La preparación educativa recibida por Kino en su juventud fue la misma impartida en europa durante el siglo XVII; desde estudios teológicos hasta ciencias exactas y cosmografía, en las ciudades de Innsbruck, Munich y Oetingen, así como en la universidad de Ingosland, donde cursó sus estudios religiosos.
Concluídos sus estudios, el joven sacerdote solicita su envío a las misiones de China, pero estos le tenían preparado un destino diferente. El superior general lo destina a la Nueva España, donde se avoca a la obra misional entre los nativos.
Después de la fracasada misión de Isidro de Atondo, hubo que volver al continente. Kino viaja a la ciudad de México para convencer al virrey y sus superiores de la necesidad de no avandonar a los indígenas californianos; pero,si bien no consigue tal propósito, logra la autorización provincial que lo destina a las misiones de Sonora, con el objetivo central de trabajar con los seris.
Cuando Kino llega a Sonora se encuentra con el padre Manuel Gonzáz quien trastorna sus planes originales y decide que el recién llegado inicie su entrada en la Pimería Alta, para lo cual elige Cosari, ubicado a 25 kilómetros de Cucurpe, como asiento de su primera misión, dedicada a nuestra señora de los Dolores.
El mismo año de 1867, Kino visita varios puestos pimas y comienza a congregar a los indios en las misiones de San Ignacio de Caborica, San José de Ímuris, Nuestra Señora del Pilar, Santiago de Cocóspera y Santa María Magdalena. La anterior tarea, al igual que las que posteriormente vendrían, sería casi imposibles de realizar sin el apoyo de las misiones de los ríos Yaqui, Sonora y San Miguel, en especial Ures.
En 1689, Kino penetra en la cuenca del río altar donde funda los pueblos de Tubutama, Pitiquito, Atil, Oquitoa, Caborca, Sáric y Aquimuri. Este mismo año Kino recibe cuatro ayudantes que pronto abandonarán la provincia.
La entrada en la Pimería Alta, según comenta Kino en su libro Favores Celestiales, encontró opositores dede un principio, pues colonos españoles del río Bacanuche ya empleaban a los pimas en sus minas y pensaron que estos avandonarían sus tierras para reducirse a las misiones. Religiosos de Sonora también objetaron la empresa porque pensaban que los pimas eran demasiados salvajes para acostumbrarse a la vida en la misión.
Hacia 1691 Kino funda el pueblo de Bisanig como visita de Caborca; funda además la misión de Guevabi en el río Santa Cruz, con su visita de Sonoita y Tumacácori. Un año máa tarde, avanzando hacia el norte por río Santa Cruz, funda la misión de San Javier del Bac, con su pueblo de visita: San Cosme del Tucsón.
El padre Agustín Campos llega por fin en 1693, él llegaría a ser el amigo, compañero y brazo fuerte de Eusebio Kino. Otros jesuitas se integran este mismo año a la labor evangelística en la Pimería Alta.
Delegando un poco de sus responsabilidades, Kino inicia en 1694 los viajes de exploración por las tierras incónitas, como serían descritas por el capitán Juan Mateo Mange, su más asiduo acompañante. En el curso de estos viajes de exploración se ha podido construir la vida cotidiana de las misiones, consistente en atender a la instrucción de los aborígenes, predicar y bautizar, distribuir ganado y semillas para afianzar el sedentarismo de las comunidades,etc. Kino tomaba también notas de sus observaciones y levantaba las primeras cartas geográficas de la región.
En 1695, en la plena consolidación de las distintas misiones ocurre la primera manifestación violenta de los indígenas a la penetracián europea. El movimiento inició en Tubutama y trascendió a Caborca donde los alzados dieron muerte al jesuita Francisco Javier Saeta junto con dos auxiliares ópatas. En respuesta, el capitán destacado en la región reprime con dureza excesiva.
De 1697 a 1702 los trabajos de Kino se concretan en buscar la mejor ruta a California, en eso trabaja cuando en 1698 funda la misión de San Marcelo de Sonoita, sobre el río del mismo nombre; ahí tenía Kino pensado establecer una base para la comunicación a la península.
En 1702, durante su último viaje al río Colorado, Kino queda convencido de que había encontrado el paso por tierra a California y así lo informa a sus superiores, quienes a su vez ponen al tanto al rey Felipe V. Un año después Kino es nombrado rector de Dolores, dedicando de esta manera todos sus esfuerzos en administrar el rectorado; trabajando tan sólo en el ministerio misional de la Pimería Alta. El capitán Manje se había convertido para 1703 en terrateniente y minero de Bacanuche; de amigo de Kino pasó a ser uno de sus más fervientes opositores, acusándolo de acaparar las mejores tierras para las misiones.
