El Santuario de Misericordia se encuentra situado a 672 m. de altitud y a 5 km. de Borja, en la falda del monte denominado "Muela Alta" de Borja, siguiendo la carretera hacia El Buste.
La Virgen del Santuario de Misericordia ha sido desde tiempos remotos un lugar de romería desde los pueblos cercanos. El caserón del Santuario de Misericordia acoge la iglesia gótica y una antigua hospedería, transformada actualmente en apartamentos.

La zona del Santuario de Misericordia engloba el Santuario, el merendero que hay junto a la fuente, y la zona residencial, así como el Calvario, el merendero del Calvario, y los bosques de pinos y encinas, donde hay varios miradores desde los que se observan magnificas panorámicas del Moncayo, del Valle del Huecha, el Ebro, Zaragoza y los Pirineos.

En la zona más alta de la Muela está la ermita del Calvario, edificada en el S. XVI, cuyo interés se acrecienta por su rareza, ya que se trata de un edificio circular, de piedra sillar, cubierto por una cúpula renacentista.