五年級生的日子也過去了，春風doremi、藤原初貴、妹尾愛子、瀨川音符、飛鳥桃子五人成為美空第一小學的六年級生。 在第一天上課的日子，有一個奇怪的女孩在6年1組的課室裏，doremi和桃子走過去時，突然那女子撲向doremi那裏並大叫「媽媽！」。 連doremi和桃子也不知她到底是誰，但發現她的舉動很相熟，在樓梯旁靜靜一問，得知她就是卷機山花，令她們大吃一驚。 小花竟然用魔法把自己變大，為了與doremi她們一起上課，並將新魔法堂突然變了手製物品的雜貨店。可是，小花頭上的水晶破裂了， 失去魔女的資格。女王把自己的水晶弄碎並分給小花和doremi她們，小花如要做回魔女要通過一級魔女試，原本成了真正魔女的她們， 亦要以見習魔女身份陪伴著小花，結果變成番薯魔女六人組。小花的變身方法是用鏡盒的，與doremi她們不同。這一輯，將揭開女王和先兩代女王的種種秘密， 解開魔咒，同時也是doremi她們小學生活的最後一年，將面臨畢業禮而分開。
感人肺腑的最終話
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| DoReMi們要畢業了，畢竟天下沒有不散的宴席，畢業後桃子要回美國、小愛將回去大阪、音符因為工作的關係四處奔走，不願意見到朋友四處分散的DoReMi居然沒去參加重要的畢業典禮？！竟然把自己 | |
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| 反鎖在魔法堂中，得知消息的全班同學紛紛到魔法堂前勸DoReMi，甚至用牛排攻擊也沒用，此時班上的同學一個個對DoReMi吐出真心話，敘說種種以前接受DoReMi的幫助，最後到底有沒有成功呢？ | |
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| 小魔女DoReMi播出了四年，在2003年時劃下完美的句點，魔法堂給了DoReMi們許多寶貴的經驗，也結交到最珍貴的友情，以及認識為人父母的喜悅，雖然不能如願成為一位魔女，但是他們卻獲得比這個更有 | |
價值的東西，羽月更能夠將心中的想法表達出來、小愛的父母順利地和好如初，而DoReMi終於有勇氣向喜歡的人表白，故事就在DoReMi遞出情書後完美落幕，內容感人，不可錯過。