在火影忍者正式故事展開的12年前，一隻被稱為「九尾妖狐」的巨大妖怪襲擊木葉忍者村。傳說它一揮動尾巴就會山崩海嘯。當時的第四代火影犧牲自己的性命，把妖狐封印在剛出生的孩子——「漩渦鳴人」(渦卷 鳴門)身上。
第四代火影被村裡的人認為是英雄，但他更希望村裡的人同樣地將鳴人當作英雄看待。但村民認為鳴人(鳴門)就是「九尾妖狐」的化身，而不是作為封印的妖狐容器，因此為鳴人自小便被人輕視。
重新復出的第三代火影已經禁止村人和後代提到這次突襲事件，但此擧仍不能阻止人們把鳴人視為敵人。即使他們的後代並不知情，但是在父母的感染下，亦疏遠鳴人。因此，鳴人從小備受孤立，既沒有朋友也沒有獲得認同。爲了引起其他人注意，經常惡作劇。但這種狀況在他成功的通過「忍者學校」的畢業考試後逐步改變，並以「超越以往所有火影」為目標，尋找屬於自己的忍道。
火影忍者故事既包含嚴肅和娛樂的情節，整個故事以鳴人及其朋友的成長為核心，並描繪他們在人生經歷當中的相互作用。鳴人與兩位好友——宇智波佐助(內輪 佐助)和春野櫻，及他們的導師旗木卡卡西(畑 鹿驚)組成第七組執行各種任務。