面對一週戰事、魯姆戰役一面倒的戰局，在軍事上完全被打壓的地球聯邦政府，再次認真考慮自護軍司基連．薩比 (Giren Zabi)的勸降，雙方於南極第一次就降戰問題展開談判交涉。但在簽署降書前的三日，於魯姆戰役被擄、奇蹟地回歸地球、了解自護軍真正虛實的雷比爾將軍，在南美地下的聯邦軍總部查布羅發布著名的「自護已無可用之兵」及「撤底抗戰」宣言，呼籲地球聯邦的國民繼續抗戰。結果，聯邦政府在輿論沸騰的壓力下，在南極只就限制使用核子、生化武器及禁止攻擊木星運輸團（主要是運送氦能源）等條款簽署了著名的《南極條約 (Antarctic Treaty)》。

為了解決陷入膠著狀態的戰事，聯邦軍亦開始發動「V作戰」計劃向自護軍作出反擊。在技術上官湯姆．尼爾大尉（阿寶之父）的指揮下，強襲登陸艦「太空母艦」及RX系列的試作型MS終於研製成功。

另一方面，自護軍得到「V作戰」計劃在殖民衛星7號進行的情報，隨即派遺「紅彗星」馬沙帶領3台MS-06渣古II前往攻擊，被捲入戰火下的少年阿寶．尼爾，起動了沒有駕駛員的試作機RX-78-2高達，與自護軍的MS展開戰鬥。

宇宙世紀0079年，距離地球最遠的太空殖民衛星「衛星3號」，以自護公國的名義，向地球聯邦政府發動獨立戰爭。

地球聯邦軍為了終止一直膠著的戰事，遂秘密地在衛星7號進行「V作戰計劃」，開發機動戰士高達。

自護軍的馬沙少佐派遺偵察隊到衛星7號搜集情報，但一名貪功的自護士兵竟向著聯邦設施發炮。

住在衛星7號的少年亞寶．尼爾在混亂之中，偶然得到一冊操作說明書，於是他乘上機動戰士高達（RX-78），並擊退了自護的機動戰士渣古（MS-06）。

太空母艦失去了大部份的軍人，卻滿載了難民，亞寶以平民身份成為了高達的駕駛員，而布拉度則在負傷的艦長巴奧羅的命令下，駕駛大空母艦前往聯邦軍的據點魯拿智基地（月神二號）。

另一方面，馬沙為了親眼確認聯邦軍的機動戰士，竟單人匹馬潛入衛星7號。但是卻碰巧遇上失散多時的妹妹馬西。

馬沙乘馬西一不留神，逃出了衛星7號，並駕駛愛機紅色渣古向打算駛去聯邦軍魯拿智基地的新型太空母艦發動突襲。亞寶駕駛高達出擊，雖然高達擁有卓越的性能，但好不容易才將馬沙擊退。由此可見，亞寶和馬沙的技術差距。

而到達了魯拿智基地 (月神二號）的太空母艦，艦上的乘員及難民，竟被基地方面拒絕接收，而且更因未經批准而使用最高機密的罪名，被拘押起來。亞寶等被逼離開太空母艦，囚進監牢。這時候，誓要破壞高達的馬沙，大膽地潛入魯拿智基地，炸毀動力裝置，令基地功能癱瘓。

強敵當前，月神二號基地進入備戰狀態，駐留艦隻麥哲倫級戰艦正準備出外迎擊敵人，而此時馬沙安裝在船塢入口的炸彈爆炸，將戰艦卡在船塢的通道上，成功將基地封鎖。太空母艦各乘員亦乘亂逃脫，並得到巴奧羅艦長的幫助，再次登上太空母艦，發射主炮擊毀卡在通道的麥哲倫級戰艦，清除障礙成功駛出月神二號港口，而此時馬沙亦已撤退。

馬沙撤離魯拿智，危機暫時解除。可是傷勢沒有得到妥善治療，還不斷操勞的巴奧羅艦長，卻在沒有人發覺下，悄然逝去。