El Jupongata es un grupo liderado por Makoto Shishio el cual está en contra del gobierno Meiji e intentan acabar con el. Los integrantes de este singular grupo son: Chou, Usui, Anji, Henya, Kamatari, Saiduchi &Fuji, Soujiro, Yumi y Hoji. Según especulaciones este grupo empezó a formarse en el año 1869 cuando Soujiro conoce a Shishio y decide acompañarle y posteriormente van llegando los demás miembros cargados de odio y rencor por un gobierno que ha pisoteado y oprimido sus vidas.

MAKOTO SHISHIO

Makoto Shishio es el fiel representante de la maldad, odio, rencor y frialdad, en su oscura alma no parecen existir sentimiento alguno excepto por Yumi su compañera, con la cual mantiene una relación no muy comprensible para los demás. No le importa quien ha de morir con tal de alcanzar sus planes, aquellos que mueren cumpliendo sus propósitos o son utilizados por él, los considera su alimento. Es una persona bastante despiadada, ambiciosa, llena de sed de muerte y venganza; su ideología de la vida es "Los fuertes sobreviven y los débiles mueren" (la filosofía de la naturaleza). Además es un hombre visionario porque consideraba que el "agua putrefacta" (el petróleo) sería algun dia una fuente de inmenso poder. 

Fue el sucesor de Battousai como asesino del Ishinshishi en las sombras, ya que éste había desaparecido sin dejar rastro. Para el gobierno Meiji Shishio demostró ser un hombre con las características precisas y lo utilizó hasta conseguir lo que estimaron conveniente (porque su función era la de matar a aquellos que estuvieran en contra del nuevo régimen o que atentaran con derrocarlo). A través de su trabajo conocía mucho de los asuntos sucios del gobierno, los políticos temiendo ésto, decidieron que Shishio era peligroso y que estaba adquiriendo demasiado poder y contactos, y determinaron que ya no les era útil. Así que le tendieron una trampa, le dispararon por la espalda y lo rociaron con combustible y le prendieron fuego (una monstruosa muerte para un hombre que sirvió fielmente al gobierno). Aún así Shishio logró sobrevivir y juró vengarse del gobierno Meiji, conformando el Jupongatana (las diez mejores espadas del Japón) para apoderarse del país.  Debido a sus severas quemaduras lleva todo el cuerpo vendado lo que representa una apariencia mucho mas aterradora. Es un luchador excepcional (sobrevivio al Hamakakeru Ryu No Hirameki, algo que cualquiera no lo hace), pero solo por quince minutos para luego descansar, ya que su cuerpo al estar cubierto de quemaduras no puede transpirar ni resistir mucho agitamiento. Shishio reconoce a Kenshin como un gran espadachín pero asevera que es un tonto y débil por haberse retirado y vivir como un simple hombre protegiendo a los más débiles.

YUMI KOMAGATA

Apodada la “bruja de la noche”, Yumi es la amante de Shishio. Mujer con gran carácter y buenos ideales. Era la Oirán de más alta clase de su Okiya, una geisha tan fina que ni siquiera los más altos funcionarios podían tocarla. Se desilucionó del gobierno Meiji porque, debido a sus políticas occidentales, tomaban a las geishas como simples prostitutas, cuando en realidad eran mujeres cultas y con gran talento (desde muy pequeñas las jovenes que estudian para ser geishas reciben una cuidadosa preparación para sostener una conversación culta, cantar, bailar, tocar instrumentos, etc). El gobierno aseguraba que las geishas no eran mejores que las vacas o los caballos y que no podían ser consideradas como mujeres, sino como golfas. Esto enfurecio a Yumi y la hizo unirse a Shishio, él cual ama inmensamente llegando hasta el punto de dar la vida por él estando segura de que sus sentimientos eran correspondidos (hasta lo acompaño al infierno).

Su nobleza era notable. Cuida de la salud de Shishio, lo quiere por encima de su aspecto físico, se preocupaba mucho por Soujiro lo trata como un hermano menor (Soujiro la llama "onnesan": hermana mayor) e incluso trató de persuadir a Kenshin de luchar contra Shishio. Aunque Yumi no pelea lleva escondido un cuchillo en el kimono, asi que no es totalmente inofensiva pero sin embargo no se compara al resto del Jupongatana. Pelea constantemente con Kamatari y Usui, éste incluso intentó matarla dos veces.

