En 1691 fue visitador de las misiones de la provincia de Sonora y más tarde rector de los colegios de Guadalajara y Tepotzotlán. De 1697 a 1704 fundó las misiones de Baja California, que sin la decidida y herorica intervención del padre Juan de Ugarte, su compañero, hubieran sido una tercera vez abandonadas debido a la debilidad de los indígenas. Regresó a baja California en 1707, permaneciendo en la Península hasta 1716, fecha en que el virrey lo llamó para conferenciar con él sobre una Historia de California que deseaba el rey Felipe V. Sin embargo Salvatierra murió en el trayecto.
Escribió Copia de cuatro cartas de el padre Juan María Salvatierra de la Compañía de Jesús para solicitar medios para la empresa de California (1698). La tercera de las cartas es particulamente interesante por las noticias que contiene de su viaje a California: cuenta las dificultades de la evangelización en parajes desolados, áridos y hostiles, y la falta de arbitrios.
Su familia era de origen español. Estudió en el Colegio
Jesuita de Parma, donde toma conocimiento de la labor que realizaban
los misioneros en las Indias. Impresionado por esta labor ingresa a
la Compañía de Jesús para luego dirigirse a Nueva
España en 1675, luego de recibir los hábitos en Génova.
Continuó sus estudios teológicos en Ciudad de México
y luego es designado profesor del Colegio jesuita de Puebla de Los Angeles,
entre Ciudad de México y el puerto de Veracruz.
Declinando un cargo en la Catedral, le fue aprobada su petición
para dedicarse a la conversión de los Indios, partiendo en Junio
de 1680 a evangelizar a los desafiantes Tarahumaras en las montañas
y desfiladeros al sudoeste de Chichahua al Norte de México. En
esa zona se desempeñó por diez años, estableciendo
varias misiones, ganándose el afecto, bautizando y pacificando
a los Indios.
En 1690 fue ascendido al cargo superior de Visitador de las misiones del distrito noroeste de México. Allí se encuentra con el Padre Eusebio Kino quien lo convence de la necesidad de evangelizar a los Indios de las Californias. Luego de muchas peticiones a sus superiores y a los Virreyes de Nueva España, es autorizado para realizar una expedición a sus expensas. Para ello contó con la valiosa ayuda del Padre Juan de Ugarte y de laicos como D. Pedro Gil de la Sierpe, Tesorero de la Corona en Acapulco y otros.
Luego de una azarosa navegación en un par de embarcaciones proporcionadas
por D. Pedro Gil de la Sierpe, el Padre Salvatierra desembarca al Sur
de la Península de California el día 15 de Octubre de
1697.
La embarcación mayor llamada “ Santa Elvira” estaba al mando de D. Juan Antonio Romero de la Sierpe, primo de don Pedro Gil de la Sierpe. Días después funda la misión de “Nuestra Señora de Loreto”, la primera y principal de las 18 misiones que luego fundaron los jesuitas en la península de California. Luego de la Misión de Loreto, el P. Salvatierra funda seis misiones más venciendo todas las dificultades que aparecían en su camino.
En 1704, es ascendido a Provincial y trasladado a Ciudad de México por tres años. En 1707 regresa a sus queridas misiones californianas permaneciendo hasta 1717.
Llamado por el Virrey de Nueva España, intenta viajar a Ciudad de México pero se ve obligado a permanecer en Guadalajara debido al agravamiendo de sus enfermedades. Fallece en Guadalajara el día 17 de julio de 1717.
Tiene solemnes funerales a los cuales asiste gran cantidad de personas y es enterrado en la capilla dedicada a “la Señora de Loreto” levantada por el mismo P. Salvatierra, años antes.
Además de su legado espiritual y construcción de las misiones
californianas, el P. Salvatierra nos ha dejado valiosos documentos históricos
sobre aspectos variados de las Californias de la época. Sus obras
más importantes son: "Cartas sobre la Conquista espiritual
de California" (Mexico, 1698); "Nuevas Cartas sobre lo mismo"
(Mexico, 1699); y sus "Relaciones" (1697-1709) en "Documentos
para la Historia de Mexico" (4th series, Mexico, 1853-7).
