在王家衛的電影中，音樂向來是配合影像與浪漫劇情不可或缺的元素，不論是老歌或新創的旋律，都讓每個鏡頭、每個人物，形成獨特的氛圍，「2046」也不例外；隨著電影昨晚正式在台灣播映，該片的電影原聲帶，也由華納音樂同步發行。

王家衛表示，他很喜歡每一首在電影中出現的音樂，但也透露，「2046」為了趕上坎城影展的報名截止日，當時後製並沒有全部完成；回到香港後，他把一些完成電腦特效的畫面加入，再修掉原先的部份片段，維持2小時又10分鐘的片長。

增加的部份，包括木村拓哉與王菲在科技火車上的鏡頭，刪了部份梁朝偉與章子怡的戲，讓2人的故事更濃；王家衛表示，因為劇情有所增刪，在配樂方面也做了一些修正，更符合劇中人物感情的描繪。

在「2046」使用的音樂，仍是由打造「花樣年華」的作曲家梅林茂操刀，編寫了多首原創音樂，配樂家皮爾若班也有2首作品。此外，王家衛也挑了爵士樂大師納京高的「耶誕歌曲」、拉丁民謠「Siboney」、「秘密花園」等經典名曲，為電影增色。