CREACIÓN DEL PERSONAJE

Watsuki intentó ante todo hacer el personaje de Yumi lo más opuesta a una mala clásica, la hizo muy hermosa y sensual, decidida y luchadora.

SOUJIRO SETA

Aspectos Generales
Estilo: Tenken Arma: Espada Japonesa Ibunjisokushuu Seiyuu: Hidaka Noriko

Este joven de 17 años, es la mano derecha de Makoto Shishio y es el más fuerte del Jupongatana conocido como "La Espada Celestial", la historia es muy triste y se remonta a la época de niñez de Soujiro. La madre de Soujiro era una prostituta y su padre tenía una fabrica arrocera, por lo tanto Soujiro era hijo ilegitimo. Despues de la muerte de sus padres, la familia del padre lo adoptó para no armar un escándalo y no arruinar el nombre de la familia, sin embargo lo trataban peor que a un perro, su condición entre esas personas no era más que la de un esclavo obligandolo a hacer casi todo en la casa . Además era blanco de constantes maltratos, golpes y palizas por parte de sus parientes borrachos.

Él aún siendo  un niño, conoció a Shishio cuando este escapaba de la justicia, Soujiro aceptó encubrirlo en un granero llevándole comidas y cambiando sus vendajes. Shishio le inspiró algo de pena al ver como este chico era tan maltratado por su familia al ver como era golpeado día tras día sin queja alguno, solo sonriendo para ocultar su dolor, ya que si él lloraba o se enojaba más lo golpearían y al verlo sonreir perdería el interés de golpearlo. Shishio  le sugirió en reiteradas ocasiones que debiera defenderse de ellos, fue así que un día en que llega el rumor que Shishio andaba cerca de sus tierras, su padre, hermanos y madrastra deciden entregar a Shishio tras descubrir que Soujiro le ocultaba y así pedir la recompensa por su cabeza, pero Soujiro se interpone y los va matando de uno en uno al verse alentado por las palabras de Shishio. Al terminar con esta gran masacre familiar, Soujiro muestra una gran serenidad y lo unico que hace es sonreir como una forma de escudarse en su dolor. Soujiro se iría con Shishio y este le entrenaría convirtiendose en su maestro, le enseñó el placer de matar con la espada y le inculcó su ideal, el cual Soujiro convertiría en suyo. 

Tambien adora a Yumi a quien considera como una hermana mayor. En cuanto a su personalidad, se podría decir que es algo psicótica, siempre mantiene una sonrisa fingida, decidió que debía sonreir siempre para evitar toda clase de sentimientos manifestando el rostro de niño bueno y dulce pero totalmente contrario a lo que en realidad es: un peligroso asesino. Es uno de los personajes mas aterradores ya que tras su apariencia infantil e inocente, puede engañar hasta el mas sabio y matarle sin compasión alguna, tal como lo hizo con Okubo, además representa un adversario muy difícil de vencer para Kenshin porque al no mostrar sus sentimientos se vuelven inpredecibles sus ataques. Despues de la muerte de Shishio se convierte en un "rurouni" para encontrarse a sí mismo y se desconoce su futuro.

HOJI SADOJIMA

Es una hábil persona con conocimientos militares que lo convierten en el estratega del Jupongatana y también mano derecha de Shishio. Hoji es el encargado de poner en marcha los planes de conquista del Jupongatana, de administrar los recursos para sufragar los tan ambiciosos planes de Shishio y de adquirir el costoso barco de guerra El Rengoku. Es mul leal a Shishio, incluso llego a cortarse uno de sus dedos para hacerle ver a los miembros más débiles del grupo que él fue quien los intento matar y en realidad fue el mismo Shishio. Se unio al Jupongatana porque piensa que el gobierno Meiji es muy débil y que Japón podría convertirse en un país fuerte mediante un sistema militarista. Después de la muerte de Shishio quiso publicar las ideas de Shishio al mundo, pero le fue imposible a causa del gobierno, finalmente el cayo en la desesperación y se suicidó en la cárcel para acompañar a Shishio en donde estuviera.

