監於春秋戰國諸侯紛爭天下分裂的教訓，秦始皇採用李斯之議，堅決廢除分封制，在全國推行郡縣制度，將天下分為三十六郡，每個郡設守、尉、監。郡下設縣，大縣設令，小縣設長。郡縣官吏由皇帝直接任免，不得世襲。同時，在咸陽至各郡之間修築統一標準的馳道，以加強中央對地方的控制。沒收銷毀民間的所有兵器，鑄成由十二枚銅人為柱的巨型帝王編鐘樂器──宮懸，以示天下一統，不再用兵。下令拆毀各諸侯國修建的關塞、城廓、川防。還在全國推行統一的度量衡標準，統一的文字，統一的圓形方孔錢，促進了各地區的經濟文化交流。

為了加強思想控制，根據李斯的建議，秦始皇於34年下詔，將《秦記》以外的諸侯史書、不是博士官收藏的《詩》，《書》、百家語，全部銷毀。禁止私下談論《詩》、《書》，以古非今。只有秦國的醫藥、卜筮、種樹的書不燒。

在統一戰爭期間，秦始皇就仿照六國宮室的圖樣，修築了大片宮殿，以容納從各諸侯國搜羅來的美人、鐘鼓。統一的次年，更大規模地進行營建。三十五年，修建了規模宏偉的「阿房宮」。與此同時，他還下今以一百多萬人築長城、修馳道、建驪山陵。他將天下豪富十二萬戶遷到咸陽，既充實都城，又便於控制。

為了顯揚威德、統一政教習俗，秦始皇在統一後的十一年中曾五次巡幸各地。在最後一次的巡遊，由左丞相李斯、宦官趙高和胡亥陪同。始皇病死在沙丘途中。顯赫一時的秦始皇就這樣走完了他的人生旅程。及後，胡亥繼位為「秦二世皇帝」。