La Huaca San Marcos, al igual que otros muchos monumentos arqueológicos del área de Lima, ha sufrido diversas agresiones que la han deteriorado poniendo en riesgo su conservación.

      Durante la Colonia se generaron en la zona grandes haciendas, como las de Concha, Maranga, Pando y Aramburú. Precisamente, la Huaca San Marcos se encontraba dentro de la Hacienda Aramburú, por lo que también se la conoció por mucho tiempo con ese nombre. Desde ese entonces ya se comenzó a afectar a la pirámide especialmente con canales de irrigación que carcomían los costados del montículo. Así también, de esta época es que proceden grandes forados en su cima producidos por huaqueos que removieron la Huaca en diversas partes.

      Pero será con la paulatina expansión urbana de la ciudad de Lima que la Huaca San Marcos y otros edificios arqueológicos de la zona se verán seriamente afectados. Así, en 1924 se trazó la Av. Progreso (hoy República de Venezuela) que comunica Lima con el Callao, y que la eliminó la Plataforma Sur de la Huaca, denominada "colina 19" por Middendorf (1894: 62) lo que dejó al descubierto gran cantidad de adobitos correspondientes a las diversas edificaciones de la pirámide (véase fotos en Kroeber 1954: Tello 1999: 86-87).

Extremo sur de la Huaca San Marcos cortado por la av. Venezuela.

      En 1943 el gobierno de Manuel Pardo proyectó la construcción de un nuevo Estadio Nacional. Para ello se eligieron los terrenos de la hacienda Concha, en donde se encontraba la gran huaca del mismo nombre (y que Middendorff (ibid: 63) denominó "colina 17"), destruyéndose la cima y montando las tribunas de occidente de dicho estadio sobre el flanco este de la pirámide (Junta Departamental Pro Desocupados de Lima 1946: 125-127)(véase artículo de Huaca Concha). Posteriormente, en 1951, se edificó en dichos terrenos la Ciudad Universitaria de San Marcos, destruyéndose otras cinco pirámides del complejo arqueológico, pasando el Estadio a ser el Estadio Universitario de San Marcos. (Silva et al. 1993). Casí en la misma época se construyó el Hospital Naval, con lo que las plataformas 6, 7 y 8 Huaca San Marcos sufrieron grandes destrozos, siendo recortadas en parte. (Senado de la República 1953: 55-56; Gonzáles 1954; Chumpitaz Llerena 1999).

      El estadio Universitario luego de años de abandono fue remodelado en 1992 con lo que nuevos destrozos se produjeron en la Huaca Concha así como diversos cortes en la Huaca San Marcos; Las remociones ocurridas en la Huaca Concha debido al Estadio se registran como uno de los peores destrozos infringidos a un monumento arqueológico del país. (Silva et al. 1993; Ludeña 1994).

      Desde entonces, la Huaca fue nuevamente recortada en varias ocasiones, convirtiéndose también en arrojadero de desmonte y basura; de esta forma se transformó en un lugar asilado de la comunidad Universitaria, a donde incluso los estudiantes de arqueología no podían subir ya que eran desalojados, en algunos casos violentamente, por los marinos vigías del Hospital Naval.