這次作品和X4不同，在途中可更換人物，也加入了時間的控制，所以有不同的結局，間接增加了遊戲的耐玩性。

這次亦增加了墫下和爬鐵通的功能

病毒:

X在連續吃了４個以上就會不斷的減血，而Zero吃了４個以上就會變成無敵狀態！不過只有５秒的時間。

增加了輔助裝備，可提升X及傑洛的攻擊能力和防禦能力，在８關亦可得到:

重裝甲洛克人X：注重攻擊型和防衛，速度比較緩慢，好處就是不會被刺一次即死。

獵鷹裝甲洛克人X：注重輕型的裝甲，可以在一定時間內飛行，可到達平時一些無法到達的地方。