Existen múltiples causas que puedan producir un cuadro de intolerancia a las lentes de contacto las más comunes son:

Deprivación corneal crónica de oxígeno: Pasados varios años, los usuarios de lentes de PMMA pueden producir esta intolerancia .

Conjuntivitis papilar gigante: En usuarios de cualquier tipo de lentilla (pero en especial de blandas). Se caracteriza por mayor sensación a las lentillas, producción de mucosidades, picor de ojos y progresiva reducción del tiempo de uso.

Reacciones alérgicas a los líquidos de mantenimiento: Sobre todo usuarios de lentillas blandas pueden producir reacciones alérgicas a los líquidos que usan para la limpieza, aseptización y conservación de sus lentillas.

Ulceraciones corneales frecuentes: Debido a un uso muy repetido y por demasiadas horas de las lentillas, pueden provocarse ulceraciones en la córnea. Estas a su vez se pueden complicar si se infectan, peligrando la visión del ojo.

Síndrome del ojo seco: Debido a múltiples causas, un ojo puede presentar un menor aporte de lágrima. Esta situación se ve agravada con el uso de ciertos medicamentos (antihistamínicos, tranquilizantes,...) o bien por la edad.