Edad: 14 años Cumpleaños: Junio 06
Signo: Geminis Grupo Sanguíneo: A

  Es el tercer elegido, piloto del Eva 01y claro protagonista de la serie. Vive junto con Misato debido a que ella noto que tanto Shinji como su padre no se llevaban muy bien que digamos.
De pequeño perdió a su madre durante una prueba de sincronización con el Eva 01; sin contar además que su padre lo dejo siendo muy niño (lo abandono) al cuidado de un tutor; hasta la edad de 14 años cuando fue llamado por este para que pilotease el Evangelion 01.
A simple vista se nota que Shinji en ningún aspecto es un héroe y tampoco desea serlo, lo único que desea es amor y compresión por parte de su padre. Además el haber pasado por todo esto, han hecho de Shinji una ser solitario, indeciso, débil de carácter, que necesita la aprobación de los demás, con temor a todo lo que le rodea y ademas un joven totalmente aislado por temor a ser rechazado. Por si fuera poco su falta de autoestima hace que crea que es el el culpable de todo lo malo que sucede, que no tenga el valor de decir lo que piensa y que solo se limite a obedecer ordenes sin renegar, por más que no desee cumplirlas.

   Pero no todo en Shinji es malo, hay que destacar que es el piloto con el más alto nivel de sincronización (debido a que el alma de su madre esta unida al Eva 01), que fue capaz de pilotear el Eva sin haber tenido antes ningún tipo de entrenamiento para ello, que es muy bueno en combate y cuando se enfurece es capaz de derrotar a cualquier enemigorlas.