Fue la Edad de los númenóreanos. Como se narra en el "Akallabêth" o "La Caída de Númenor", éstos eran hombres que descendían de los edain de la Primera Edad y a quienes los Valar habían entregado la tierra recién creada en mitad del ancho mar que separaba la Tierra Media de las Tierras Imperecederas. Se concedió a los númenóreanos una esperanza de vida mucho mayor que la de los humanos corrientes, y con el paso de los siglos su poderío y riqueza crecieron, y su marina navegó por todos los mares del mundo mortal.
Númenor, que a menudo se traduce por Oesternesse, era llamada también "tierra de los dones", "tierra de la estrella" y Atlantë, porque era, de hecho, la reinvención de Tolkien del antiguo mito del continente perdido de Atlantis. La Númenor de Tolkien era un reino que ocupaba una isla con forma de estrella de cinco puntas. En su punto más estrecho medía cuatrocientos kilómetros de anchura y casi el doble en el punto más ancho. Se dividía en seis regiones: una por cada península y una sexta que era el centro de la isla, donde se alzaba la montaña sagrada, Meneltarma, o "pilar del cielo", la cima más elevada de Númenor. En sus laderas se encontraba Armenelos, la "ciudad de los reyes", donde habitaba el rey, que era la ciudad más poblada de Númenor. Más abajo se encontraba el puerto real de Rómenna. Los otros puertos importantes, Eldalondë y Andúnië miraban a Occidente, hacia las Tierras Imperecederas.
El primer rey de Númenor fue Elros, hijo de Eärendil y hermano gemelo de Elrond Medio elfo; esto fue porque, al final de la Primera Edad, cuando los Valar dijeron a los gemelos Medio elfos que debían elegir su destino, Elrond escogió el de los elfos inmortales, mientras que Elros se convirtió en rey de los edain mortales. Sin embargo, al ser Medio elfo, se le concedió una vida de quinientos años y gobernó como rey de Númenor hasta el año 442 de la Segunda Edad.
Mientras los númenóreanos prosperaban en su isla, los Altos elfos que habían sobrevivido a los conflictos de la Primera Edad y que quisieron quedarse en la Tierra Media se reunieron bajo el estandarte de Gil-galad, el último Gran Rey elfo, en el reino de Lindon. Esta pequeña región, la única que escapó a la destrucción de Beleriand, se encontraba a ambos lados del golfo de Lune.
A medida que fueron pasando los años, muchos de estos Altos elfos de Lindon viajaron hacia el este y fundaron nuevos reinos. Los señores sindar establecieron reinos entre los elfos silvanos de Bosqueverde el Grande y el Bosque Dorado de Lothlórien en la cuenca del Anduin.
En el siglo octavo, los elfos noldor de Celebrimbor establecieron el reino de los Herreros elfos de Eregion, justo al oeste del reino enano de Khazad-dûm.
Pero no fueron sólo los elfos y los enanos quienes prosperaron y crecieron durante esta época. Sauron el Hechicero permaneció en el mundo mortal y se esforzó en ser el sucesor de Melkor como Señor Oscuro de la Tierra Media. En el año 1000, Sauron comenzó a crear en secreto su reino maligno de Mordor, esclavizando a las razas de hombres bárbaros del este y del sur y reuniendo a orcos y otros seres malignos en su reino. También comenzó a edificar la Torre Oscura de Barad-dûr. Asumió una apariencia hermosa bajo el nombre de Annatar, que significa "señor de los dones", e intentó seducir a los elfos con su sabiduría y su poder. Sólo Celebrimbor y los Herreros elfos de Eregion creyeron el engaño. Usando los poderes combinados de la magia y la metalurgia, Sauron y los Herreros elfos colaboraron en la creación de muchos objetos fantásticos. En el año 1500 alcanzaron la cúspide de su capacidad y, siguiendo las instrucciones de Sauron, comenzaron a forjar los Anillos de Poder. Para el año 1600 todos los Anillos estaban acabados; Sauron regresó a Mordor, donde terminó la construcción de la Torre Oscura de Barad-dûr y forjó el Anillo Único, con lo que se convirtió en el Señor de los Anillos.
Cuando los Herreros elfos se dieron cuenta de que habían sido utilizados para que Sauron se convirtiera en el todopoderoso Señor de los Anillos, se rebelaron contra él y entre 1693 y 1701 se libró la sangrienta Guerra de Sauron y los elfos. En ese conflicto Sauron mató a Celebrimbor, destruyó la ciudad de los Herreros elfos, arrasó Eregion y ocupó casi todo Eriador.
Los enanos de Khazad-dûm evitaron la guerra y cerraron sus puertas al mundo exterior. A partir de entonces, el reino oculto fue conocido como Moria, el "abismo negro".