CHOU SAWAGEJOU 

Aspectos Generales
Estilo: Desconocido Arma: 4 espadas japonesas, Hakujin no Tachi Seiyuu: Shinichi Fukumoto

Se le conoce como "El Coleccionista de Espadas", tiene afición por las espadas y siempre anda en busca de alguna para agregarla a su colección. No le importa hacer uso de cualquier truco para alcanzar su objetivo. Se enfrenta a Kenshin para obtener la última espada que hizo Shaku Arai. Es algo ambicioso,  y luego de desaparecer el Jupongatana se convierte en agente secreto de la policía, así que para él le da igual para quien trabaje despues que la paga sea buena. Gracias a Sanosuke se le conoce como cabeza de escoba (la forma de peinarse lo dice todo), y pues cada vez que se ven se pelean, Chou le puso a Sanosuke el sobrenombre de cabeza de pollo. 

ANJI YUUKYUZAN

Fue un bondadoso m-onje budista que llegó a ser un "hakaisou" (un monje que rompe las estrictas restricciones, un monje depravado). También su historia es bastante triste, se remonta a los tiempo de un Anji más joven que se dedicaba a enseñar la religión budista en un orfanato de un pequeño pueblo. Un grupo de ancianos, dirigentes del pueblo, por codicia le ordenan a Anji que abandone el templo argumentando que era una a causa de una nueva ley del gobierno y la razón real era que temian que no recibieran más beneficios por parte del gobierno si seguia en pie el orfanato. Asi que no le queda de otra que aceptar, pero les solicita unos días para arreglar las cosas que necesitaria llevarse. Uno de los viejos se le hizo muy larga la espera, así que estando Anji ausente le prendió fuego al templo con todo y niños dentro. A su regreso ya era imposible salvar a las inocentes víctimas, preso de la ira al ver los cadaveres carbonizados se volvió contra Buda acusándolo de que no los protegió. Decidido a vengarse mató con sus propias manos a los criminales.

Después de lo ocurrido crea su propia versión de la salvación y para lograr tal salvación se unió al Jupongatana porque el primer paso es terminar con el gobierno Meiji. Desarrollo la técnica del "Golpe doble" (el Futaenokiwami), la cual le llevó 10 años dominarla. Posteriormente le enseñó su técnica a Sanosuke en el bosque, mientras iba en camino a Kyoto, y luego se encontró con él nuevamente en la base secreta de Shishio donde tuvieron que enfrentarse. Finalmente Sanosuke lo venció con su "Golpe Triple" que era una tecnica basada en la que Anji le había enseñado. Se entregó a la policía en Hokaido pero como no colabora con el gobierno es condenado a 25 años de encierro.

USUI OONUMA

Fue un hábil espadachín al servicio de los Tokugawa, perdi la vista en un combate contra Shishio hace mucho tiempo y aunque estubo al borde de la muerte, (incluso su corazón dejó de palpitar por un pequeño tiempo) logró sobrevivir. Estando completamente ciego desarrollo un supersentido del oido y  su estilo de pelea al que llama "Los Ojos del Corazón" (el cual le permitia saber la condicion del oponente por los latidos del corazón, los sonidos de los huesos, la tension de los musculos, etc). A pesar de lo que le hizo Shishio se unió al Jupongatana bajo la condicion de que lo asesinaría en cuanto lo encontrara sin guardia, pero segun lo que Saito descubrió esto era solo una vil excusa, ya que despues de que Usui desarrollo sus "Ojos del Corazon"  volvió a encontrarse con Shishio para vengarse, sin embargo, Shishio tambien se habia vuelto mas fuerte, y Usui se dio por derrotado sin ni siquiera haber peleado de nuevo con el, despues se unio al Jupongatana y para esconder la frustracion de haber sido derrotado sin ni siquiera haber peleado, aliviaba su ira matando personas (y una de esas es Yumi). Mato un grupo de 50 de los mejores policias enviados por Saito. Su ropa esta llena de ojos dibujados por todos lados, y usa un caparazón de tortuga para quitarle visibilidad al enemigo, y ademas le sirve para desviar el arma del enemigo con la redondez del caparazón y es considerado el tercero en cuanto a fuerza del Jupongatana, fue muerto por Saito, él le costo bastante vencerlo.

