勇氣之繼承者
數碼世界事件發生三年後，太一突然收到亞古獸來自數碼世界的求救。原來凶殘的神祕少年－暴龍改造者出現了，他的黑暗力量叫數碼暴龍們都無法進化。此時新的電波暴龍機出現，名叫大輔的少年化身成為新被揀選的小孩進入數碼世界。新的冒險看來要開始了！
數碼之門打開
大輔進入數碼世界後不但得到勇氣徽章，更令貝爾獸武裝進化。此事叫身旁的光子郎等人驚訝萬分。數碼世界大門再次打開，這次京子和伊織分別得到愛情和知識徽章，各自身邊都出現守護他們的暴龍－麻鷹獸和穿山獸。怎料暴龍改造者再次前來攻擊，麻鷹獸和穿山獸能否武裝進化匹敵呢？
Vol.3
數碼徽章升級
大輔一行人在數碼世界中受到一群巨龍獸襲擊，貝爾獸、麻鷹獸和穿山獸武裝進化後仍非黑暗力量對手。阿猛跟小光為自己的巴達獸和迪路獸無法超進化而感不忿。二人逃進洞屈之中，竟發現新的希望和光明徽章。希望次光釋放，令巴達獸和迪路獸也武裝進化起來！
Vol.4
黑暗之王．暴龍改造者
大和突然收到加布獸的求救訊號。大和前去數碼世界，發現滿身傷痕的加布獸，原來暴龍改造者肆虐，用武力要令大家都成為他的僕人，並把黑暗塔樹立於被征服的地域上。一行人為解放被捉去的數碼暴龍，卻陷入邪惡鼻屎獸們的連番攻擊之中，貝爾獸面臨生命危險了！
Vol.5
打倒黑暗塔
暴龍改造者對暌碼暴龍的兇殘行為被哥瑪獸發現，暴龍改造者因要滅口，竟把哥瑪獸攻擊至重傷。哥瑪獸垂死向阿丈求救，大輔一行人便立即前往數碼世界營救。可是拯救數碼暴龍的路並不易走，雪人獸、貝殼獸和龍蝦獸都也因黑暗塔樹立而成暴龍改造者的手下。哥瑪獸可否成功進化令同伴們脫險呢？
危險的野餐
到美國去的美美偶然下返回日本，恰巧踫上小光、阿猛等人到數碼世界野餐兼渡假的好日子，於是一眾先後被揀選的小朋友便高興地走到數碼世界去。美美和京子走失了，她們禍不單行地遇上令人嘔心的蝌蚪和怪蛙獸。牠們都被暴龍改造者控制了！幸好巴魯獸及時出現。可是更可惡的蟑螂獸兄弟出現，再為兩名少女帶來危機…
Vol.7
小光的記憶
在一次打倒黑暗塔之旅中，大輔一行人為急於逃避守衛獸的攻擊，竟掉下小光和迪路獸在數碼世界中。大輔和阿武不得不返回數碼世界去迎接小光，可是暴龍改造者已安排了完全體暴龍－安杜路獸去等待他們。小光的老朋友安杜路獸一度忘掉以往跟小光的友誼，向小光等人作出強力攻擊，過去的珍貴友情難道要被邪惡環砸碎！？
Vol.8
暴龍改造者的孤獨
在現實世界中，天才少年－一乘寺賢在一場足球賽中因大輔一記剷球受腳傷，令入球美夢成泡影；數碼世界中，暴龍改造者的征服計劃因大輔和好友們而受阻礙。暴龍改造者大為不忿，他竟捉去大輔的朋友和暴龍們，逼使大輔出賣朋友。幸好他們的通力合作令孤獨一人的暴龍改造者再次受挫，此時，大輔發現改造者的腳亦受了跟賢仔一樣的傷，暴龍改造者的真正身份要揭盅了！
Vol.9
邪惡環魔力暴走
暴龍改造者企圖控制完全體安杜路獸之計劃失敗後，再次致力改良邪惡環。亞古獸被捉去，成為改良計劃中的實驗品。暴龍改造者本以為亞古獸將成為機械暴龍獸為他效勞，但亞古獸卻進化成喪屍暴龍獸，並失控地向大輔及改造者瘋狂攻擊！