En marzo de 1711 Kino recorrió por última vez el camino de Magdalena a Dolores, iba a la dedicación de una capilla en honor de San Francisco Javier que su amigo, el padre Campos había construido. Durante la celebración de la misa se sintió enfermo y lo llevaron a la pequeña casa del misionero donde expiró a la media noche del 15 de Marzo a los 66 años de edad y 24 de servir en la Pimería Alta. El cuerpo de Eusebio Francisco Kino fue sepultado en la capilla de San Francisco Javier, sitio en donde fue localizado en 1966.
Por último no debemos olvidar que cuando Kino inició la reducción de los pimas se apoyó en un sistema misional sólidamente establecido, con un alto nivel de producción y bien administrado; en la empresa misional estaba involucrado todo el sistema de misiones de la Compañía de Jesús.
Cuando Kino falleció sólo dos jesuitas
quedaron en la Pimería Alta, los padres Agustín de Campos
y Luis Velarde, para atender 9 misiones con sus 16 pueblos de visita.
La Compañía de Jesús sufría para 1715 una
grave escacés de religiosos y la llegada de Europeos se vió
interrumpida por causa de las guerras en que España se vió
envuelta; además los superiores pretendían atender las necesidades
de otras misiones. Durante los 35 años que siguieron a la muerte
de Kino no hubo más que 4 jesuitas trabajando simultáneamente
en la Pimería Alta, esta cunstancia condujo a la desaparición
de varias misiones como Dolores y Remedios extinguidos por completo. En
estas reducciones los indios abandonaron la vida misional y volvieron
al nomadismo ancestral.
Documentos indican que las misiones de Gueravi, Suamca y San Javier del
Bac se fundaron en 1732 aunque consta que fueron erigidas por Kino a fines
del Siglo XVII; lo que sucedió es que desaparecieron por falta
de ministros y fueron prácticamente fundados de nuevo.
El Rey Felipe V y el Obispo de Durango, don Benito Crespo, insistieron ante los superiores jesuitas para que se atendiera debidamente a las mi siones de la Pimería Alta, demanda que se cumplió hasta 1748. Por fortuna en los años críticos hubo algunos misioneros notables como Gaspar Stiger, Ignacio Keller y Felipe Segesser, quienes llegaron en 1731.Cinco años después arriba a Sonora el Padre Jacobo Sedelmayr, en muchos aspectos semejantes a Kino y trabajo desde su llegada en la Pimería Alta hasta la expulsión. Otros importantes jesuitas trabajaron en el final del período misional. Miguel Geritaer en Súric e Ignacio Pfefferkon en Atil.
Desde 1743 el Provisional Escobar y Llamas ordena a Ignacio Keller, misionero de Suamca que inicia la entrada al Mequi, región ubicada al norte del Río Gila, previa gestión del Rey Felipe V y el obispo de Durango. El Padre Keller tuvo que organizar la expedición con sus propios recursos y no consiguió escolta militar suficiente, pues después del presidio de Terrenate sólo dos soldados fueron con íl. En septiembre de 1743 el Padre Keller cruza el Gila y se interna en el Mequi pero el poco tiempo fueron atacados y los sobrevivientes huyeron al sur. Hubo también fuertes protestas por parte de los franciscanos que argumentaban que dicho territorio estaba bajo su jurisdicción.
Este fue el último esfuerzo de los jesuitas por extender el sistema de misiones y resulto infructuoso. No había ya en la Nueva España las condiciones que favorecieran a la Compañía de Jesús en el siglo anterior.
Otro acontecimiento que vino a deteriorar aún más la inestable situación misional, fue el levantamiento del Capitán indígena Luis de Súric en 1751. La insurreción fue obra de un buen número de pimas cristiano en alianza con grupos gentiles del Río Gila. El objetivo de los alzados en el exterminio de las misiones y todos los españoles de la región lograron dar muerte a los Padres Tomás Tell en Caborca y a Enrique Ruhien en San Marcelo y San Miguel de Sonoita; hirieron a los Padres Jacobo Sedelmayr (Tubutama) y Juan Netuig (Sáric), quienes sólo por haber huido a tiempo escaparon de la muerte, al igual que estos cuatro msioneros: Gaspar Stieger de San Ignacio, Ignacio Keller de Suamca, José Garrucho de Gueravi y Francisco Paver de San Javier del Bac.
El gobernador Diego Ortiz de Parrilla logró que las alzadas depusieran la actitud hostíl a cambio de un indulto general que dejó impune a los homicidas. Cuando los jesuitas volvieron a las misiones encontraron que habían perdido autoridad sobre los indígenas pues estos se negaban a trabajar las tierras, la asistencia a misa y a la doctrina. Ortiz de Parrilla aprovechó la coyontura para responsabilizar a los jesuitas del alzamiento por el rigor y malos tratos con que se dirigían a los indígenas. Esta abierta pugna entre los religiosos y la autoridad civil ofreció a los indígenas un amplio espacio para evadir el control de una y otra autoridad. Los últimos 15 años de los jesuitas en la Pimería Alta transcurrieron en un ambiente de amenaza por nuevos alzamientos.
