El topònim significa en àrab clotada. D'aquesta època s'han trobat galeries a una profunditat d'entre 4 i 5 m, amb restes de ceràmica del segle IX o ja de temps del califat. El topònim i altres restes ceràmiques dels segles XIX i XX trobades a la Plaça del País Valencià, junt a vestigis de fosses excavades al terra en gran nombre potser testimonien l'existència a Alfafar d'una llarga tradició terrissera no massa ben coneguda.
El 1er de juny de l'any 1238, durant el setge posat a la ciutat de València, Jaume I fa donació de l'alqueria d'Alfofar o Alfolfar als germans Miquel i Garcia de Lodren; aquell cambrer de l'església de Saragossa. D'altra banda, a Bertomeu de Molinos se li van concedir dues jovades de terra al seu terme, altres dues jovades i vuit fanecades de vinya contígua a Arnau de Ferrer; 3 jovades més a Garcia Sanç d'Açagra i sis jovades a Guillem de Manresa, de Verdú. Altrament, la donació que se li havia fet de dues jovades i mitja a Alfafar a Robert de Casals és revocada per no haver-se presentat el dia convingut.
Segons Gaspar Escolano i Sanchis Sivera, el rei Pere va concedir el 13 de febrer de l'any 1366 al cavaller Pere Boïl Arenós, senyor de Picassent, la jurisdicció i el terç delme d'Alfafar, Benetússer i Paiporta com a recompensa pels serveis prestats. La poderosa família valenciana dels Boïl Arenós consolidaria el seu domini sobre aquesta població de l'Horta Sud amb la concessió en el segle XV de la jurisdicció civil d'Alfafar, senyoriu que ostentaria fins a l'abolició dels mateixos el segle XIX. El seu palau, desaparegut, es trobaria probablement al carrer denominat del Castell, nom que reben a la comarca les vivendes senyorials degut al seu aspecte de fortaleses, amb merlets, troneres, etc.
L'actual església de la Mare de Déu del Do començà a edificar-se en l'any 1736, obrint-se al culte dotze anys després, i d'ella cal destacar el retaule de l'altar major, de marbre i bronze, rèplica d'un anterior destruït durant la guerra d'Espanya. El referit cronista Escolano es fa ressò d'una tradició local relacionada amb la troballa de la titular del temple parroquial segons la qual la imatge va ser descoberta a un dels nombrosos clots que existiren davant de l'actual edifici, probablement durant el setge a València, trobant-se les tropes aragoneses acampades a la veïna Russafa. El monarca prometé construir una morada a la imatge de pedra i bronze si li concedia el do de fer-se amb l'anhelada plaça valenciana, com així succeí, complint el rei amb la seua promesa.
El botànic A. J. Cavanilles parla a les seues "Observaciones sobre el Reyno de Valencia" d'Alfafar i Sedaví, pobles dels que ens diu que comptaven amb termes d'escassa extensió, plans i ben regats, que produïen collites de blat, dacsa, seda, fruites, llegums i hortalisses.
El temple actual, tanmateix, és obra del segle XVIII, aixecada en estil neoclàssic compost en substitució de l'antic, que remuntava els seus orígens probablement als segles XIII o XIV. La imatge de la titular és gòtica i llaurada en marbre. Representa la Mare de Déu amb Nostre Senyor als braços i amb un ocellet, element zoomòrfic característic de la iconografia quatrecentista, època de la que també dataven unes crismeres i calze d'estil gòtic que s'hi conservaven.
Vicent Badia, al seu llibre "La Huerta de Valencia", afirma que el terme municipal d'Alfafar, colindant amb els de Benetússer, Sedaví, Massanassa i València, abastava els 6'70 Km2 .
