La parte occidental del país fue asentamiento de la gran civilización maya. Las únicas ruinas que son hoy testigo de su presencia son las de Copán, correspondientes al periodo clásico maya, y que demuestran el avanzado desarrollo alcanzado por sus pobladores. No obstante, los mayas estaban ya en declive en el momento en que Cristóbal Colón, durante su cuarto viaje, llegó a la isla de Guanaja, la más oriental de las islas de la Bahía, en 1502. Hubo una gran mortandad de la población indígena debido a la conquista y a las enfermedades que los españoles introdujeron; además, el número de conquistadores españoles era reducido y sólo había algunas mujeres entre el contingente recién llegado; esto provocó que la mezcla racial se produjera de forma rápida y que los mestizos se convirtieran en el grupo predominante del país.

 

El Periodo colonial

La conquista de Honduras comenzó en 1524, año en que Hernán Cortés, conquistador de México, envió a Cristóbal de Olid para que iniciara el sometimiento de los indígenas hondureños, en su mayoría lencas, jicaques, payas y arawacos. La conquista se caracterizó además por las luchas entre los distintos centros de poder español localizados en México, Panamá y Santo Domingo. En cualquier caso, Honduras constituyó una provincia dependiente del virreinato de Nueva España.

Cortés llegó en 1525 para ocupar formalmente el territorio, pero el descubrimiento de oro convirtió a Honduras en un centro de intrigas y conflictos durante varios años. Alonso de Cáceres fundó la ciudad de Comayagua en 1537 y venció la resistencia heroica del caudillo indígena Lempira. El lugarteniente de Cortés en Guatemala, Pedro de Alvarado, venció a todos sus oponentes en 1539. Ese año Honduras fue incorporada a la Capitanía General de Guatemala. Comayagua fue la capital durante la mayor parte del periodo colonial, aunque el auge de la minería alrededor de Gracias le dio a esta población tal importancia que en 1543 se convirtió en la capital de la Audiencia de los Confines, creada por Carlos I y que abarcaba toda Centroamérica. Sin embargo, los depósitos de oro y plata fueron más limitados de lo que se creía y Honduras fue perdiendo su importancia inicial, por lo que la capital de la Audiencia fue restablecida en Guatemala. Honduras fue gobernada por esta Audiencia hasta 1552 y después pasó a depender de la Capitanía General de Guatemala.

La actividad minera en los alrededores de Tegucigalpa motivó que esta ciudad, cuya Alcaldía Mayor había sido creada en 1579, desafiara también la hegemonía de Comayagua, creando una rivalidad que aumentaría su intensidad después de la independencia. Sin embargo, y de forma general, la Honduras colonial fue una provincia muy poco poblada de la Capitanía General de Guatemala, con la mayoría de su población dedicada a la agricultura y a la ganadería de autoconsumo. A finales del periodo colonial, fue un importante proveedor de alimentos y ganado para las regiones de El Salvador y Guatemala.

Durante toda la época colonial, y debido a su situación estratégica, sufrió los ataques de corsarios y piratas británicos, franceses y holandeses. A finales del siglo XVII los ingleses se establecieron en Río Tinto y reivindicaron la costa septentrional de Centroamérica, la costa de los Mosquitos, que posteriormente entregarían a Nicaragua.

 

Desarrollo después de la independencia

Después de la independencia centroamericana de España en 1821 y de México en 1823, Honduras se unió a la federación de las Provincias Unidas del Centro de América. El hondureño Francisco Morazán dirigió las fuerzas liberales que triunfaron en la guerra civil que se desarrolló entre 1827 y 1829 contra Guatemala, y fue presidente de la federación durante sus últimos diez años. En 1838, dos años antes de su caída en 1840, Honduras proclamó su autonomía; no obstante, sus vecinos más fuertes, especialmente Guatemala, ejercieron una gran influencia en la política hondureña hasta comienzos del siglo XX. Desde 1840 hasta mediados de la década de 1870, la República estuvo gobernada por conservadores, entre los que destacaron Francisco Ferrera, Juan Lindo y Santos Guardiola.
 

Los liberales, comenzando con Marco Aurelio Soto en 1876, dominaron el país a finales del siglo XIX y principios del XX, dedicándose a la modernización del país y a la necesidad de incrementar sus exportaciones. En 1880, la definitiva transferencia de la capital de la República —de la conservadora Comayagua a la liberal Tegucigalpa—, reflejó tanto el triunfo de los liberales como el renovado interés por la minería, que fue estimulada por el gobierno para atraer la inversión extranjera. A finales del siglo XIX, las compañías mineras estadounidenses jugaron un papel muy destacado en el desarrollo económico hondureño, lo que no impidió que Honduras continuara siendo el país menos desarrollado de Centroamérica.

Durante la primera mitad del siglo XX varias compañías frutícolas estadounidenses —como la United Fruit, la Standard y Cuyamel— hicieron rápidamente del banano la principal exportación del país, consiguiendo que los gobiernos liberales realizaran concesiones favorables. La compañía United Fruit adquirió Cuyamel en 1929, convirtiéndose en la mayor propietaria del país. Honduras aumentó sus exportaciones, desarrolló sus puertos caribeños y la ciudad de San Pedro Sula se convirtió en el principal centro de población de toda la llanura caribeña de Centroamérica. Sin embargo, la casi totalidad de los beneficios fue a parar a las compañías frutícolas estadounidenses, por lo que la mayor parte del país permaneció muy poco poblado y con un alto índice de analfabetismo.