A era DIESEL também se refletiu no tipo de vagões que trafegavam no porto de Santos. Ao longo do tempo, a C.D.S. e depois a CODESP, principalmente na fase MT-DNPVN possuiu uma frota de vagões relativamente grande, basicamente para o transporte de mercadorias dentro do cais, antes que o mesmo fosse invadido pelos caminhões, como atualmente pode se ver. Essa frota era constituída principalmente de vagões box (fechados), pranchas e gondolas de bordas baixas, que faziam o transbordo de mercadorias da estação do valongo (SPR) para os diversos armazéns.

Inicialmente composta de vagões de pequena capacidade, aos poucos, os antigos vagões curtos de madeira e as próprias galeras e gôndolas da CDS passaram a ser substituídos por modernos vagões construídos em aço, com muito maior capacidade de transporte. No entanto,  com o crescimento do movimento no cais e a construção de mais e mais armazéns e diversificação das mercadorias e produtos transportados a frota da C.D.S. começou a ser insuficiente para atender à demanda, apesar dos investimentos, de forma que as ferrovias (fepasa, RFFSA) passaram a ter acesso ao cais com seus próprios vagões, ainda que sempre manobrados pela frota da CDS/CODESP (hoje Portofer).

Aos poucos, os vagões próprios da CODESP foram sendo sucateados. Até 2000/2001, Alguns ainda estavam estacionados nos diversos desvios mortos existentes nas dependências da CODESP, porém hoje não são mais vistos.

Paralelamente, o Porto assiste nos dias de hoje a um desfile de vagões dos mais diversos tipos e finalidades. Nas fotos a seguir, vamos procurar apresentar alguns dos vagões da frota própria da CDS e da CODESP