列車服務時間及班次
| 服務時間 | 清晨5時30分至凌晨1時，平均列車班次頻率（分鐘）如下： | |||
| 火炭 | 大埔墟 | 上水 | 羅湖 | |
| 早上繁忙時間（7時至10時） | 3 - 4 | 3 - 6 | 3 - 8 | 6 - 8 |
| 下午繁忙時間（5時至8時） | 3 - 5 | 3 - 5 | 3 - 5 | 3 - 8 |
| 非繁忙時間 | 5 - 8 | |||
| 星期日及公眾假期 | 5 - 10 | |||
首班及尾班列車開行時間
1. 往紅磡方向
| 開出車站 | 紅磡首班車 | 紅磡尾班車 |
| 旺角 | 05:49 | 00:54 |
| 九龍塘 | 05:46 | 00:52 |
| 大圍 | 05:42 | 00:47 |
| 沙田 | 05:40 | 00:45 |
| 火炭 | 05:59 | 00:43 |
| 大學 | 05:56 | 00:39 |
| 大埔墟 | 05:50 | 00:33 |
| 太和 | 05:47 | 00:31 |
| 粉嶺 | 05:42 | 00:26 |
| 上水 | 05:40 | 00:23 |
| 羅湖 | 05:55 | 00:20 |
註：上述資料以車站公佈為準。
2. 往羅湖方向
| 開出車站 | 羅湖首班車 | 羅湖尾班車 | 上水尾班車 |
| 紅磡 | 05:35 | 22:33 | 00:25 |
| 旺角 | 05:33 | 22:36 | 00:28 |
| 九龍塘 | 05:36 | 22:39 | 00:31 |
| 大圍 | 05:41 | 22:43 | 00:35 |
| 沙田 | 05:35 | 22:45 | 00:38 |
| 火炭 | 05:37 | 22:48 | 00:40 |
| 大學 | 05:40 | 22:51 | 00:44 |
| 大埔墟 | 05:46 | 22:57 | 00:50 |
| 太和 | 05:48 | 23:00 | 00:53 |
| 粉嶺 | 05:53 | 23:05 | 00:58 |
| 上水 | 05:55 | 23:07 | - |
註：1
羅湖及深圳出入境處辦公時間為早上6時30分至晚上11時30分。
2
羅湖居民尾班車開出時間，請參閱車站張貼之資料。
3 上述資料以車站公佈為準。