Se encuentra ubicada en la margen izquierda del valle bajo del Rímac, ahora en pleno casco urbano de la Ciudad de Lima, en las coordenadas geográficas 12º03'52" L.S. y 77º04'15" L.O. y a una altitud de 65 m.s.n.m. Está dentro del terreno del Campus de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos en el distrito del Cercado de Lima; colinda por el sur con la Av. República de Venezuela y por el suroeste con el Hospital Naval.

      La Huaca San Marcos forma parte del Complejo Arqueológico Maranga que abarca numerosas pirámides, recintos, caminos amurallados, acequias y plazas, ubicada en la zona comprendida entre las avenidas Colonial por el norte, La Marina por el sur, Universitaria por el este y Faucett por el oeste. Actualmente esta gran zona arqueológica se encuentra muy destruida debido al avance urbano de la ciudad de Lima al haberse edificado la Universidad San Marcos, el Hospital Naval, la Universidad Católica, el Parque de las Leyendas y las urbanizaciones colindantes.