En la guerra murieron la mayoría de los elfos de Eregion. Los pocos que sobrevivieron fueron guiados por Elrond Medio elfo a las estribaciones de las Montañas Nubladas, donde fundaron la colonia de Imladris, que los hombres llamarían más tarde Rivendel.
Tras su victoria sobre Celebrimbor, Sauron reunió sus fuerzas y marchó contra Gil-galad de Lindon. En el último momento, una imponente flota de númenóreanos se unió a las fuerzas élficas, y el ejército combinado resultó tan potente que las legiones de Sauron fueron completamente aplastadas y él tuvo que retirarse a Mordor.
Durante los siguientes mil años, Sauron no hizo nada contra los elfos sino que se dedicó a las tribus bárbaras de Orientales y haradrim, extendiendo su tenebrosa sombra por el mundo. Entre los salvajes reyes de estos pueblos, y entre los númenóreanos negros, distribuyó los Nueve Anillos de los Hombres Mortales. Al llegar el siglo veintitrés se habían convertido en los Nazgûl, sus principales siervos malignos, llamados por los hombres Espectros del Anillo.
Entretanto, los númenóreanos se habían convertido en la máxima potencia naval del mundo. Crearon numerosas colonias en las costas de la Tierra Media, así como los puertos-fortalezas de Umbar y Pelargir. Por último, el crecimiento del imperio marítimo de Númenor y del imperio terrestre de Mordor llevó a una confrontación. En el año 3261, una enorme armada númenóreana tocó puerto en Umbar y de ella salió una fuerza potentísima que marchó sobre Mordor. Sauron se dio cuenta de que su poder no era tan grande como el de los númenóreanos y que no tenía posibilidad de vencerlos, ni siquiera recurriendo a la fuerza de las armas. Aun así, los pueblos del mundo quedaron asombrados cuando el Señor de los Anillos bajó de su Torre Oscura en Mordor y se entregó. Los númenóreanos cargaron de cadenas a Sauron, lo llevaron a su reino y lo encerraron en el más seguro de sus calabozos. Pero, por medio de la astucia, Sauron consiguió lo que no le fue posible por la fuerza de las armas: aconsejó falsamente a los orgullosos reyes númenóreanos y los corrompió, de manera que llegaron a hacer planes contra los mismísimos Valar. Tan eficaz resultó esta corrupción que los númenóreanos osaron reunir la mayor flota de barcos que nunca se había visto y zarparon hacia el oeste para hacer la guerra a los Poderes de Arda. Debido a este acto, Ilúvatar hizo que la hermosa isla de Númenor se hiciera pedazos. Las montañas y las ciudades se derrumbaron, el mar se alzó iracundo y todo Númenor se hundió en un abismo acuático. Con aquel cataclismo llegó también el Cambio del Mundo. Las Tierras Imperecederas fueron situadas más allá de las Esferas del Mundo y quedaron para siempre fuera del alcance de todos, con excepción de los Escogidos, quienes viajaban en barcos élficos por el Camino Recto atravesando las esferas de ambos mundos. Aquél fue el fin de la Edad de Atlantis, tal y como la conocemos en los mitos, y el mundo se cerró en sí mismo. Ya no era un mundo plano limitado por un Mar Circundante y encerrado dentro de una esfera de aire y éter, sino que se convirtió en el planeta esférico que nosotros conocemos.
La Segunda Edad no terminó con el Hundimiento de Númenor en el año 3319, ni tampoco desapareció completamente la herencia de los númenóreanos. Porque había algunos de entre los númenóreanos, mandados por los príncipes de Andúnië, que se denominaron a sí mismos los Fieles y se negaron a dar la espalda a los Valar y los eldar. Guiados por Elendil el Alto, navegaron a bordo de nueve barcos en dirección este, hacia las costas de la Tierra Media, en el momento del cataclismo. Éstos fueron los dúnedain, los Fieles númenóreanos supervivientes que establecieron los reinos de Arnor y Gondor en la Tierra Media. Pero casi inmediatamente hubo pugnas y conflictos porque, gracias al poder del Anillo Único, Sauron también escapó de la Caída de Númenor y regresó a Mordor, donde comenzó a planear la destrucción de todos los reinos élficos y dúnedain que quedaban en la Tierra Media. Como respuesta se formó la Última Alianza de elfos y hombres, y el ejército de Sauron fue derrotado en la Batalla de Dagorlad.
Entrando en Mordor, la Alianza puso sitio a la Torre Oscura durante siete largos años hasta que Sauron fue vencido. En este último combate, el rey dúnadan Elendil y su hijo Anárion, así como el último Gran Rey de los elfos en la Tierra Media, Gil-galad, fueron muertos antes de que Isildur, hijo de Elendil, cortara el dedo en el que Sauron tenía el Anillo. Con la conquista de Mordor, la destrucción de la Torre Oscura, la expulsión de los Espectros del Anillo y la caída de Sauron, en el año 3441, la Segunda Edad del Sol terminó.