Me-163由於機身重量輕，整體的運動性能相當不錯，機上的電力系統則由機首的小型風力發電機供應。不過由於採用液體火箭發動機，身為動力來源的T液(高濃度過氧化氫溶液)和C液(聯氨溶液)由於燃燒性高、活性大，極為容易因為搖晃、震動等原因激化T液活性而爆炸，加上火箭發動機本身燃燒快、推力大而且燃燒狀況不穩定，空中發動機熄火或在著陸時機內未燒盡燃料爆炸的事件時有所聞。而當初為了減重所採用的伸縮式滑蹺起落架也造成落地時的危險性，在著陸時墜毀的事故發生頻繁，而起飛用的拋棄式滑車也因為時常無法對正風向而導致起飛失敗墜毀。另外Me-163本身的速度太快，敵機極高的相差時速導致涉及時機往往只有數秒，根本無法有效的擊落敵機，加上燃燒速度極快的火箭發動機，Me-163的滯空時間僅只有短短的十幾分鐘，火箭燃料更在8分鐘之內就完全的耗盡，使得Me-163不但不能得到優良的戰果，反而承受著極高的戰損率。

基於上述的缺點，於是梅塞希密特公司將重新對Me-163進行設計，並稱其為C型機。機身結構比原本的B型稍稍的加大，以容納更多新裝備的空間。為了增加飛安率，C型機換裝了前三點式的輪式起落架，並且裝備了供巡航使用的小型燃燒室(推力約300kg)，性能因此大大的提升。最後由於梅賽希密特本身新機的研發案太多，因此C型機改交由容克斯負責研發時，還更換了氣泡型艙罩、同時命名為Me-263。並計劃在BMW-708氮酸火箭引擎完成後，立即上生產線以供前線使用。然而由於資材短缺，加上BMW-708氮酸火箭引擎在技術上遭遇了許多問題，推力始終無法達到該有的預算值，小型的巡航燃燒室也發生了過熱的問題，因此在德國投降前，Me-263並沒有做過任何一次的動力飛行，僅有唯一的一架原型機在沒有搭載華特HWK109-509發動機的狀況下，在1944年8月做過一次無動力滑翔，之後容克斯的工廠就被蘇軍佔領，Me-263也一起落入了前蘇聯手中。Me-163一共生產了370架左右，不過戰果很差，只擊落過7架盟軍飛機，加上事故頻傳，成為德國空軍服役狀況最慘烈的實戰機種。

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