La Ciudad de Nejen, la Hieracómpolis de los griegos, hunde sus raíces en lo más profundo de la Historia del Valle del Nilo. Su nombre podemos traducirlo por "La Ciudad del Halcón", y ya fue un centro importante durante el reinado Naqqada. Era la ciudad del dios Nejeni, representado con dos plumas sobre su cabeza, y que se asimiló al dios Horus desde muy temprano. Cuando Edfú tomó el papel de ciudad de Horus, Nejen todavía era un centro importante. De hecho, se cree que uno de los problemas que condujo al I Período Intermedio, fue una disputa entre estas dos ciudades, y el control de Edfú cayó en manos de Anjatifi, el gobernador de Nejen.

Alrededor del año 4.000 antes de Cristo, el valle comenzó a colonizarse. Llegaban tribus cazadoras y agricultoras. Hacia el 3.500, Nejen era la ciudad más importante de Egipto. Aquí, en Nejen, se dieron fin a los días de las gentes nómadas y errantes. Por todas las orillas del Nilo, se crearon asentamientos que provenían de Nejen. Aquí se hallaron en el año 1898 la cabeza de clava del rey Escorpión y la Paleta de Narmer, bajo los cimientos de lo que se denomina "Santuario de Horus". De hecho, los restos hallados señalan que la mayoría de los hallazgos son muy anteriores a estos dos reyes. En Nejen se han hallado objetos con el nombre de Jasejemui, rey de la II Dinastía.

En su momento de máximo esplendor, Nejen contó con unos setenta y cinco mil habitantes, manteniendo un contacto directo con muchas capitales  del Antiguo Mundo, como Uruk, la ciudad más importante de este período en Mesopotamia. Todo lo que albergaba Nejen garantizaba una buena economía, pues había ya talleres de todas las profesiones.

Al norte de la ciudad se fabricaba cerveza en grandes cantidades, y se almacenaba en grandes tinajas de cerámica. Tan solo en un día, se producía cerveza para más de doscientas personas. A medida que su población se extendía, los contactos con la parte baja de Kush, Nubia, dio  un cierto control que fue creando señoríos y grandes extensiones de terreno. Grandes caravanas partían hacia el sur de África, hacia el este, e incluso era el centro de compra de mercancías exóticas procedentes de otras tierras. Los desiertos del este se explotaban, y los minerales se comercializaban en la ciudad de Nejen.

Lo que nos queda de la ciudad, son unos vestigios tan antiguos que es necesaria una representación hipotética para intentar comprender que aspecto alcanzó a tener en sus días de actividad. Durante la etapa Naqqada II, se construyó un gran Santuario, muy parecido a los que se ven en las estelas de las primeras dinastías. Aquí se comenzó a forjar el espíritu teológico que giraría en torno a Egipto, y que ocupaba un gran espacio en la ciudad. Habría contenido un gran patio, donde se colocaría la imagen de la divinidad. Hay restos de altares, donde se llevarían a cabo los sacrificios de cabras, corderos, peces e incluso cocodrilos. Alrededor de este complejo, se alzaron los talleres artesanales. Se fabricaban objetos de marfil, de piedra pulida y armas. Todo ello estaba rodeado por un gran muro de ladrillo de adobe muy ancho, una estructura destinada a la seguridad de la ciudad.

Durante el Antiguo Imperio, Nejen era una ciudad importante todavía. En el Imperio Medio, tuvo que ser reconstruida por culpa de las numerosas batallas que se concentraron en esta área durante el I Período Intermedio. Con la llegada del Imperio Nuevo, grandes reyes como  Thutmosis III contribuyeron a reconstruir los edificios administrativos y los santuarios.  Durante el reinado del último ramésida, Ramsés XI, se llegaron a construir  moradas para la eternidad, como la que se halló de un funcionario llamado Hormoses, lo cual viene a demostrar que aún en el final del último momento glorioso de las Dos Tierras, Nejen continuaba siendo La Ciudad Del Halcón.