El Régimen de la confer diocesana de Mérida - Badajoz tiene dos tipos de organos
Los organos directivos de la confer diocesana son
la asamblea general
la junta directiva
El órgano de gestion de la Confer es el Secretariado permanente.
Ocupa la presidencia de cada uno de estos el presidente o la presidenta. le suple el vicepresidente o la vicepresidenta y es ayudado en sus funciones por el secretario o la secretaria.