拳皇99大會

經過連續四年的故事後，「大蛇篇」終於告一段落，取而代之的是「NESTS篇」故事的第一章。是年，除了K’和MAXIMA兩從來沒有在格鬥界露過面的人出現之外，草薙京亦神秘失蹤，而大門五郎亦回歸日本柔道界，因此二階堂紅丸在無可奈何下唯有和矢吹真吾以及兩人組隊，然而這一切都是秘密組織「NESTS」攪的鬼，他們捉走了草薙京，並將其能力複製，形成複製人，除此之外更將這種力量傳給K’，不過他並未可以控制這股過強的力量，因此只好戴著組織所給予、用以壓制其能力的手套。另外，中國隊新成員「包」的加入令椎拳崇失去了超能力，而怒隊亦有一名新女成員「WHIP」加入

來到決賽時，優勝隊被移到比賽場地的深處，亦即是地下組織「NESTS」的其中一個秘密基地，並遇上一位名為KRIZALID的人物，他透露K’和MAXIMA本就是「NESTS」的人，而K’除了得到一部分草薙的力量外，更是一個複製自他的複製人；另外，他們在作戰時的資料亦被傳送到多個草薙京為藍本的複製人身上，而這些假草薙京隨即會在世界各處出現並大肆破壞。幸好，在眾人合力將其擊倒後，基地發生爆炸，而那些複製人也失效。眾人成功逃離NESTS的基地，而WHIP亦出現在將死的KRIZALID眼前；原來WHIP是K’的親姊，而K’某部份記被轉移到KRIZALID身上；換言之，K’並不是KRIZALID的複製人，反而KRIZALID才是複製自K’的東西。K’知道他的記憶被偷取，因而聯同一心幫親友報仇的MAXIMA，進行對NESTS的反擊戰。另外，為找尋宿敵而潛入NESTS內的八神庵，始終未能找到草薙京．．．