Por este mismo tiempo vio una maravillosa visión (que fue la tercera que tuvo de la Santa Cruz), apareciéndosele en el aire y dándole Dios clara inteligencia de que gustaba que hiciese otra como aquella y la llevase en peregrinación a Roma, a Jerusalén y a Santiago de Galicia, y que con esta penitencia se aplacaría, para estorbar un mal grande que amenazaba a la Cristiandad; quedando Fray Francisco de la Cruz con ardentísimos deseos de ejecutar la voluntad divina y cada día más certificado que conseguiría la licencia que casi dos años había pretendido. También el P. Fray Juan de Herrera, su Confesor y Prelado, como Ministro más íntimo de esta pretensión, hacía fuertes instancias para que se le diese la licencia, y es cierto que fue lo que hizo mas peso en el aprecio de la Religión. En fin, se le concedió, con grande consuelo de todos (porque esta fue una expectación universal en toda la Provincia), en 7 de febrero de 1643, con calidad que el peso de la Santa Cruz no excediese de quince libras castellanas; y Fray Francisco, habiendo conseguido la del Señor Nuncio de Su Santidad, y después de haber hecho extraordinarias mortificaciones y penitencias por el buen suceso de negocio tan arduo, pasó a San Clemente a disponer que se hiciese la Cruz, la cual labró un carpintero que se llamaba Alonso de Haro; y es de advertir que desde luego quiso Nuestro Señor mostrar cuánto era de su agrado la formación de esta Santa Cruz, porque el dicho oficial andaba enfermo, y desde que dio el primer golpe en su labor se halló libre de la dolencia que le afligía. Formóse un letrero en los brazos de ella, con las palabras de San Mateo al cap. XVI de la Sagrada Historia, que dice:

Y otro a lo largo del lugar, de San Pablo, al cap. II de la Epístola ad Philipenses, que dice:

Los cuales dos lugares de las divinas letras se pusieron en la Santa Cruz por especial inspiración de Dios que para ello tuvo nuestro Hermano, para que no faltase circunstancia en la obra que no fuese digna de veneración.

Fabricada la Santa Cruz, faltaba pagar al carpintero; y estando nuestro Hermano con él a la puerta de su casa tratando del precio para saber qué cantidad había de pedir de limosna para la paga, pasó por allí D. Juan Pacheco de Guzmán, Caballero de la Orden de Alcántara, y sabiendo lo que se trataba y conociendo la suma pobreza del Religioso, sacó el dinero y pagó la santa hechura, y Fray Francisco la llevó a un aposento que le daba en su casa Doña Ana de la Torre, en donde estaba cuando salía a pedir en aquel lugar las limosnas que le mandaba la santa Obediencia. Desde allí la llevó a su convento; y en las dos leguas que hay desde San Clemente a la Alberca, ¿quién podrá significar los gozos de su alma y los coloquios amorosos que iba diciendo a su Cruz? ¿Quién duda que se valdría de los que nos dejó San Andrés en la proclamación del Sagrado Madero?

Fue muy bien recibido en el convento, y habiendo llegado el dichoso día del cumplimiento de sus licencias y principio de su peregrinación, se despidió tiernamente de la Imagen de Nuestra Señora del Socorro, para no apartarla de su corazón en todo el camino, y con muchas lágrimas de aquellos Observantes Religiosos, y en especial del Padre Fray Juan de Herrera, que le puso precepto que al entrar en cualquier lugar siempre fuese vía recta a la iglesia e hiciese oración al Santísimo Sacramento, el cual empezó a ejecutar en la de su mismo convento en el nombre de la Santísima Trinidad y de su Madre Santísima del Carmen; salió a la peregrinación en forma apostólica, con su Cruz a cuestas, que pesaba quince libras, en diez y seis de marzo del año mil seiscientos y cuarenta y tres, siendo de edad de cincuenta y siete años, dos meses y veinte días.

Prosiguiendo su viaje, entró en Fuenterrabía en 19 de enero del dicho año de 1646, donde parece que tomó el puerto de su patria: en ella fue muy bien recibido de los soldados de aquel presidio y de D. Baltasar de Rada, su Gobernador, haciendo muchas salvas a la Santa Cruz y celebrando el nombre español; y nuestro Peregrino, viendo que le hacían tantas demostraciones de honra y aplauso, se salió luego de Fuenterrabía huyendo su propia estimación, y siguió su camino por Vizcaya y Asturias, padeciendo intolerables fríos y continuas inclemencias del tiempo, por ser en lo más riguroso del invierno y por montañas llenas de nieve tan helada, que apenas tenía donde poner el pie en firme que no resbalase; pero los encendidos volcanes del amor de Dios, que tenía en su pecho se refundían a dar calor y casi vivificar el esqueleto de aquel venerable anciano, tan desfigurado con el dilatado padecer, que de viviente no se advertían más señas en él que el movimiento, para que se reconozcan mejor los trofeos de la Divina gracia, que alienta, adorna, mantiene y perfecciona la naturaleza. Alguna noche le fue forzoso quedarse en el campo, por faltarle día para llegar al pueblo, amparado de alguna quebradura de la tierra, expuesto, no sólo a los rigores del hielo, sino también a las fieras, de que hay tanta abundancia en las montañas de Asturias: caminaba en profunda oración y en continua presencia de Dios, con tales ayudas de costa, que sólo ellas podían hacer tolerable aquel trabajo.

Decíanle en los lugares que adónde iba con tiempo tan riguroso y tantas incomodidades y una Cruz tan pesada a cuestas; que aguardase para ir a Santiago otro mejor; y él respondía: -Más padeció el Santo para darme ejemplo y para llegar adonde está rogando por mí; y así, rendirme a los temporales es desestimar su intercesión, que puede más que ellos. En fin, sobrepujadas todas las dificultades y sin que la salud le hiciese falta, a vista de todas ellas entró en la ciudad de Santiago en 10 de marzo del dicho año, y visitó el Santo Sepulcro, tomando al Santo Apóstol por especial Tutelar para que Nuestro Señor le perdonase sus culpas, estando hasta el día 13 en aquella Santa estación, en cuyo tiempo bien se dejan conocer los amorosos coloquios que tendría con el Santo, las humildes súplicas, los rendidos afectos, las fervorosas instancias, las bien admitidas peticiones, los ardientes deseos de su imitación, los propósitos bien ejecutados y las gracias con larga mano concedidas.

Hechas sus devotas diligencias y habiendo tomado testimonio, su fecha en el dicho día 13, signado del Notario público constituido para estos casos y refrendado de tres Notarios, se volvió a poner en camino en la forma de su peregrinación para Castilla.