STORY
　 今 次 的 故 事 發 生 於 21XX 年，在 上 次 的 戰 爭 後 數 個 月，地 球 正 渡 過 著 和 平 的生 活，亦 修 復 了 上 次 大 戰 中 被 破 壞 的 殖 民 衛 星。就 在 月 球 四 周 浮 游 的 殖 民 衛星 群 中，其 中 有 一 個 殖 民 衛 星 最 為 巨 大，名 叫「尤 拉 斯 亞 （?????）」，因機 件 老 化 的 關 係，正 預 算 把 它 大 規 模 的 進 行 改 裝，怎 料 到 卻 被 不 明 來 歷 的 人 占 領，他 們 控 制 殖 民 衛 星 內 的 人 工 重 力 裝 置，令 它 移 向 地 球 去，現 在 唯 一 可 以救 到 地 球 的，就 只 有 使 用 舊 時 代 的 基 加 粒 子 砲，現 在 距 離 它 下 墜 的 時 間 只 餘下 16 小 時 ，這 個 重 任 將 會 由 X 和 ZERO 負 上。

                                                                             追加新要素
　今 集 增 加 了 很 多 新 的 要 素，角 色 除 了 有 新 動 作 外，連 系 統 都 有 很 大 改 變 。先 說 武 器 方 面，今 次 從 BOSS 中 取 得 武 器 後，更 可 以 利 用 不 同 LEVEL 的 DNA 來 製 造 PARTS，而 這 些 PARTS 可 分 別 裝 上 X 和 ZERO 身 上，從 而 增 加 他 們 的 行 動 能 力。而 X 更 會 有 三 種 不 同 的 裝 甲，各 有 不 同 的 功 能，而 且 還 可 以 自 由 選 用 各 種 的 裝 甲。
　
此 外、遊 戲 中 會 設 有 一 個 病 毒 計（於 畫 面 的 左 下 方），X 和 ZERO 中 了 過 多 病毒，分 別 有 不 同 的 效 果，如 X 會 扣 體 力，ZERO 則 會 變 成 無 敵 狀 態。另 外、遊 戲 更 設 TIME LIMIT，不 同 的 時 間 完 成，不 單 會 影 響 遊 戲 的 故 事，更 會 令 ENDING 改變。