在八年前遊戲從爺爺處拿到了千年積木。一天，一個叫牛尾的人威脅遊戲叫他給自己30萬日元{詳見第一期}。回到家裏時他突然靈機一觸把千年積木砌好了。就在這一次偶然的機會下打開了千年積木的封印，而出現了另一種人格，變成了闇遊戲，不斷懲罰惡人。一直在遊戲方面未有敗績的遊戲，某天與遊戲天才，海馬集團社長海馬瀨人，以大受歡迎的M&W咭決鬥。
經過兩回激戰後，終由遊戲勝出，而海馬則在決鬥後受到懲罰，進入昏睡狀態。從此以後，兩人便成為了宿敵。
其後，創造M&W咭的天才設計師柏伽索斯得知海馬被擊敗後，便想測試遊戲的實力。柏伽索斯把遊戲爺爺的靈魂封在電視機裏，逼遊戲前往一個島，參加由柏伽索斯主辦的
[決鬥者王國戰]。遊戲與城之內一一打敗強敵，終於進入王者之戰。另一方面，海馬甦醒過來，為了拯救被柏伽索斯擄走的木馬，決挑戰柏伽索斯可惜敗北。而海馬的靈魂更被封印在咭內。最後柏伽索斯被闇遊戲打敗。遊戲和城之內都得到了決鬥者的光榮和獎金，而且更令海馬兄弟團聚。遊戲和闇遊戲的能力則日漸強勁及緊密。
海馬集團在童實野町舉辦了決鬥城市。闇遊戲為了從中尋回失去的記憶，而參加是次的比賽。城之內為了成為真正的決鬥者，於是也參加了是次的比賽。
遊戲打倒了由古魯斯首領 ·
馬尼諾所操縱的敵人，取得了幻神咭天空龍，而且也獲得資格參加準決賽。另一方面，城之內也集齊了七張晶體卡，獲得進入準決賽的資格，同時海馬也是。但最先來到決賽場地的卻是馬利諾及力斯頓，二人談了一會後，海馬來到，而緊接著的是城之內及遊戲等人。