RB1-VNTR
Ген ретинобластомы (RB1) является геном-супрессором ретинобластомы -
злокачественной опухоли глаз, проявляющейся у детей в раннем возрасте. Помимо
ретинобластомы, локус RB1 сцеплен с такими раковыми заболеваниями, как
остеосаркома, рак простаты и др. Ген RB1 расположен на длинном плече хромосомы
13 (13q14), а в его 16-м интроне локализован гипервариабельный участок
(RB1-VNTR, GDB:185768), представленный множественными копиями тандемных
повторов со средним размером 50 п.н. [Sparkes et al., 1980; Scharf et al.,
1992].
Этот минисателлит широко используется при анализе геномных перестроек в
опухолевых тканях (в частности, соматическая потеря гетерозиготности). Отмечена
значительная степень метилирования этого локуса в разных тканях, что может
свидетельствовать о потенциально высоком уровне мутаций ввиду повышенной
мутагенности 5-метилцитозина.
При изучении полиморфизма RB1-VNTR в разных популяциях обнаружено до 11 аллелей
(аллели 11-34), гетерозиготность колеблется от 26 до 79%; наибольшая степень
полиморфизма отмечена для европеоидов и негров (8-9 аллелей, гетерозиготность
73-79%) [Scharf et al., 1992].
- Scharf S.J., Bowcock A.M., McClure G., Klitz W., Yandell D.W., Erlich H.A. (1992) Amplification and characterization of the retinoblastoma gene VNTR by PCR. Am. J. Hum. Genet., 50, 371-381.
- Sparkes R., Sparkes M., Wilson M. (1980) Regional assignment of genes for human esterase D and retinoblastoma to chromosome band 13q14. Science, 208, 1042-1044.
- Ефремов И.А., Чистяков Д.А., Носиков В.В. (1996) Анализ полиморфизма двух гипервариабельных районов генома человека в русской популяции Москвы с помощью полимеразной цепной реакции. Молекулярная биология, 30 (2), 307-318. Pdf-формат, сканированные репринты на английском (449K) или русском (608K)
| RBD21 | 5'-cgttaatatttacctaacgtatggccaagtttcc-3' | 34 н.о. |
| RBD24 | 5'-cgagcctcggtctcatcaccaagggggtgg-3' | 30 н.о. |
Условия амплификации
| 1 цикл | Первая денатурация при 95°C | 2 мин |
| 30-35 циклов | денатурация при 94°C | 30 сек |
| отжиг праймеров при 58-62°C | 30 сек | |
| синтез цепи при 72°C | 30 сек | |
| 1 цикл | Последний синтез цепи при 72°C | 10 мин |
Данное количество циклов обеспечивает воспроизводимые результаты (электрофоретические аллельные полосы удовлетворительной интенсивности без переработки неспецифических продуктов реакции) при внесении в реакционную смесь 20-100 ng очищенной ДНК человека.
| При использовании указанной пары праймеров возможна амплификация
неспецифических фрагментов меньшей интенсивности размером около 870 п.н. (на электрофореграмме отмечены стрелкой) | Разделение продуктов реакции по данному локусу можно проводить в 1..1,5% агарозных гелях (длина геля 15 см). Наносится 5-8 мкл пост-реакционной смеси и (на отдельные дорожки) 0,5-1 мкл высокомолекулярного стандарта 100 bp DNA Ladder Plus. |
 | Электрофореграмма по локусу RB1-VNTR (Окрашенный серебром неденатурирующий ПАГ: 6%T, 3,3%C, электрофорез в течение 3ч при 250В, длина геля 15 см)1, 2, 3 - семейный анализ (исключение отцовства) 1 – предполагаемый отец; генотип 25/27 2 – ребенок; генотип 24/25 3 – мать ребенка; генотип 25/25 4 – высокомолекулярный стандарт 100 bp DNA Ladder Plus (справа приведены длины фрагментов в п.н.) 5 - К562 ДНК; генотип 22/22 (30 циклов амплификации 20 нг матрицы ДНК, нанесение 5 мкл пост-реакционной смеси на дорожку геля) |
Частоты аллелей в русской популяции
| Аллель | Длина аллеля, п.н. | В исследованной выборке | Консервативная оценка |
|---|---|---|---|
| 21 | 1200 | 0,004±0,004 | 0,05 |
| 22 | 1250 | 0,142±0,023 | 0,19 |
| 23 | 1300 | - | 0,02 |
| 24 | 1350 | 0,038±0,012 | 0,06 |
| 25 | 1400 | 0,008±0,006 | 0,05 |
| 26 | 1450 | 0,013±0,007 | 0,05 |
| 27 | 1500 | 0,562±0,032 | 0,63 |
| 28 | 1550 | 0,021±0,009 | 0,05 |
| 29 | 1600 | 0,204±0,026 | 0,26 |
| 30 | 1650 | 0,008±0,006 | 0,05 |
Нумерация аллелей отражает число содержащихся в них тандемных повторов
Аллельные частоты приводятся из работы (Ефремов и др., 1996), рассчитаны при исследовании выборки из московской городской
популяции (120 неродственных человек)
± стандартная ошибка
Консервативная оценка аллельных частот для европеоидного населения России
приводится на основании сравнительного анализа с другими популяциями;
рекомендуется для вероятностных расчетов в экспертной практике.
К бельчонку (в начало)