant war. Erst nach dem Tod von Herzog Ernst I. 1675, der als Begräbnisstätte für sich und seine Familie die Margarethenkirche in Gotha zur Neueinweihung am 25. April 1652 bestimmte, begann man zügig mit den Projektierungs- und Bautätigkeiten für die herzogliche Begräbnisstätte.

Glaubt man den Angaben der Chronisten, so wurde sie um 1679 eingeweiht.

"Unter der Schloßkirche, mit dem Eingange unter der Orgelempore, wurde 1679 die Gruft eingerichtet, also erst nach dem Tode Ernsts des Frommen, so daß seine Leiche in seinem Bau noch keine Ruhestätte finden konnte. Erst sein Sohn, der prachtliebende Friedrich I., wurde als erster hier bestattet, nach ihm noch weitere 18 Mitglieder des Herzoghauses, bis zum Aussterben der Gotha-Alteburger Linie. Die Sarkophage zeigen in der Mehrzahl gute Guß- und Ziselierungsarbeiten (Ziselierung: <ciseau> = Meißel. Darunter versteht man das Einarbeiten von Mustern und Ornamenten in polierte Metalloberflächen mit Sticheln, Punzen o.ä. Die Bezeichnung wird auch für das Nacharbeiten von Nahtstellen bei Bronzegussstücken verwendet.) in Silber und Kupfer mit reichem ornamentalen und figürlichen Schmuck. Der beste dürfte in dieser Hinsicht der der Gemahlin Friedrich I. sein mit sehr feinen Rosen- und Lorbeergebinden. Friedrichs Sarg zeigt guten Palmenschmuck mit dazwischen komponierten trauernden Knabengestalten; das angebrachte Wort "Eitelkeit" dürfte Beziehung haben zu dem so genannten Ostturm des Schlosses. Eine auffallend gute Arbeit ist der Sarg seines im Jahre 1707 bei Toulon gefallenen Sohns; in sehr tüchtiger Modellierung sind die Szenen der Schlacht dargestellt, umgeben von einer Menge Ornamente, die aber an keiner Stelle die große Linie vermissen lassen."

Den Besucher erfasst ein eigenartiges Gefühl, wenn er neben den Särgen der bedeutenden Persönlichkeiten steht, die die Gothaer Geschichte wesentlich mit beeinflusst haben. Hier scheinen Jahrhunderte miteinander verwachsen zu sein. Sehr emotional wirken die vergleichsweise zahlreichen Särge, in denen Kinder beigesetzt worden sind. Auch in den fürstlichen Familien war die Kindersterblichkeit hoch.