El Colegio San Carlos Borromeo fue creado en 1962, por impulso del padre Juan Martín Aguirre, por entonces teniente cura de la parroquia de Nuestra Señora del Carmen, durante la gestión del padre Federico Nebbia. El Colegio inició sus actividades el 19 de marzo de 1962, en principio destinado a varones, desde 1968 recibió a escolares de ambos sexos; registrándose 46 alumnos distribuidos en tres secciones de grado: infantil, superior y segundo. Fue su primera directora Juana María Beatriz Pérez, secundada por dos jóvenes maestras, Beatriz Cordioli y Ester I. Sobrero, actual directora; ambas egresadas de la primera promoción de maestras del Instituto San José.

Cabe mencionar además a Angélica Ceriani quien durante más de quince años estuvo al frente de la institución que funcionó en un principio en el local de la calle Carlos Pellegrini 852; lugar donde entre 1928 y hasta 1934 funcionó el Salón y Sede del Club Social, cuando en éste último año se fusiona con el Club Atlético Leandro N. Alem. A partir de 1934 y hasta 1961 que fue sede de las instituciones resultantes de tres fusiones: Alem y Social, Alem-Social y Cultural y, finalmente, Alem-Social-Cultural y Cosmopolita; constituyéndose en sede del Club Leandro N. Alem que por entonces estaba construyendo su sede en al avenida España.

Esta edificación, propiedad de don Josué Colombo fue donada en 1961 al colegio por doña María Vidmar en memoria de su extinto esposo, don Carlos Antonio Colombo, hijo de Dn. Josué Colombo. La intención de denominar al nuevo establecimiento con ese nombre fue honrar al santo patrono de las escuelas católicas y homenajear la memoria de don Carlos Colombo. Como así también el Jardín de Infantes recuerda a Rosa Beatriz Colombo, su hija, que contrajo matrimonio con el Sr. Alberto Savage, quien junto a su familia y en su nombre fueron quienes cedieron el predio anexo al Colegio para así poder hacer posible hoy su extensión.

El jueves 4 de noviembre de 1999 se llevó a cabo el acto a través del cual quedaron habilitadas las nuevas instalaciones del Colegio San Carlos Borromeo, las que fueron bendecidas por Monseñor Emilio Ogñenovich en presencia de padres, alumnos, docentes y directivos, autoridades municipales y eclesiásticas; además de la presencia de representantes de comunidades educativas y ex alumnos. Durante el mismo, Monseñor Américo Aguirre evocó los comienzos de la institución educativa, los esfuerzos por su progreso; además de manifestar en representación de todos el agradecimiento a los donantes del predio, la familia Savage y a la empresa La Serenísima la cual proporcionó computadoras y elementos de laboratorio destinados a equipar el establecimiento.