魚人島篇

恐怖三桅帆船篇（漫畫：442－489話／動畫：337－381話）

草帽海賊團航行到魔幻三角地帶，在那裡遇見了吃了黃泉果實的骷髏人布魯克，就在他們和布魯克對話時，船漸漸駛向幽靈船恐怖三桅帆船，然而居住在恐怖三桅帆船裡的竟然是七武海 月光·摩利亞，為影子果實能力者，並且建立殭屍軍團，魯夫一行人和殭屍及摩利亞展開了艱辛的戰鬥，更遇上了人稱「暴君」的七武海 巴索羅繆·大熊。大熊聽從世界政府的指令，抹殺所有目睹摩利亞被擊敗的目擊者，面對強大的力量加上體力耗盡，全團均無能為力並處於劣勢，最後大熊網開一面，放過他們一馬。後來得知布魯克和在雙子峽遇到的大鯨魚拉布有一段約定，布魯克為了完成和拉布的約定，以音樂家身份加入草帽海賊團。

迪巴魯篇（漫畫：490－495話／動畫：）

草帽海賊團朝魚人島出發，途中遇到接吻人魚海咪和海星帕帕克，接受拜託從馬可羅一家以及飛魚騎士團手中救出小八，而飛魚騎士的領導者迪巴魯竟然和香吉士懸賞單上的臉長得幾乎一模一樣。

香波地諸島篇（漫畫：496－513話）

得知魚人島位在海底10000公尺深處，為了讓千陽號能在海底航行，需要在船表面上膜，草帽海賊團、海咪、小八、帕帕克一行人來到香波地諸島，目睹了世界貴族濫用權力的惡行，以及島上奴隸制度盛行的醜惡行為，因小八被天龍人開槍射擊，魯夫因而憤怒而打傷天龍人，導致天龍人事件發生，而引發海軍本部的三大最高戰鬥力之一的海軍上將 黃猿（閃光果實能力者）來到，引發混戰，後來全團船員更被突然出現的七武海 巴索羅繆·大熊的能力傳送到別的地方去。而在同時，海軍本部也正在召集所有「王下七武海」成員，準備要和白鬍子海賊團戰鬥。

女兒島篇（漫畫：514－523話）

魯夫被大熊傳送到女兒島亞馬遜·百合，魯夫食物中毒，並為瑪格麗特及同伴所救所救，但因他不知女人島上不准男人靠近的規定且「劫持」了瑪格麗特而遭到追殺，而後更在那遇上了因為「詛咒」而擁有「石化」能力的女性七武海、人稱「海賊女帝」的波雅·漢考克（甜甜果實能力者），面對這個把自己人狠心石化的美艷暴君、目擊此事卻無動於衷的女人國子民、以及兩位同樣受詛咒的女王之妹（蟒蛇果實能力者、眼鏡蛇果實能力者），魯夫展開了在女人島的戰鬥。化解與女兒島居民的衝突後和女帝的心結，魯夫無意中從怎麼了婆婆那得知艾斯的困境，決定去深海大監獄「推進城」拯救即將被處死的艾斯。而此時漢考克卻暗戀上魯夫，並決定利用七武海身份暗中幫助他。

海底監獄推進城篇（漫畫：524－）

魯夫藏在漢考克的衣服里乘坐海軍軍艦花了大約四天的時間經過海軍專用海流到達艾斯被困之處：海底監獄「推進城」。卡普前往推進城探望艾斯。而在同時，小丑 巴其也被一同關進大監獄裡去，但巴其順利越獄。漢考克接受推進城副看守所多米諾檢查時發動果實能力，魯夫趁機進入地下一樓紅蓮層，並遇到越獄中被獄卒布魯格里追擊的巴其，兩人決定合作展開作戰。