剛進入遊戲，必須先選擇好主人公男女性別，如果你是選擇的男，那麼你的對手（博士的孩子）就會是女，反之亦然。然後取好你喜歡的名字，就開始遊戲。
遊戲一開始，主角在一輛卡車裏，原來是剛搬家到這裏，進家以後先上二樓，對著牆上的鐘設定時間，由於遊戲是採用真實時間制，所以建議大家還是按照現實的時間來設定（不過用模擬器玩時，時間是停止的）。
設好了後媽媽會讓你去鎮裏逛逛，和新鄰居們打打招呼，來到左邊小屋的二樓，會見到主角以後的對手，然後出門往下，就會看到博士的研究所，進去發現博士不在，出門後發現上面有動靜，上去後發現博士正被一隻ポチエナ追趕，地上放著一個博士的背包，博士看見主角趕到，叫主角從背包裏拿出一隻精靈來打倒ポチエナ，三隻妖怪的屬性分別是草(キモリ)，火(アチャモ)， 水(ミズゴロウ)。主角挑選了一隻，輕而易舉的打倒了敵人。救了博士隨他一起回到了研究所，博士為了感謝主角把剛才挑選的那只精靈送給了主角，並拜託主角去103號道路把他的孩子叫回研究所。
出了研究所往上走，來到了コトキ鎮（タウン），在這裏可以補充一下體力，與商店門口的人對話還會得到傷藥。補充好體力後向上走，來到了103號道路，博士的孩子果然在草叢裏，上前與他對話，但他為了看看主角的實力執意要與主角決鬥，於是戰鬥開始。博士的孩子手中的精靈屬性是克制我方選擇的那只精靈的。對手戰敗後只得聽從主角的話，回研究所去了。回到研究所，對手已經在那裏了，博士為了感謝主角，贈送了一台圖鑒給主角，而對手也為了感謝主角帶信，也贈送了主角5個精靈球，現在就可以捉精靈了。
出了研究所來到家門口，發現母親在門口，與她對話會獲得加速鞋（按住B鍵移動速度會變為正常的2倍），然後就可以開始冒險了。到了コトキ鎮往左走，通過102號道路來到了トウカ市(シティ），路上有不少的訓練員，可以趁此機會練練級。トウカ市是第一個有GYM會館的城鎮，不過這裏的首領(主角的父親)卻說主角是新手，等主角得到4個徽章後再來挑戰，並派了一個小孩教主角如何捉精靈。教完後出鎮往上走，會遇見水之團（紅寶石則是熔岩團）的人，對方向主角發起了攻擊，不過很容易就解決掉了，解決後水之團的人逃跑了，問一下旁邊的人他會送你一個超級球。
經過トウカのもり，再通過一座橋到了カナズミ市，在這裏記得仔細調查一下民居，有一位老人會送給主角HM01(居合斬)，在市里的學校老師還會送給主角先行攻擊的道具。得到後來到了這個市的會館，這個會館是岩石系的。打過後會館首領會送主角TM39（岩封）和岩石徽章，有了岩石徽章就可以在平時使用居合斬來砍樹了。
過了會館後往左走，會發現水之團的人把一個人的東西偷走了，那人委託主角幫他追回失物，往右追了一會看到一個山洞，洞外站著一位老人，他告訴主角他的愛寵也被水之團的人搶去了，進去打敗了水之團的人，救出了老人的寵物，水之團的人把偷來的道具也給了主角。拿著道具出了山洞，回到カナズミ市會有人帶你到了一座房子裏，失主為了感謝主角就送給了主角一個口袋工具，還送給了主角一個超級球，不過也要主角幫個忙，就是幫他們送一封信。往上走正要走出カナズミ市的時候碰到了對手，他告訴主角剛才有一位老人和一隻寵物往上走了，主角繼續往下走來到了老人的家，老人為了感謝答應送主角到河道對面，於是乘著老人的船來到了ムロ鎮。
來到了ムロ鎮後發現這裏有會館，於是就進去挑戰了。這裏的會館是格鬥系的，如果有飛行系的妖怪或者招數將會很輕鬆，如果沒有就有點難度了，因為大部分的敵人攻擊都挺高的。打敗了首領後它會送你TM08（加強）和格鬥徽章，有了格鬥徽章就能在平時使用閃光來照明了。出了會館往上會來到個一個山洞，在裏面會得到HM05（閃光），並且找到了カナズミ市委託你找的人，對方會送給主角TM47（鋼之翼），然後便消失了（如再回到カナズミ市委託你送信那個人那裏，他會給你學習機器）。
