Bidang persekutuan dan pembinaan
komisi Anak :
komisi yang bergerak dalam bidang pendidikan anak, sekolah minggu. dimana mempunyai tujuan untuk menumbuhkan rasa cinta akan tuhan yesus yang merupakan bekal bagi kehidupan dirinya kealak menjadi jemaat yang dewasa.
saat ini komisi anak mempunyai berbagai kelas antara lain :
kelas balita, kelas anak kecil. kelas anak pra tanggung, kelas anak tanggung, kelas anak pra remaja, dan kelas anak remaja yang mempunyai persekutuan sendiri dengan nama PERSEKUTUAN EKLESIA.
komisi Pemuda dan Remaja :
komisi ini membawahi kegiatan pemuda dan remaja baik yang ada di pusat maupun di wilayah. kegitan - kegiatannya bersifat meluas yang mencakup banyak hal yaitu : Malam Puji dan Doa, Kelompok Kecil, Warung Kongkoew dan masih banyak lagi.
komisi wanita :
komisi wanita mewadahi semua kegiatan kewanitaan di GKJ Nehemia baik yang di pusat maupun di wilayah, adapun kegiatannya yaitu : membantu menyiapkan konsumsi pada rapat majelis, seminar-seminar dan masih banyak lagi kegiatan komisi wanita yang melibatkan gereja lain.
komisi PA ( pemahaman Alkitab )
komis PA atau dikenal dengan nama PA YOKHANAN sangat penting sekali dalam meningkatkan kwlitas iman jemaat gkj nehemia, dalam setiap even-even umat kristiani selalu mengadakan kegiatan PA keluarga yang bertujuan supaya menumbuhkan sifat saling mengenal dan mencintai Tuhan Yesus di dalam keluarga.
Komisi KSP3J
KSP3J suatu komisi di GKJ Nehemia yang sangat memperhatikan kelangsungan kehidupan jemaat GKJ nehemia di masa sekarang dan masa depan.komisi ini yang selalu memantau setiap perkembangan jemaat di GKJ Nehemia
Majalah Gembala
suatu lembar informasi yang sangat vital bagi jemaat kita dan sebagai sarana informasi bagi warganya sehingga setiap perkembangannya dan setiap pertumbuhannya sangat berarti di tengah-tengah jemaat.
Bidang Kesaksian dan Pelayanan
komisi diakonia
komisi pelayanan di gkjn nehemia yang mencakup berbagai hal baik dari sisi pelayanan kedalam maupun sisi pelayanan kedalam sehingga komisi ini akrab dan dekat sekali di hati jemaat GKJ Nehemia.
Komisi kesenian
Wadah bagi para pecinta seni terkumpul dalam satu wadah yaitu komisi kesenian sehingga mampu menciptakan suatu paduan suara yang handal, Vocal groups yang handal , teater yang handal serta menghasilkan suatu wadah krawitan dengan irama gamelan yang menawan.
komisi IKA
komisi yang selalu memperhatikan wargannya sehingga selalu di butuhkan di saat saat susah , pada kenyataannya bahwa komisi ini merupakan tumpuan bagi jemaat kita yang mendapat kedukaan, komisi ini dengan senang hati akan membantu menolong sehingga wargannya merasa di perhatikan.
Bidang Penatalayanan
Komisi perbendaharaan
semua inventaris gereja di kelola dan di mantain oleh komisi ini baik dari segi perawatan gedung hingga perbendaharaan komisi-komisi , saat ini komisi perbendaharaan sedang membangun rumah untuk salah satu pendeta kita di puri beta.
bendahara gereja dan administrasi keuangan.
semua keuangan dan pengolahannya menjadi tanggung jawab komisi ini sehingga berkat yang di berikan Tuhan melalui warganya dapat di gunakan sebaik-baiknya dan dapat dipertanggung jawabkan secara baik.