Vol.10
敵人是機械暴龍獸
改造者的實驗令亞古獸及盡折磨，新的控制工具－邪惡螺旋環終於誕生。黑暗進化的亞古獸如暴龍改造者所願變成受控制的機械暴龍獸，牠正以強大的攻擊力向被揀選的小朋友們攻擊！太一等人的叫喊喚不醒亞古獸，而一行人亦不忍向牠攻擊，難道他們的生命和數碼世界的和平要就此斷送！？
Vol.11
藍色雷電雷龍獸
太一的猶豫令改造者和黑暗進化後的機械暴龍獸肆意破壞數碼世界。幸好大和令太一醒覺過來，令太一立志要奪回亞古獸。可是大輔沒法明白太一們的心情，更沒法向機械暴龍獸作出攻擊。大家的努力戰鬥，令新的數碼徽章甦醒，貝爾獸可以有新的武裝進化了，成為掌管雷電的雷龍獸。
Vol.12
數碼暴龍農場之決鬥
比丘獸在數碼世界中受襲，便向素娜發出求救訊號。阿空接報後召集一眾被揀選的小朋友，到數碼世界去營 救。可是一行人在西部之鎮遇上受邪惡環控制的流星獸而被捉去，此時自稱正義之士神槍獸，把女孩子們救走，但男孩子們卻…最後他們和比丘獸能否安全脫險？
Vol.13
達高獸的呼聲
神秘黑影接近小光，令小光突然消失於現實世界…阿猛、巴達獸和迪路獸四出去找她，竟到達非數碼世界的另一個世界。那兒他們遇上一班變了質的奇蛙獸奇，蛙獸們竟是為抵抗新的神而召喚小光到那地，可是牠們立心不良，令一行人都陷入險境！
Vol.14
疾風之忍者獸
大輔他們在數碼世界尋找新的數碼裝甲，在筋疲力盡之際到一間餐廳去充飢，卻遇上處處向錢看的蛋蛋獸。大輔他們鬧出吃霸王餐的煩惱，幸好此時美美跟一名從美國而來的被揀選小朋友－米高出現了。京子在戰鬥中看見真誠的美美，受感動的她引發出新的裝甲進化。
Vol.15
忍者獸的武藝譜
天才少年一乘寺賢神秘失蹤，原來他正在數碼世界實行征服計畫。曾被大輔他們救回的怪蛙獸和蝌蚪獸返回自己的一條古村，當地主公卻被邪惡螺旋環控制了，令一整村陷入被毀的危機，此時自以為是最強的忍者的忍者豆豆獸出現，向忍者獸挑戰！一行人的性命安危要看忍者獸了！
Vol.16
潛艇獸從海底逃出來
一個又一個的新數碼裝甲被發現，令貝爾獸和麻鷹獸得以進行第二次裝甲進化，可是穿山獸卻只停留於第一次進化…這時候一班被揀選的小朋友在海底遇上危機，只有伊織一人可逃出來。他的責任感叫他想盡辦法去救同伴，他的真誠終於叫穿山獸換上新的裝甲！
Vol.17
御台場記念日
小光記事簿中記有一特別日子，那便是3年前太一們進入數碼世界的記念日。以前被揀選的小朋友跟大輔他們一起到重建的電影台去，那兒竟鬧出鬼魂作祟付事。原來鬼魂真身是大戰中陣亡的巫師獸，他特意來告知大家數碼世界的重大危機。
Vol.18
追擊改造者基地
數碼世界中，黑暗塔的數量突急遽增加。此時天空出現龐大要塞，那便是暴龍改造者為征服數碼世界而設的司令部。改造者的秘密計畫快要完成了，大輔一行人立即前去阻止。可是，一頭可怕的數碼暴龍誕生在即了！
Vol.19
合成魔獸
基米拉獸
