Dans la saison 3, Digimon Tamers, oubliez tout ce que vous connaissez au sujet de Digimon car cette fois c'est réel!

Avec trois nouveaux enfants de West Shunjuku (Tokyo), cette nouvelle saison de Digimon a encore plus d'action et d'aventure que jamais! Bien sûr, quand on parle d'une nouvelle saison, on parle aussi de nouveaux digivices. Cette fois il s'agit des D-Arc. Ces digivices ont une fente sur le dessus pour y insérer des cartes, dans le but d'augmenter la puissance des digimons. En anglais, ils appelent ce principle Card Slash.

Takato est un vrai fan de digimon et adore jouer au jeu de cartes digimon. Imaginez donc sa surprise quand il créé accidentellement son propre digimon, Guilmon, qui prend vie dans le vrai monde à cause d'une mystérieuse carte bleue! Cependant, il n'est pas le seul enfant à possédé un digimon.

Henry et Terriermon deviennent rapidement amis avec Takato et Guilmon, mais pour ce qui est de Rika et Renamon, c'est une toute autre histoire. Rika croit que les digimons sont là seulement pour une raison: combattre d'autres digimons. Quand une étrange dimension se forme entre la Terre et le monde digital, les enfants n'ont d'autre choix que de mettre leur differences de côté pour combattre les plus puissants digimons jamais vu. Ils ne vont pas être seuls pour accomplir cette dure tâche. Kazu et Kenta (2 amis de Takato), Jeri (la fille que Takato aime!), Suzie (la soeur d'Henry) et quelques autres vont aussi les aider dans leur quête pour sauver le digimon mais aussi le monde réel.

Pour se digivolver dans le vrai monde, ils vont avoir besoin de l'aide d'un curieux petit digimon, sans partenaire humain, appelé Calumon. Un autre mystérieux digimon est aussi présent dans le vrai monde, mais ses intentions sont loin d'être d'aider les enfants dans leur mission. Impmon, un digimon solitaire, qui pense qu'il n'a pas besoin de Tamers pour se digivolver et devenir plus fort, va causer beaucoup de problèmes à nos nouveaux héros, surtout à partir du moment où il va parvenir à se digivolver au niveau méga, grâce au pouvoir des Devas.

Il y a aussi cette étrange agence gouvernementale appelée Hypnos. À sa tête, Yamaki, un homme à l'allure froid et insouciant. L'agence surveille la moindre activité des digimons. Avec des intentions plutôt douteuses, Hypnos va soit protéger ou soit complètement détruire les digimons!