ณ โลกดิจิตอล ออมนิมอน (Omnimon) ต่อสู้กับเมฟีสมอน (Mephismon) ระหว่างการต่อสู้นั้น เมฟีสมอน (Mephismon) ได้สร้างช่องว่างที่เชื่อมระหว่างมิติขึ้น และหลบหนีสู่มิติอื่น

ณ โลกของเรา ทาคาโตะ วางแผนเพื่อเดินทางไปเยี่ยมญาติ ที่ชื่อ ไค (Kai) ที่เมืองโอกินาว่า ในช่วงหยุดซัมเมอร์ แรกๆ ทาคาโตะไม่ค่อยจะสนใจนัก จนกระทั่งได้เขา และกิลมอน ได้รู้จัก กับไค (Kai) และไปว่ายน้ำเล่นในมหาสมุทร ทาคาโตะรู้สึกมีความสุขที่สุด

จากนั้น ทาคาโตะ และไค ได้พบกับมินามิ (Minami) เด็กหญิงที่กำลังถูกดิจิมอนที่คลุ้มคลั่งไล่ล่าอยู่ ทั้งสองจึงเข้าช่วยเธอไว้

"ทำไมดิจิมอนจึงปรากฎตัวขึ้นในโลกแห่งความจริงได้" ทาคาโตะรู้สึกกังวล เวลาเดียวกันนั้นที่โตเกียว ริกะ และเรนามอนก็ได้พบ และต่อสู้กับดิจิมอนอีกตัวหนึ่งเช่นเดียวกัน…

(ภาพย้อนกลับไป) ขณะที่มินามิกำลังหลบหนีจากห้องทดลอง VP. (VP. Laboratories) ซี่งเป็นบริษัทผู้ผลิตซอฟต์แวร์ V- pet ที่มีชื่อเสียง คุณพ่อของมินามิ, ทาคาฮิโตะ ทำหน้าที่เป็นโปรแกรมเมอร์ และผู้สร้าง V-pet เขารู้สึกถึงสิ่งไม่ชอบมาพากลที่เกิดขึ้นกับ V- pet . เขาจึงมอบ โน็ตบุคที่มีข้อมูล เกึ่ยวกับ V-pet ให้กับ มินามิเพื่อนำออกมาจากบริษัท และดิจิมอนที่ไล่ล่ามินามิ ก็คือส่วนหนึ่งของข้อมูลที่อยู่ใน โน็ตบุคเครื่องนั้นนั่นเอง

โปรแกรมต้นแบบ V-pet อยู่ในคอมพิวเตอร์ ในครั้งแรก ทาเคฮิโตะได้สร้าง V-pet เพื่อปลอบโยนลูกสาวของเขาที่สุนัขที่ชื่อ ไม (Mei) ของเธอตายเนื่องจากอุบัติเหตุในมหาสมุทร แต่มินามิคิดว่า V-pet ไม่สามารถแทนสุนัขที่เธอรักได้ และโทษตัวเองที่ทำให้ ไม ต้องตาย ทาคาโตะเองเมื่อได้ฟังเรื่องราวทั้งหมดก็ได้พยายามปลอบใจมินามิ…

พวกเขาตัดสินใจให้มินามิซ่อนตัวที่บ้านของไค แต่ในที่สุดพวกมันก็หาเธอจนพบ ทาคาโตะพยายามปกป้องมินามิเต็มที่ ระหว่างการต่อสู้ดิจิมอนในโน็ตบุคก็ปรากฏตัวขึ้น มันคือ ชิซามอน (Shiisamon) ดิจิมอนที่เกิดจากโปรแกรม V-pet เพื่อปกป้องมินามิ ชิซามอนเข้าต่อสู้เคียงข้าง ทาคาโตะ และ กิลมอน แต่แล้วมินามิตกอยู่ในวงล้อมของเหล่าดิจิมอนวายร้าย และถูกลักพาตัวไปได้ในที่สุด

จากนั้น V-pet ที่กระจายอยู่ในคอมพิวเตอร์ทั่วประเทศเริ่มคลุ้มคลั่ง และสร้างปัญหาให้กับเครื่องคอมพิวเตอร์ที่พวกมันอาศัยอยู่ ในที่สุด เหล่า V-pet ทั้งหลายก็หลุดสู่โลกแห่งความจริง