Situat el poble junt a l'antiga Via Augusta, la seua economia s'ha basat tradicionalment en l'agricultura i la pesca al veí llac de l'Albufera. El desenvolupament d'Alfafar prengué volada a principis del segle XX, gràcies a la seua proximitat i les seues bones comunicacions amb la capital valenciana, moment en què van aparéixer alguns tallers i xicotetes indústries. Actualment els sectors industrial (especialment la fabricació de mobles) i comercial han desplaçat a un segon pla l'agricultura, sobretot a partir de la dècada dels seixanta, quan les xicotetes indústries esdevenen les grans empreses que ocupen a hores d'ara el polígon industrial.
La població alfafarenya s'ha estabilitzat, després del creixement experimentat durant les dècades dels seixanta i setanta, voltant hui els 20.000 habitants. Es troba ubicat el poble a la vora esquerra del barranc de Torrent, a 5 Km. de la capital valenciana, sobre un terreny completament pla pròxim al Parc Natural de l'Albufera, amb el que comunica a través d'una carretera que parteix del mateix nucli urbà. Mercé a la seua proximitat al llac, Alfafar compta, a banda d'amb conreus de regadiu caracterísitics d'altres indrets de la comarca (creïlles, cebes, melons i hortalisses en general), amb terres dedicades a la producció d'arròs. També proporciona l'Albufera recusroso pesquers, dels que viuen algunes famílies del poble, sent l'anguila precisament l'ingredient principal del plat més peculiar de la seua gastronomia: l'all i pebre.
L'aigua potable la proporcionava un gran pou artesià practicat segurament a primeries de segle, mentre que per al reg es feien servir les aigües de vàries séquies, com la de l'Or i la de Favara, i les fonts del Calvari, Mula, etc.
En l'apartat industrial destacava la producció d'oli de cacauet, licors, articles pirotècnics, saladures de carn i peix, serreries mecàniques, barrets de feltre..., però en l'actualitat cobra especial rellevància l'activitat fabril més característica de tota aquesta zona de l'Horta Sud: la del moble.
Dins el terme municipal alfafareny existien disseminats alguns caserius, com els del Carrer de Lloc Nou, Sant Jordi i el Tremolar, i antigament els de Paiporta i Lloc Nou de la Corona, que van aconseguir erigir-se en municipis independents.
El popular i llegendari personatge conegut a la comarca com a Pep de l'Horta va nàixer precisament a Alfafar quan corria l'any 1777 i va morir el 1855. El seu nom real era el de Gregori Martínez Gimeno i la seua fama està relacionada amb uns fets esdevinguts durant la guerra del Francés. Destacat cap de les milícies llauradores de l'Horta de València, va participar en l'assalt camperol a la ciutat ocupada pels francesos l'any 1801. Intentà segrestar el mariscal Suchet (popularment conegut entre els valencians com el Duc de les Fotges) durant un dels seus habituals passejos pel llac de l'Albufera, sense fortuna, però. S'entregà voluntàriament l'any següent a la justícia i va ser condemnat a prestar servei en la milícia per un període de sis anys, marxant posteriorment a Itàlia i França després de la caiguda de Napoleó Bonaparte. El 1836 regressà a València, on era molt popular, com demostra el que haja quedat en boca del poble la dita "ser més valent que Pep de l'Horta", com a testimoni de la frustrada gosadia que pretengué dur a cap contra l'odiat mariscal francés.
Les festes patronals, que estan dedicades a la Mare de Déu del Do i al patró Sant Sebastià, se celebren entre el 23 d'agost i el 8 de setembre. També se celebra una festa en honor de la titular de la parròquia el dia de la Nativitat, en la qual se li canten gojos en la llengua del país. Entre els actes més destacats que tenen lloc durant les festes són de destacar el bou embolat, el tir i força, les corregudes de joia, vaquetes, així com altres festejos tradicionals de les terres valencianes, com són "l'entrà de la murta", la "dansà" i les partides de pilota valenciana en la seua modalitat de raspall.
El màxim exponent cultural del poble el representa la galeria d'art contemporani Edgar Neville ("el garatge", com se la coneix popularment), que té com a objectiu la promoció dels artistes valencians que treballen en aquest camp.