人類發明人工智能後，機械人的智慧急速發展，某一天一個機械人殺害了他的主人，人類通過法例毀滅所有機械人。倖存的機械人逃到中東地區，建立自己的國家。由於人類拒絕讓機械國加入聯合國，並實施各種禁運，雙方矛盾終於變為戰爭。機械人武器精良，血肉之軀根本無法抵抗，節節敗退的人類連核彈都用上了依然無濟於事，終於想出遮蔽天空的戰術，試圖令依賴太陽能的機械人滅亡。當大量黑雲覆蓋了天空，機械人卻學會利用戰俘充當電池，借人體電能發電。後來人類終於被征服，全人類都被用來發電，但人類被抽取電能會很易死亡，電腦為長遠解決能源問題，遂發展出Matrix系統，模擬一個人類世界，把影像傳輸進人腦，讓他們以為自己安居樂業，精神滿足，延長壽命。

　　最初Matrix的設計師設計一個完美世界讓人類居住，以為最適合人類，但人類的劣根性和各種情感變數讓這個世界最終毀滅，設計師唯有重寫一個比較接近人類現實世界的環境。同時，系統裡有百分之一的人發現了Matrix只是虛擬世界，並不斷進行顛覆活動，為保持系統穩定，設計師唯有將他們放逐，讓他們在地底建立錫安城。為了研究人類的心理狀況和情感，從而令機械文明充實和進步，設計師設計了祭師這一程式，專責研究。此外，為了加強Matrix的穩定性，清除Matrix內的錯誤和非法的程式，設計師把所有收集到的非法程式的原始碼編寫成救世主程式，就是尼奧，然後把它植入一個人類腦中。救世主的作用一方面負責清除系統裡的非法程式，所以他每一次都要砸了法國人程式的場，殺盡他的手下，因為法國人專門收容這些非法程式作為他的爪牙；一方面尼奧作為救世主負責帶領錫安的人類反抗Matrix，因為錫安城經過一段時間積儲實力便會成為Matrix的大患，所以設計師索性讓錫安的入侵者誤以為祭師和救世主是幫助他們的人，其實是間接監控他們的舉動，所以一切都在Matrix的控制之內。每一次救世主就帶領反抗軍在Matrix內殺清非法程式，直闖Matrix的中心，此時設計師便派電子烏賊大軍攻打錫安，破壞它的軍事力量，當救世主見到設計師知道一切真相後，設計師便讓救世主選擇是否返回代碼源讓Matrix升級，如不返回Matrix便會毀滅錫安。每一代的救世主都會選擇拯救人類，返回代碼源，Matrix便會升級。以往五次升級都順利無阻，直至第六次便發生意外。

　　意外之一是祭師。可能由於長時間研究人類的心理和情感，祭師開始同情人類的處境，意識到機械人的自我膨脹意識最終會導致Matrix毀滅，她希望打破設計師定下來的循環，這就是革命。她希望建立的是一個機械人、人類和程式三者都能和平共存的世界，她既幫助人類對抗機械，又收容一些對Matrix而言沒有用的程式，如小女孩Sati。祭師的做法是，讓這一代的救世主跟前五代的有所不同，就是他愛上了Trinity，可以說他們的愛情都是祭師一手促成，當尼奧回到Matrix中心時，面對拯救全人類還是拯救Trinity時，尼奧選擇了後者，破壞了設計師的計劃。於是設計師出兵意圖毀滅錫安，祭師要讓尼奧有籌碼跟機械大帝談判，關鍵就在另一個意外，史密夫的失控。本來史密夫是一個清毒程式，但當尼奧第一次消滅他的時候，反而讓他脫離了Matrix的監控，開始大量在Matrix複製自己，增強實力。當他找到祭師的家來，想吸收祭師的時候，祭師已經一早預知，連史密夫也懷疑她是否另有目的才不逃走。其實祭師故意讓它吸收自己，加強史密夫的力量令設計師對他束手無策，不得不借助尼奧的力量消滅他，從而讓尼奧有了跟機械大帝談判的籌碼。最後尼奧跟史密夫的一場大戰，尼奧雖被打敗，但此時潛藏在史密夫體內的祭師借史密夫的口提示尼奧，「有開始便有終結，生命的意義是死亡」,讓尼奧明白只有犧牲自己才能了解史密夫。於是他讓史密夫複製自己，同時他釋出自己體內的原始碼，由於祭師說過，史密夫是尼奧的反面（我懷疑史密夫也是祭師一手改寫的程式，不然一個力量等同尼奧的程式不可能偶然出現），所以他的代碼中和了史密夫的代碼，兩者同歸於盡。

　　片末，祭師與設計師見面，設計師說祭師玩了一個很危險的遊戲，但畢竟祭師成功了。小女孩Sati為紀念尼奧製造了一次美麗的日出，可見程式已經進化到有創造能力，有說她將是下一任的Matrix管理者，這個管理者不同於設計師，她有感情，有愛，有創意，這無疑是Matrix一次更大的升級，同時也是全世界一次革命，從此人類、機械、程式都能互相和平共存。然而這種和平又能維持多久呢？下一代尼奧會不會需要再重來？

　　這個說法只是芸芸說法之中我比較信服的一個，還有很多截然不同的講法，此外有一些細節也引起很大的爭論，例如錫安城和機械城其實也只是虛擬世界，因為尼奧能在錫安城徒手消滅烏賊，瞎了眼又能看到東西等等；祭師是真的一心幫助人類和程式反抗機械人還是她只是希望Matrix來一次徹底升級，從此不用再依靠人類提供創意思維來改善自己？