La Huaca San Marcos es un montículo piramidal aterrazado, que en la actualidad tiene 332 mts. de largo, 137 mts. de ancho en el extremo norte y 32 mts. de alto en el extremo sur, construido con adobes rectangulares pequeños (denominados "adobitos"), utilizándose también tapia y adobes grandes rectangulares pero en menor cantidad. Estos elementos conforman muros que delimitan diversos tipos de estructuras como recintos y pasadizos, así como rampas, escalinatas, banquetas, etc. las que se encuentran cubiertas con toneladas de canto rodados y arena provenientes del mismo suelo natural de Lima y también con los escombros de estructuras más antiguas de la misma pirámide, los que conforman rellenos que sirven de sustento a nuevas estructuras que se construyeron sobre las anteriores. Las continuas remodelaciones en el edifico constituyeron varias fases constructivas que se superponen unas a otras, creciendo de esta forma la edificación hacia arriba y hacia los lados.

Vista del lado este de la Huaca San Marcos.

      La Huaca San Marcos tiene un área de 62732.83 m2. Originalmente estuvo constituida por un cuerpo central, conformado por 5 plataformas (Plataformas 1, 2, 3 ,4 y 5), tres más anexas a dicho cuerpo colindantes por el oeste con el Hospital Naval (Plataformas 6, 7 y 8) y otra destruida en los años 20 con la construcción de la actual Av. Venezuela. La orientación de la Huaca San Marcos (tomando como eje el lado más largo) es 25º NE, alineado, como todo el conjunto de edificios tempranos de Maranga, perpendicularmente a la línea del litoral ubicada a 2 Km. al suroeste del sitio (Canziani 1987: 10).

      La plataforma 1 se ubica en el extremo norte de la Huaca. Tiene 36 m de largo por 80 m de ancho y se encuentra a 85 m.s n.m. No se observan estructuras aflorantes al interior de la misma, sólo un muro hecho en técnica B con dirección suroeste-noreste que delimita la Plataforma hacia el oeste; le sigue, hacia el sur, la plataforma 2, que es más alta que la 1 y la 3, y se eleva a 88 m.s.n.m. Tiene 68 m de largo por 34 m de ancho. Las excavaciones en el frontis norte revelaron la existencia de un acceso principal que conducía a pasadizos y rampas, los que llevaban a recintos ubicados en la parte superior de la Plataforma. La plataforma 3 es de forma rectangular, tiene 26 m de ancho por 60 m de largo, encontrándose a 85 m.s.n.m. Las excavaciones practicadas en la misma en la década de los sesentas descubrieron un gran recinto delimitado por gruesos muros al cual se ingresaba a través de un vano. Al interior del recinto habían numerosos troncos plantados a manera de postes, los que se observan en fotografías antiguas y de los cuales sólo se conservan en la actualidad dos. El recinto concluye por el sur en una banqueta a la cual se accede por medio de una rampa pequeña. La plataforma 4 se ubica hacia el sur de la plataforma 3 y tiene 66 m de largo por 30 m de ancho elevándose a 88 m.s.n.m; en ella se observan varios recintos rectangulares con vasijas colocadas en sus interiores y grandes pasadizos. Finalmente, la plataforma 5, la más extensa y elevada, se ubica en el extremo sur del sitio. Tiene 113 m de largo por 58 m de ancho y se eleva hasta los 93 m.sn.m. no se observan estructuras visibles en este sector. Sólo existía  un pequeño cuarto moderno hecho de material noble ya abandonado y que fue demolido por el personal del Proyecto a fines del 2001.

Plataformas 3, 4 y 5 en la parte central de la Huaca San Marcos

      La Plataforma 6 se encuentra adosada, en forma paralela al edificio principal, abarcando desde el extremo suroeste hasta la parte media. Tiene 15 metros de ancho por 160 de largo en la actualidad, alcanzando los 75 m.s.n.m., aunque por la foto aérea de 1944 (SAN) y los informes del Patronato Nacional de Arqueología (Gonzales 1954), se sabe que el extremo sur de dicha plataforma fue destruida para la construcción de la guardería infantil y otras dependencias del Hospital Naval. La superficie de esta plataforma presenta, en su totalidad, evidencias de un fuerte proceso de disturbación; por un lado, existen en toda su extensión numerosos pozos de huaqueo de diversas dimensiones; por otro lado, en la parte media, se aprecian diversas remociones del relleno arquitectónico de la plataforma por maquinaria pesada. Como resultado de todas estas disturbaciones, se puede observar en la superficie restos de textilería, fragmentería de cerámica y osamentas humanas de los contextos funerarios destruidos.

      La Plataforma 7 se ubica al oeste de la 6 y se encuentra a un nivel inferior. Tiene 89 m de ancho (este-oeste) por 97 m de largo (norte-sur) alcanzando los 71 m.s.n.m. No se observan estructuras en superficie, aunque si gran cantidad de cantos rodados y numerosos pozos de huaqueo. El extremo oeste de la Plataforma, colindante con el Hospital Naval, fue cercenado, por lo que se observan las huellas de las palas de la maquinaria pesada utilizada para su demolición.

      La Plataforma 8 se ubica en el extremo suroeste del edificio y tiene 36 m de ancho por 44 m de largo, encontrándose a un nivel más bajo que la Plataforma 7 a 68 m.s.n.m. Al igual que la Plataforma 7 fue parcialmente demolida durante la construcción del Hospital Naval, por lo que se observan también en ella las huellas de la maquinaria pesada utilizada.