到碼頭再問下老人，選第二項便船便會開到了カイナ市，進入城市後發現有許多水之團的人聚集在博物館門口，現在進不去，於是就先到了右下方的船工廠與裏面的人對話，對話完後出來發現博物館門口的人沒有了，於是就進去看看，進去後買了50元的票後與第一個水之團的人對手，他會送給你TM46（偷竊），然後到二樓，到二樓後會發現水之團的人來偷東西，於是戰鬥開始，解決後水之團的人全體逃跑了。這時出門往上走，會發現先堵在上面的水之團成員也消失了，於是往上面進發，在上面會看到一個忍者的小屋，裏面有不少好道具（可以玩7次，但最好在打完7個會館才去玩，因裏面的格局與首7個會館相似）。得完後出門往右走，又會遇到對手，這次與她對話後開戰，這次她的實力不凡，精靈也進化了，擊敗她後她送給了主角一個寶物探測器，可以發現隱藏的寶物。
繼續往上來到了キンセツ市，在鎮上商店的右邊民居裏會得到HM06(碎岩)。再到鎮上的自行車店，會得到自行車，自行車有兩種，タイトじてんしゃ是按著B鍵可以跳的，有些地方必須要這種自行車才能跳過。マッハじてんしゃ是如果不撞到東西就會加速的，必須用這種自行車來經滑坡上山，或通過易碎的地板。
用マッハじてんしゃ：
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選擇好自行車後來到了鎮上會館，門口站著先在トウカ市教主角捉妖怪的哪個人，他要與主角決鬥，不過不一會就敗下陣來了。打敗他後進入會館，這個會館以電系的居多，所以使用地系招數比較好。打敗首領後得到了TM34(電擊炮)，並且得到徽章，可以在平時使用碎岩了。
打完會館後向上面走，途中111號道路有沙漠，現在還不能進去，於是往左走，上了一個階梯之後發現水之團的人在纜車站的門口守著，現在也進不去，繼續往左過了一個山洞，來到113號道路，這裏飄著大雪，再往左走就來到了ハジツゲ鎮，在鎮上補給一下後往左走，會來到一個山洞，山洞裏熔岩團和水之團正準備火拼，不過看到主角來了後卻都散了。等他們走後繼續往下走，會發現又回到了カナズミ市，然後去原來解救那位老人寵物的哪個山洞，會發現裏面有兩個人，不過他們被岩石隔開了，這時用碎岩技能打碎石頭，那個男的就會送給主角HM04(怪力)。
然後會到纜車站，會發現沒有人攔路了，於是坐纜車上行，會看到熔岩團的人和水之團的人正在大火拼，往左上走點會和水之團的首領發生戰鬥，打贏後熔岩團的人會向主角道謝，然後兩個團的人都走了。然後調查地上的裝置，得到隕石。
得到隕石後往下走，發現剛才被擋住的路現在通了，於是就往下前進，這裏的樓梯只有用タートじてんしゃ的跳躍方式才能向上，多跳幾次得了道具後便來到了フエン鎮，這裏的是個溫泉勝地，與溫泉前面的老奶奶對話她會送給你一個蛋，孵出來會是LV5的小忍耐獸。補充下道具後就往會館前進了，這裏的會館是火系的，打敗首領後她會送你TM50號（燃燒殆盡），還得到了火系的徽章，可以在平時使用怪力了。
這時已經集齊了4個徽章，就可以回到トウカ市了，到了鎮上的會館，通過一層一層的門來到了會館首領的面前，打敗它後會得到徽章，有了這個徽章就可以使用乘浪了。出會館門後去會館左邊的房子，裏面的人會給主角HM03（乘浪）。
來到キンセツ市，往右邊一直走到河邊，然後使用乘浪來到119號道路，在119號道路的最上方有一座大廈，裏面的科學家正被水之團的人劫持，主角見義勇為的打倒了壞人，水之團又再一次落敗了，科學家為了感謝主角，送了一隻25級的ポワルン(No.142)給主角。
解決完後往右走來到了ヒワマキ市，但這裏的會館不知怎麼的進不去，被什麼無形的東西擋住了，沒辦法，只好繼續往下走。往下走遇到了對手，再一次打敗他後得到了HM02（飛天），繼續下行，在橋上遇到了一個人，他給了主角噴霧劑，能使擋路的變色龍恢復本來的樣子，拿著這個道具再回到ヒワマキ市的會館，使用這個道具，擋路的變色龍便會現出原形了（最好是收了，變色龍沒野生的）進去後打敗了會館首領，並取得了徽章，有了這個徽章就能在平時使用飛天了。
通過了120，121道路到達了ミナモ市，這裏有最大的百貨大樓，在這裏補充好道具，收集好情報後然後到122號道路中央的小島上，先在島的內部得完所有的道具，然後再到外部去解救被水之團包圍的一對老夫婦，擊退水之團後老夫婦會送給主角一件道具。然後到ミナモ市的碼頭，會發現潛水艇被水之團盜走了，於是主角追到了ミナモ市右邊海灘的上方，發現了水之團的基地，當追到最底部時發現潛水艇已經開走了……（注意在基地裏可以得到大師球，一定要仔細找，是4個球放在一起的，其中兩個是頑皮彈）