暴龍改造者收集了黑暗力量，令擁有暴龍獸的龐大身體、加魯魯獸的敏捷雙腳、比多獸的聰明腦袋、飛龍獸的飛行能力和惡魔獸的黑暗邪惡力量之合成獸—基米拉獸誕生。大輔他們的數碼暴龍也不敵基米拉獸，難道要輸掉數碼世界的和平了嗎？
Vol.20
超絕進化！黃金色的金甲龍獸
多得亞古獸他們的幫助，大輔他們可以侵入改造者的要塞去。要塞外的數碼暴龍正因面對基米拉獸的倒壓性強大力量而筋疲力盡；要塞內的大輔走到動力室去，竟受一黃金色的數碼裝甲召喚。此時奇蹟出現：貝爾獸進化成黃金色的金甲龍獸！
Vol.21
再見賢仔
金甲龍獸放出正義的光輝，可是在跟基米拉獸之戰仍陷於苦戰。一心視自己的作品為拍擋數碼暴龍的改造者令蟲蟲獸的心傷透。可是，當改造者險被基米拉獸殺死時，蟲蟲獸把自己的生命力都輸給金甲龍獸，為的是保護賢仔。隨住基米拉獸的戰敗，蟲蟲獸的生命亦走到盡頭…
Vol.22
豪華進化！貝爾獸X
失去蟲蟲獸的暴龍改造者消失在數碼世界。數碼世界恢復和平，令大輔他們非常高興，而重建工作亦隨即開始。大輔為得到小光垂青，便想出令貝爾獸再進化的計畫。可是，刻意營造的進化訓練屢屢失敗下，大輔和貝爾獸卻要面臨另一新危機！
Vol.23
D3裝甲暴龍機被污染之時
一乘寺賢於數碼世界一役後力盡，正陷於長眠和回憶的日子。原來賢仔小時因哥哥－阿治而產生的孤獨、妒忌和憤怒，叫他被黑暗力量所控制。失去哥哥使他變成極盡殘酷的暴龍改造者；失去蟲蟲獸、明白生命為何物的他會否重拾光明？
Vol.24
大地之裝甲 戰甲獸
數碼世界正要面臨新的黑暗！
改造者留下的黑暗塔回憶令伊織相當憤怒。他在重建時遇上閃電豆豆獸攻擊，穿山獸就是進化成戰甲獸亦陷入苦戰。此時一神秘數碼暴龍出現，牠竟是一乘寺賢的拍擋－蟲蟲獸復生後的成熟期暴龍飛蟲獸！？事情叫人既驚訝，又困惑。
Vol.25
天空之騎士•亞古拉獸
自從賢仔救回伊織後，大輔更加相信阿賢已經改過自身，能夠成為大家的伙伴，但京子等人就不認同大輔的想法，不想賢仔加入大家............
在上次的戰鬥中，京子看到賢仔殺死數碼獸的境況，令單純的京子不相信賢仔已改過自身，更不明白賢仔的意途..............
賢仔和飛蟲獸在戰鬥中努力保護大橋，京子看到賢仔真心保護數碼世界的一草一木，明白到賢仔是真心改的，她那顆信任賢仔的心令麻鸚獸可進行普通進化!!!
Vol.26
合步進化 心合而為一
賢仔想補賞他的過去，能做的就只有破壞自己昔日製造的黑暗塔，賢仔十分想逃避過去，忘記自己是數碼獸都討厭的暴龍改造者.......
在數碼世界裡，出現一強大的力量，力量的來源是失去善良徽章的暗黑要塞，當要塞的黑暗力量暴走時，也就是數碼世界被毀的時候，能阻止爆炸的就只有賢仔的數碼徽章-善良徽章....
當大輔、賢仔的心互相重疊時，新的合步進化也會隨即誕生.........
Vol.27
無敵合體！機甲龍獸
Ｖ仔獸ＥＸ、飛蟲獸-融合進化機甲龍獸VS十座黑暗塔合成的大古加獸大決戰！！
賢仔的善良徽章放進要塞後的確是阻止了爆炸的發生，但一波未平石，一波又起，善良徽章的作用只維持了一會兒，爆炸的先兆又再出現，為甚麼賢仔的善良徽章不能阻止爆炸呢.......
