故事的主角是一個名叫小智的男孩。故事講述小智今年剛滿10歲，住在純白鎮中。原來在那裡，任何人只要年滿十歲，就可以獲得寵物小精靈使用執照(即寵物小精靈圖鑑)，並從寵物小精靈研究家大木博士手中領取一隻寵物小精靈。小智為了要成為世界上首屈一指的寵物小精靈訓練員，所以必須踏上曲折離奇的旅程接受考驗。不料出發的那天，小智卻因懶睡而誤了時間，比其他人晚了一步。好不容易從博士那裡領來沒有人要的“比卡超”，誰知“比卡超”卻難以照料及非常固執。就在前往下一站「常磐市」的途中，他們遇上了麻煩！比卡超被野生的寵物小精靈襲擊
...就這樣，小智與比卡超便展開了他們艱辛與漫長的冒險旅程... 