部隊的工作大致可分為應急及常規任務兩類。遇上天災及緊急事故時，醫療輔助隊會動員增援常規醫療衛生服務，包括在災場替傷者就地進行治療、運送傷者到醫院及料理急症醫院和療養院的病人。

此外，穿著制服的隊員曾受救護車當值訓練及急救訓練，亦會被派增援正規救護車服務及在公眾活動中當值，提供急救服務。

動員醫療輔助隊的請求，一般可向部隊的高級行動及訓練主任（行動組）提出。然而，亦可隨時與屬指揮職級的志願隊員直接聯絡，要求援助。醫療輔助隊總部的部分職員，會帶備手提電話，亦可隨時接收及傳達要求部隊動員的訊息。

在八號風球高懸或發生緊急事故期間，醫療輔助隊會安排隊員在總部的控制室值勤。而有關動員的請求，亦可由消防處總部的消防通訊中心或政府總部緊急事故統籌中心通知醫療輔助隊。

颱風訊號八號或更高的風球懸掛後，醫療輔助隊隊員會向消防處救護站／救護局報到，設立急救站，為有需要的市民提供急救服務。醫療輔助隊會在每個指定的救護站／救護局加派一隊救護車人員，支援消防處的救護車服務。

香港萬一發生核電意外，醫療輔助隊會協助執行緊急應變計劃，派隊員於監測中心及輻射檢查站值勤，負責清除輻射的工作。

醫療輔助隊擁有一支由六輛 非緊急救護車組成的車隊提供這類服務 。 服務對象包括衛生署 、社會福利署及私家醫院的病患者。服務時間是每天(星期日及公眾假期除外)上午九時至下午六時。

醫療輔助隊應急計劃的其中一環，就是於各政府醫院及診所貯存應急物料，分別位於市區及郊外逾 30處，方便隊員在執行應急任務時取用。貯存的物料種類齊全，包括急救用的普通繃帶，以至手術室內甚為複雜的儀器，還有病人用的簡單食具，以至可將一所學校改裝成為急症醫院的大型設備等。

常規任務

醫療輔助隊亦會在平日為市民提供其他各類服務，計有在公眾活動中如百萬行、煙花匯演等提供急救服務及於週末和公眾假期，派隊員到郊野公園的急救站值勤。其他日常職務包括教授公務員及其他大型機構的員工急救技巧和知識等。學員修畢課程後可獲本隊頒發認可的急救証書。

目前，醫療輔助隊隊員正協助衛生署管理所有美沙酮診所，工作包括行政、護理、會計、收費、配藥及診所內其他有關事務。

醫療輔助隊定期舉辦新隊員訓練課程，使新加入的隊員成為合資格的急救員，並且學習到所需的基本技巧及知悉醫療輔助隊的要求。完成基本訓練課程後，隊員將被派駐到各分隊接受進一步的深造訓練。

醫療輔助隊透過舉辦跨部門研討會及與國際災難管理機構互相交流，為隊員提供有關災難管理工作的特別訓練。部分醫療輔助隊隊員亦曾被派往海外修讀課程。

本隊的綜合訓練多數在何文田、西灣河、荃灣、石硤尾的訓練中心舉行，而分隊定期訓練則在本港的學校舉行。搶救訓練課程都是在醫療輔助隊斬竹灣訓練中心(海事)及荃灣營舉行。