在三年前，奧米加獸的出現已證實在機甲龍獸之前已有融合進化，而亞古獸他們無法進化成完全體，是因為太一他們的數碼徽章已成為保護數碼世界重要力量。
Vol.28
昆蟲使者的陷阱！！
自從機甲龍獸打敗大古加獸之後，神祕女子非常忿怒，決定要一舉消滅被選中的小朋友，今次的舞台是一間無論是建築物或家具全部都比普通的大幾十倍的奇怪大屋，今次大輔他們一定會遇到重大的危機.........
神祕女子send來的E-mail，原來是一封挑戰書，大輔他們和賢仔收到相同的E-mail，但他們並不知道神祕女子內裡的陰謀........
Vol.29
亞基利獸，蜘蛛女的失誤
鋼鑽獸、飛蟲獸都成為敵人，無人能夠依靠的大輔、賢仔、伊織、V仔獸他們，唯一的希望就是京子............
原來神祕女子的真正身份就是邪惡的亞基利獸，在機甲龍獸與亞基利獸對戰時，又有神祕人的出現救走亞基利獸，那神祕人就是與亞基利獸同黨的木乃伊獸。
Vol.30
黑暗究極體，
黑戰鬥暴龍獸
利用一百座黑暗塔合成的黑戰鬥暴龍獸，擁有強大的力量，擁有智慧，不會受命於亞基利獸，只想戰鬥的黑戰鬥暴龍獸，到底為甚麼存在的呢？
Vol.31
愛之暴風雨，人面戰鷹獸
賢仔、小光分別去過另外的數碼世界，兩人在那處都留下可怕的過去....
在尋找神聖環時，賢仔、京子、小光誤闖 黑暗的數碼世界，
兩人在那裡看見黑暗的海，那個令賢仔變成暴龍改造者的海；
那個呼喚小光的海，都出現在他們的眼前.....
京子認為小光與其他人不同，不明白小光的想法，心想小光比自己更成熟，小光看小自己，令京子對小光起了偏見.........
京子、小光的心互相重疊令亞古拉獸、迪路獸可進行合步進化！
Vol.41
珊瑚和凡爾賽的大亂戰！
今次伊織及阿丈將會去澳洲！另一方面在巴黎的凡爾賽的太一和阿猛又會怎樣呢？在珊瑚海的舞台上展開的南海海產大決戰和在凡爾賽宮殿的舞台上與不華麗的豆豆獸三兄弟的決鬥。絕對期待！
Vol.42
戀愛和羅宋湯的大激戰！
今次阿賢及大和將會在墨西哥追捕逃入馬雅遺跡的數碼獸，另一方面在俄羅斯的阿京及阿空又會怎樣呢？在古代遺跡上燃起來的戀愛拔河與在俄羅斯的天空振翅的電擊羅宋湯大作戰！注目的結局…到底…？
Vol.43
魔皇獸軍團的襲來
東京再有小朋友消失。阿賢因謎之小學生連續失蹤事件而感到有一種不吉利的預感，真相是和阿賢自己也忘了的那件事件的過去記憶有關。阿賢過去的冒險所隱藏的秘密到底是…！？
Vol.44
與暗黑數碼獸之死鬥
阿賢被敵人捉去。魔皇獸軍團在街上搗亂。
Vol.45
黑暗的大門
為了守謢人們，阿賢想用自己的意思開啟黑暗的大門。命運的地方，在光之山的舞台上與魔皇獸的死鬥要開始了…！！
Vol.50(大結局)
我們的數碼世界
極惡吸血魔獸運用黑暗遮蓋了數碼世界與現實世界的一切。為了拯救兩個世界的危機，世界各地被選中的小朋友及拍檔數碼獸都站出來了！舉起數碼器發放光芒…小朋友們的希望之光把黑暗擊退，及給予力量帝王龍獸，終於都把極惡吸血魔獸消滅了。接著２５年的時光過去了…