Cuando los primeros misioneros penetraron al actual estado de Sonora, en 1614, encontraron las siguientes tribus que lo poblaban: Los cahítas "yaquis y mayos", que tenían su hábitat en las márgenes de los ríos Yaqui y Mayo. Los nebomes, en las riberas de los ríos Mátape, Tecoripa, Río Chico y parte media del río Yaqui. Los ópatas en el centro del estado, colindaban al norte con los pimas altos y apaches; al este con la Tarahumara, al oeste con los pimas y seris y al sur con los nebomes y yaquis. Los pimas altos y apaches; al este con la tarahumaras, al oeste con los pimas y seris y al sur con los nebomes y yaquis. Los pimas altos y pápagos limitaban al sur con los seris y pimas bajos, al este con los ópatas y apaches y al norte con los gilas. Entre los pimas bajos se nombran los pimas cocomachoques, que tenían su hábitat en el Pitiquín, actual ciudad de Hermosillo, hasta el gavilán. Estos indígenas pertenecían a la tribu yaqui. Los seris habitaban la isla del Tiburón y la franja costera del estado comprendida entre Cabo Tepoca y Tastiota. Segun los lugares que ocupaban se subdividían en seris bocoachis, tepocas, tiburones, salineros y carrizos.
A excepción de los seris o kunkaak, las tribus de Sonora, a juzgar por sus dialectos procedían de un mismo tronco común pues no hay mucha diferencia entre ellos. No obstante, dichas tribus tenían sus territorios bien definidos, y por lo tanto, su independencia política, siendo los ópatas los que por su temperamento sedentario gozaban de una cultura social máas avanzada. Los dialectos que se hablaban en Sonora no pasaban de ser unos seis, de los cuales han subsistido hasta nuestros días el cahita y el seri.

Los indígenas sonorenses han sido catalogados como los m&s altos y fuertes de México. Sus pueblos, aldeas y rancherías las fundaban sobre las márgenes de los ríos, aprovechando los valles que tenían agua, para sus labores agrícolas. Sus habitaciones las construían según el clima del que gozaban; en la sierra, de terrado para protegerse del frío ; en los valles, de carrizo, pitahaya y petates, para ampararse del calor que hacía en sus tierras. Algunas aldeas tenían calles concertadas y acequias de regadío para sus labores; vestían y poseían mantas de algodón y pita. Sus cosechas consistían en cultivar maíz, frijol y calabazas.

Cada pueblo tenía su cacique a quien obedecían, sobretodo en asuntos de guerra; los hechiceros eran respetados y temidos; no tenían altares ni ídolos, ni culto de ninguna clase. Al sol y a la luna veneran como hermanos. Existía entre ellos la creencia, de que procedían de Moctezuma a quien llamaban "nuestro primer principio". Los seris, por otra parte, han sido considerados como una tribu de indígenas escencialmente pescadora y cazadora. sus habitaciones eran muy primitivas, pues siendo una tribu andariega construían sus casas como de paso.

El misionero jesuita Adan Gilg, en 1692, escribió una carta en latín, desde la misión de nuestra señora del populo, Sonora, la cual dirigió al rector del colegio en Brum, Moravia; dice, entre otras cosas:

" La palabra seri no es indígena, sino española; es el nombre que los españoles han dado a una tribu de América del Norte. Ellos viven en la costa hacia el occidente. Esta gente antes pagana, tenía su asiento en la costa e islas del mar Californio. En el año de 1622, el ejército español les dió duros golpes, muriendo bajo el fuego y la espada."