เพื่อช่วยเหลือมินามิ ทาคาโตะ จึงตัดสินใจเดินทางไปยัง ห้องทดลอง VP แต่แน่นอนที่สุด เขาต้องเผชิญกับเหล่าดิจิมอนที่มุ่งทำร้ายเขา จนกระทั่งเขาที่ลอบเข้าไปใน ห้องทดลอง VP และได้ช่วยเหลือ มินามิ และ คุณพ่อของเธอ แต่ ทามาชิโร่ ประธานบริษัท VP ได้ขังพวกเขาทั้งหมดไว้ ความจริงแล้ว ทามาชิโร่ ก็คือ ร่างแปลงที่ เมฟิสมอน สร้างขึ้น

ขณะเดียวกัน ริกะ และเฮนรี่ ได้เดินทางจากโอกินาว่าเพื่อช่วยเหลือทาคาโตะ ระหว่างทางได้ต่อสู้กับเหล่าดิจิมอนที่ขัดขวางการเดินทางของพวกเขา ทั้งสองได้รับสัญญาณขอความช่วยเหลือ "ฉันต้องการความช่วยเหลือจากพวกนาย…."

ภาพตัดกลับไปที่ออมนิมอนซึ่งกำลังตามหาเมฟิสมอน ได้พบกับริกะ และเฮนรี และได้นำทางพวกเขาสู่โอกินาว่าเพื่อพบกับทาคาโตะ

ในที่สุดความจริงก็ปรากฎ เมฟิสมอนที่ซ่อนตัวอยู่ใน V-pet ในรูปของไวรัส และมีจุดมุ่งหมาย ที่จะขยายตัว และทำลายโลก คุณพ่อของมินามิ รู้ว่ากำลังเกิดสิ่งไม่ดีขึ้นจึงได้สร้าง ลาบร้ามอน (Labramon) ขึ้นในคอมพิวเตอร์ และมอบให้กับมินามิซึ่งลาบร้ามอน ก็คือ ชิซามอนนั่งเองด้วยพลังของ เมฟิสมอน ทำให้ชิซามอนคืนร่างเดิม เป็น ลาบร้ามอน ถึงแม้ว่า กิลมอนจะพัฒนาร่างเป็น โกรวมอน (Growlmon) แต่มันก็ไม่สามารถทำอะไร เมฟิสมอนได้

"เหล่าดิจิมอนของข้าได้กระจายไปทั่วโลกแล้ว มนุษย์ต้องถูกทำลาย" เมฟิสมอนหัวเราะ

"ฉันไม่ยอมให้เป็นอย่างนั้นหรอก" ออมนิมอนมาถึงพร้อมกับริกะ และเฮนรี่

เทมเมอร์ทั้งสามได้อยู่พร้อมหน้ากัน และร่วมมือกันต่อสู้กับเมฟิสมอนอีกครั้ง แต่พวกเขาก็ต้องแพ้อีกครั้ง โกรวมอน, การ์โกมอน และเคียวบิมอน ไม่สามารถทำอะไรมันได้

โกรวมอนได้รับบาดเจ็บจากการปกป้องมินามิ มินามิเสียใจและเข้าไปหา โกรวมอน มินามิตะโกนเรียกชื่อของ" ไม…..." สุนัขที่เธอรัก ซึ่งนั่นเป็นคีย์เวิร์ดที่ทำให้โปรแกรม วัคซีนทำงาน และกำจัดไวรัสของ เมฟิสมอนทีละตัวๆ จนหมด จากนั้น ลาบร้ามอนก็ทำลายตัวเองลง

เมฟิสมอนถูกโกรวมอน และเพื่อนๆดิจิมอน โจมตีจนเอาชนะได้ เมฟิสมอน ได้พัฒนา เป็น กลาฟมอน (Galfmon) โกรวมอน และเพื่อนๆ จึงพัฒนาเป็น วอร์โกรวมอน, แรพพิคมอน, และ ทอมอน สามร่างสุดยอดได้รวมพลัง ทินิตี้ ฟอร์ซ (Trinity Force) โจมตีและเอาชนะ กลาฟมอนได้