主角通過124，125號水道來到了トクサネ市，在這裏有第七個會館，這個會館是超能力系的，會館的首領是雙胞胎，所以與首領對戰的方式也是2Vs2，在開戰前一定要把第二隻妖怪設定好。在解決他們後會得到超能力系徽章，並且可以在平時使用潛水了。出道館後在鎮的左上方民居裏會得到HM08（潛水）然後到127號，128號水道，看見是深藍色的區域就使用潛水，如果是潛到了ルネ市就記住位置，先不進去，直到潛到進入一個山洞後有個潛水艇的地方就對了，進去後裏面回游大量的水之團成員，一路打倒不少人後來到最裏面，會發現水之團的首領（藍寶石）或是熔岩團的首領（紅寶石）和傳說中的神獸(Lv.40)，紅寶石則是グラードン，藍寶石則是カイオーガ。但因為神獸發怒將整個海底山洞破壞了，神獸也不知去向，而且天空中也下起了大雨（藍寶石版是下雨，紅寶石版是刮沙塵暴）
隨後趕到ルネ市，會發現神獸逃到了鎮裏的山洞裏，在山洞中隨便還拿到了HM07（攀瀑布），最後到了洞的最深處，與神獸交戰，大戰一場後終於將它收入球中，這時大陸上的天氣也恢復了正常。出山洞後鎮上的會館也開門了，進去解決掉最後一個會館，打敗首領後得到了最後一個徽章，並且也能在平時使用攀瀑布了。
最後到128號水道，使用攀瀑布到サイユウ市，通過冠軍之路來到了四大天王這裏，這次的四大天王實力不凡，等級高不說，能力都十分的強，第一次打之前一定要做好充足的準備，在打完四大天王後會和上屆的冠軍交手，結果沒想到竟然是屢次給主角幫助的人（就是給主角噴霧劑，有時還給秘傳機器那人）打敗他後主角成為新的冠軍，並且把自己的隊伍存入電腦，做為紀念
。
在看完通關畫面進入遊戲，在主角家中看電視知道水都事件已發生後，水都便會在各地出現，不過每個版本只有一隻，藍寶石版會出現ラティアス(No.196)，而紅寶石版則會出現ラティオス(No.197)。主角亦會得到一張船票，不過這張船票並不能到前作的世界，而是只能在カイナ市，ミナモ市，バトルタワー3個地方來回通行，バトルタワー是通關之後有的新地方，和水晶裏的戰鬥塔是一樣的，可以用自己LV50或者是LV100以下這兩等級的精靈與電腦對戰。
捉No.200聖獸的方法
在131水道上的そらのはしら裏捉No.200聖獸レックウザ，此時便需要能加速的單車，因該塔中其中而層的地板是已碎的，要快速通過。
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| 在這個位罝向左遊會來到一個洞穴 | |
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| 這裏要用マッハじてんしゃ通過 | 往上走幾樓的一處要從中間的塌陷處掉下 |
捉No.193,194,195的方法
首先在124至126水道的水草中捕捉No.179，然後在任何水域鈞魚捉No.99，再把No.99提升到Lv.40,且進化成 No.100。之後在 鎮一直往左遊，記住主角要保持在下方位置。之後在134水道的下方潛水，到有古文字處浮上來。
此時會進入一個洞穴，之後用TM28 掘開一個洞，記得在精靈隊伍中，No.179在最前面，No.100在最後。之後再讀最前面的古文，便發生地震。
發生地震後，在120道路的西南方，沙漠的南方和105水道的西邊有三個小山丘 的洞都會被打開。進入這三個洞穴，並用特定方法打開便能捕捉。
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| 主角要保持在畫面的下部 | 在這處潛下去 |
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| 在這處浮上去 | 用TM28掘洞，再把No.179在最前面，No.100在最後 |