KAMATARI HONZO

Aspectos Generales
Estilo: Midare Benten Arma: Cadena y Hoz Seiyuu:

Este peculiar personaje tiene entre los 18 y 20 años, se unió al Jupongatana por que AMA A SHISHIO!!!! (si, leiste bien, AMA A SHISHIO ¬¬, en realidad no se que le ven Yumi y Kamataria a Shishio). Su personalidad es todo un dilema, Kamatari no quiere ser un hombre y quiere estar al lado de Shishio de cualquier manera pero no es una mujer como Yumi, ni tampoco es tampoco es tan fuerte para ser su mano derecha, así que este es el gran conflicto interior de Kamatari,  en otras palabras, el no podría ser el número uno de Shishio ni como hombre ni como mujer.
Kamatari para pelear usa una combinacion de cadena y hoz al pelear si algo le pasa a su hoz, usa su cadena para pelear una combinación muy efectiva. 
En cuanto a su aspecto parece el de una chica, la escena en que Yahiko, Misao y Kaoru se enteran que es hombre es muy graciosa ^^ (y en el manga mucho más). Un detalle es que al parecer los dibujantes no pudieron ponerse de acuerdo en el color de sus ojos, primero eran azules, despues eran rojos, y púrpuras. En la batalla del Aoiya fue vencido por Kaoru y Misao. Luego que supo que Shishio murió intentó suicidarse diciendo que no podía, que ya no tenía sentido seguir viviendo, pero Chou inventó una sarta de mentiras y logró convencerlo de seguir viviendo. Aceptó el cargo que le dió el gobierno como un agente secreto disfrazado bajo la identidad de estudiante en los Estados Unidos.

CREACIÓN DEL PERSONAJE
Watsuki le preguntó a todos sus asistentes por ideas para personajes en la saga de Kyoto, y el autor de One Piece le sugirió a Kamatari. Fue un juego de palabras. La palabra para hoz y la palabra para gay sonaban parecido en japonés. Luego tuvieron que decidir que tipo de gay harían. Se haría el muy afeminado, o el chistosamente afeminado? Entonces se decidieron por el gay estilo Kawai (lindo, guapo).

HENYA KARIWA

Aspectos Generales
Estilo: Uso de explosivos desde el aire Arma: explosivos Seiyuu:

Una persona de sangre fría, de apariencia esqueletica y pequeña (pareciera que no comiera) pero escencial para realizar sus ataques desde el aire como si fuera un murcielago. Según él desde un ángulo superior  siempre hay un punto que es vulnerable o difícil de proteger, entonces el ataca este punto. Fue vencido por Yahiko y luego de ser arrestado acepta un puesto en el gobierno usando su habilidad de volar para detectar posibles intromisiones de extranjeros desde el cielo.

REOUJIN SAIDUCHI & FUJI

Aspectos Generales
Estilo: Ninguno Arma: Hoz gigante (Fuji) Seiyuu:

Saiduchi es un pequeño anciano que analiza los movimientos de las personas y luego le dice a Fuji lo que tiene que hacer. Aunque Fuji se bastaria él solo y Saiduchi es solo un hablador que se aprovecha de la inocencia del otro. Fuji en cambio es un gigante, una persona muy incomprendida que debido a su tamaño asusta a los demás, así que las personas intentaron matarlo disparandole, pero el viejo de Saiduchi lo salvó y le hizo ver que sin él no seria nada. Es muy poderoso, con uno solo de sus ataques deja en ruinas lo que toque. En la batalla del Aoiya se enfrenta a Seijuro Hiko quien descubre su espírutu de guerrero y le hace ver que el puede ser alguien sin necesidad de que otro le diga que hacer. Finalmente se enfrenta como individu a Hiko pero es derrotado, luego es reclutado por el gobierno para realizar trabajos.

IWANBO

Aspectos Generales
Estilo: Desconocido Arma: afiladas uñas de metal, su cuerpo. Seiyuu: Ninguno

Tiene un enorme cuerpo de color rosado (como el de un puerco) con cara de estúpido que siempre sonrie como bobo, pero es bastante fuerte porque cuando Okon y Omasu lo atacaron el les respondió con un solo ataque dejandolas tendidas en el suelo. Después que ve que sus compañeros son derrotados huye y no es apresado por la policía.