D1S111 (D1S61, p33.6)
Weller et al. (1984) обнаружили внутри интрона 1 гена миоглобина человека
последовательность, состоящую из четырех тандемных повторов длиной по 33 п.н. 33-членный повторяющийся элемент выделили из генома, клонировали и использовали в качестве зонда для гибридизации с геномной ДНК человека, причем в зависимости от гибридизационных условий выявлялось целое семейство повторов, последовательность которых частично комплементарна последовательности зонда (Jeffreys et al., 1985). Минисателлит, обнаруживаемый в жестких условиях гибридизации с зондом p33.6 в локусе D1S111 (или D1S61, хромосомная локализация 1q21-1q31, GDB:177849), считается "главным" среди других минисателлитов, выявляемых с помощью миоглобинового зонда, и состоит из тандемных повторов с усредненной длиной 37 п.н. [Jeffreys et al., 1988, 1990; Loupart et al., 1991].
Полиморфизм изучен лишь в нескольких популяциях: у британских и северо-американских европеоидов, индийцев племени Кахари, горцев Папуа-Новой Гвинеи и канадских индейцев племени Догриб [Jeffreys et al., 1985; Deka et al., 1991]. Гетерозиготность от 0,53 (европеоиды США) до 0,72 (индийцы). Помимо приложений по идентификации личности, локус D1S111 использовался при изучении таких генетических нарушений как болезнь Шарко-Мари-Туз [Hentani et al., 1992] и тератома яичников [Franco et al., 1991].
Первоисточники: Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.L. (1985) Hypervariable "minisatellite" regions in human DNA. Nature, 314, 67-73
Jeffreys A.J., MacLeod A., Neumann R., Povey S., Royle N.J. (1990) "Major minisatellite loci" detected by minisatellite clones 33.6 and 33.15 correspond to the cognate loci D1S111 and D7S437. Genomics, 70, 449-52.
Loupart M.L., Armour J.A., Jeffreys A.J., Varley J.M. (1991) 33.6 (D1S111) and pMLAJ1 (D1S61) identify the same VNTR on chromosome 1. Nucleic Acids Res., 19, 4801.
Референтная последовательность ДНК: M30548 (GI:337900)
Условия амплификации
| 1 цикл | Первая денатурация при 95°C | 2 мин |
| 30-35 циклов | денатурация при 94°C | 30 сек |
| отжиг праймеров при 56-58°C | 30 сек | |
| синтез цепи при 72°C | 30 сек | |
| 1 цикл | Последний синтез цепи при 72°C | 5 мин |
Результаты ПЦР в сильной степени зависят от количества и качества вносимой в реакцию ДНК. Локус достаточно сложен для рутинных приложений; рекомендуется использование "горячего старта" ПЦР и постановка параллельных реакций для различных разведений ДНК.
При интерпретации результатов следует учитывать возможный эффект "предпочтительной амплификации", особенно в условиях переизбытка стартовой ДНК (подробнее - см. описание). В сомнительных случаях следует повторить ПЦР, внося в реакцию не более 50 нг ДНК.
| Генотип К562 ДНК - 18/18 | Разделение продуктов реакции по данному локусу можно проводить в 1,5-2,5% агарозных гелях. Наносится 5-10 мкл пост-реакционной смеси. |
 | Изображение окрашенного бромистым этидием агарозного геля (2,5%, длина геля 15 см) получено в РЦ СМЭ (г. Москва). Идентификация амплифицированных аллелей осуществлялась с использованием компьютерной программы DATAPHOR. Семейный анализ (неисключение отцовства).1 – предполагаемый отец; генотип 15/18 2 – ребенок; генотип 15/20 3 – мать ребенка; генотип 18/20 4 – высокомолекулярный стандарт pBR322 ДНК/AluI: 908, 659, 656, 521, 403, 281, 257, 226 п.н. |
 | Изображение окрашенного бромистым этидием агарозного геля (2%, длина геля 10 см) получено в Бюро СМЭ ДЗ г.Москвы. Идентификация амплифицированных аллелей очень просто осуществляется с использованием искусственно синтезированной псевдоаллельной "лестницы" для этого локуса, которая содержит 17 фрагментов (от 381 до 973 п.н.) и соответствует аллелям 9...25. Генотипы четырех обследованных человек, слева направо: 15/15, 12/18, 12/19, 12/18. |
Частоты аллелей в русской популяции
| Аллель | Длина аллеля, п.н. | В исследованной выборке | Консервативная оценка |
|---|---|---|---|
| 9 | 378 | 0,023±0,004 | 0,03 |
| 10 | 415 | 0,015±0,004 | 0,02 |
| 11 | 452 | 0,004±0,002 | 0,01 |
| 12 | 489 | 0,110±0,009 | 0,13 |
| 13 | 526 | 0,008±0,003 | 0,02 |
| 14 | 563 | 0,009±0,003 | 0,02 |
| 15 | 600 | 0,338±0,014 | 0,37 |
| 16 | 637 | 0,010±0,003 | 0,02 |
| 17 | 674 | 0,019±0,004 | 0,03 |
| 18 | 711 | 0,376±0,014 | 0,40 |
| 19 | 748 | 0,036±0,005 | 0,05 |
| 20 | 785 | 0,008±0,003 | 0,02 |
| 21 | 822 | 0,018±0,004 | 0,03 |
| 22 | 859 | 0,017±0,004 | 0,03 |
| 23 | 896 | 0,003±0,001 | 0,01 |
| 24 | 933 | 0,003±0,001 | 0,01 |
| 25 | 970 | 0,002±0,001 | 0,01 |
| 26 | 1007 | 0,001±0,001 | 0,01 |
Нумерация аллелей отражает число содержащихся в них тандемных повторов
Аллельные частоты рассчитаны при исследовании выборки из московской городской популяции (594 неродственных человека)
± стандартная ошибка
В различных популяциях показано существование аллелей 6 - 27
Консервативная оценка аллельных частот для европеоидного населения России рекомендуется для вероятностных расчетов в экспертной практике.
К бельчонку (в начало)