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| No.193：在沙漠的南方開了洞 | 去進入後在正上方的石板前，往右走2格，再往下走2格，使用怪力牆壁就會開一個洞進去就是了 |
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| No.194：105水道西邊的位置 | 調查裏面的石板後，在洞口原地不動2分鐘左右，洞口就會打開 |
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| No.195：在道路的西南方 |
入口在畫面中央 在洞口使用飛天 打開 |
187的抓法
在りゅうせいのたき(滿是隕石坑的那個洞穴)，進洞後走幾步就可以看見個池塘，下去！然後上瀑布，走到最底部可以看見一小塊光光的陸地，在那裏轉轉就能碰到了。
60號的抓法
在 いしのどうくつ的第3層可以看見一堆石頭，擊碎後一定機率得到
。
有關南方孤島
南方孤島只是讓大家去捕捉另一隻水都罷了。以肯定和201無關,因為rom關於南方孤島的資料已解了出來。至於條件則只需要2星(在バトルタワー裏嬴7人
對戰2次,合共14人)
獲得2星後,去到卜ウカ市的寵物小精靈中心, 在右上方有個男人會要求輸入一些文字。此時輸入「ふしぎ できごと わくわく ドキドキ 」。儲存檔案後再重開機時會多了一項「ふしぎ できごと(不思義的事)」。不過這可能是日本人的專利吧！因為站長在進入此項後，遊戲要在不知何方讀取資料，即要有連線的條件，與金銀水晶版中獲得神秘禮物的條件一樣。
有關南方孤島rom解密資料如下:
パ パ 『 ！ よ く き た な ！ あ あ て の て が み が と どけ ら れ たぞ
パ パ 『 わ た し も み た こ と の な い ふ ね の チ ケ ッ ト だ な … …
ミ ナ モ に い っ て み る と い い だ ろ う
カ イ ナ い き れ ん ら く せ ん … …
あ ら ？ そ の チ ケ ッ ト は … … ！
ヘ ン テ コ な チ ケ ッ ト を も っ て き た の は お ま え さ んか ？
お ま え が い こ う と し て い る の は
み な み の は て の ち っ ぽ け な し ま … …
そ こ で は な に が お こ る の か だ れ も わ か ら ね え … …
う う む ふ な の り の ち が さ わ ぐ ぜ ！ さ あ の り な！
ホ ウ エ ン ず か ん ぜ ん こ く ず か ん ば ん ご う じ ゅん
ご じ ゅ う お ん じ ゅ ん お も い じ ゅ ん か る い じ ゅん た か い じ ゅ ん ひ く い じ ゅ ん べ つ な リ ボ ン が あ た え ら れ た ！
ず か ん に ぜ ん こ く モ ー ド が
つ い か さ れ た ！
め ず ら し い こ と ば を つ い か し ま し た
が お く ら れ て き た ！ て も ち が い っ ぱ い な の で
は も ら え な か っ た … あ ら た な ト レ ー ナ ー が
ホ ウ エ ン に や っ て き た バ ト ル タ ワ ー に あ ら た な た い せ ん しゃ が
あ ら わ れ た ！ こ の デ ー タ は こ の バ ー ジ ョ ン で は し よ う でき ま せ ん
こ の デ ー タ は こ の バ ー ジ ョ ン で は し よ う で き ませ ん
み な み の こ と う へ い く ふ ね の チ ケ ッ ト
到了孤島後,調查石碑(即蛋),Lv50水都便會從天而降,(主角持有こころのしずく情況下)。
另外火箭發射的資料在rom中是存在的(已確定)。只是發射時間不詳,從遊戲開始的時間計起。
至於201似乎跟幻島的チイラの実有著某種關係。隨著種植時間增長，チイラの実似乎會變成スターの実,而スターの実跟201似乎有著不尋常的關係。
