Para afrontar la primera Liga de la posguerra, temporada de 1939-1940, el Aviación cuenta también con Ramón Gabilondo repescado después de su retirada, quien cobra una ficha de 40.000 pesetas anuales, Guillermo, Alfonso Aparicio, Urquiri, Arencibia, Rubio, Badislla, Miranda y Bracero. El Atlético Aviación disputa su primer encuentro de Liga, el 3 de diciembre de 1939, en el Campo de San Mames, donde gana por tres a uno al Atlético de Bilbao con la siguiente alineación: Tabales, Mesa, Alejandro, Blanco, Germán, Machin, Enrique, Juan Escudero, Elicegui, Bracero y Vázquez. Con el Real Madrid se enfrenta, el 7 de enero de 1940, en Chamartín ganando por dos a uno con la siguiente formación: Tabales, Mesa, Aparicio, Blanco, Germán, Gabilondo, Enrique, Arencibia, Elicegui, Campos y Vázquez. Remozado el Campo de Vallecas, juega allí el Atlético Aviación, el 28 de abril de 1940, coincidiendo con el ultimo partido de Liga, en el que se imponen por dos goles al Valencia y se proclaman Campeones. Los rojiblancos en esta ocasión alinean a Tabales, Mesa, Aparicio, Urquiri, Germán, Machin, Enrique, Gabilondo, Elicegui, Campos y Vázquez. El flamante Campeón ha sumado 29 puntos, el resto de los 12 equipos de Primera División se clasifican por este orden: Sevilla Club de Fútbol (28), Atlético de Bilbao (26), Real Madrid (25), Real Club Deportivo Español (24), Hercules de Alicante (23), Real Zaragoza (21), Valencia (21), Fútbol Club Barcelona (19), Real Club Celta, de Vigo (19), Real Betis Balompié (16), Racing de Santander (13). En el torneo de Copa el Atlético es eliminado en octavos de final por el Real Zaragoza, después de un partido de desempate en el Campo de la Corts, de Barcelona. La brisa alada de la Aviación ha dado alas y vuelo al Athletic de Madrid, como se confirma en la temporada de 1940-1941, cuando se incorporan a las filas rojiblancas Benavent, Cobo, Colon, Manin, Pruden y Muñoz. El Atlético Aviación juega en Portugal, el 8 de septiembre de 1940, con el Sporting de Lisboa perdiendo por cinco a uno, resultado excesivo, pues no hubo tanta diferencia de juego entre los dos conjuntos. Por el Atlético salieron: Guillermo; Mesa, Cobo; Gabilondo, (Urquiri), Germán, Juan Escudero; Enrique, Arencibia, Muñoz, (Pruden), Campos y Vázquez. Antes del comienzo de la Liga los rojiblancos madrileños disputan al Real Club Deportivo Español, de Barcelona, en el Campo de Casa Rabia (hoy Sarria), el primer partido de la Copa de Campeones (de Liga y de Copa). Se registra empate a tres goles y el Atlético forma con Guillermo; Mesa, Cobo; Gabilondo, Germán, Machin; Enrique, Arencibia, Muñoz, Campos y Vázquez. El partido de vuelta se juega, el 15 de septiembre de 1940, en Vallecas y el equipo catalán cae derrotado por siete a uno ganando el Trofeo el Atlético Aviación. Defendieron los colores rojiblancos: Guillermo; Mesa, Cobo; Urquiri, Germán, Juan Escudero; Rubio, Arencibia, Pruden, Campos y Vázquez. En devolución de visita, el 22 de septiembre, juega en Madrid el Sporting Lisboeta, al que vence el Atlético Aviación por cuatro a tres, con la siguiente alineación: Guillermo; Mesa, Aparicio; Urquiri, Germán, Juan Escudero, (Machin); Ara, Arencibia, Pruden, Campos y Vázquez. En el curso del Campeonato Nacional de Liga, el Atlético gana al Real Madrid en Vallecas, el 13 de octubre, por tres a uno, y en Chamartín, el 29 de diciembre, por cuatro a uno, aunque las goleadas mas destacadas se las propina al Atlético de Bilbao, cinco cero en San Mames, al Murcia, seis cero, en Vallecas, y al Hercules, siete uno. El delantero centro rojiblanco Pruden encabeza la lista de goleadores y el Atlético Aviación se proclama Campeón de Liga por segunda vez, con su clásica alineación de: Tabales; Mesa, Aparicio; Gabilondo, Germán, Machin; Manin, Arencibia, Pruden, Campos y Vázquez, que los niños de la posguerra recitan de carrerilla, como en la Escuela los ríos de España, las Capitales de los países y el Catecismo de Ripalda. En la Copa, el Atlético se muestra desigual, golea al Betis en Sevilla, por cinco goles a uno, y en Madrid por ocho a uno, después tropieza con la Real Sociedad, de San Sebastián, al empatar los donostiarras, el 26 de mayo, en Vallecas. A beneficio de los damnificados del pavoroso incendio sufrido por la ciudad de Santander, en la noche del 15 de febrero de 1941, se celebra, en el Campo de Vallecas, un partido, el 9 de mayo, entre el Atlético Aviación y el Real Madrid que ganan los colchoneros por tres a uno, con el siguiente equipo: Tabales; Mesa, Aparicio; Juan Escudero, Germán, Machin; Manin, Arencibia, Miranda, Cardenas y Vázquez. Se da la coincidencia que en el Atlético se alinean tres santanderinos: Aparicio, Germán y Manin. Aun vuelven a enfrentarse el Real Madrid y el Atlético en la temporada de 1940-1941, para disputar la Copa Presidente de la Federación Castellana, el 15 de junio, en Chamartín el resultado es uno a cero a favor de los madridistas y, el 22 de junio, en Vallecas el Atlético se impone por tres a cero, llevándose otro Trofeo para sus vitrinas. Es evidente que el Atlético Aviación representa la hegemonía del Fútbol Nacional, en el comienzo de la década de los anos 1940, en la continuidad profunda y clásica de su solera. El profundo entusiasmo que despertó su juego de conjunto y de sus individualidades, significo en el mundo del balón y en el pensamiento de los seguidores rojiblancos la renovada y naciente tendencia que había de ser decisiva para el futuro del Club. El Atlético Aviación fue el equipo mas significativo de aquellos tiempos de la posguerra por su juego y sus triunfos consecutivos, que nadie le regaló, los ganó a pulso, convenciendo sobre el césped. Entonces comenzó la incorporación colchonera, directa y segura, sin titubeos al grupo de los grandes clubes históricos, ganadores de Campeonatos y Trofeos. Aquellas temporadas coronadas con la conquista de los dos primeros títulos de Campeón Nacional de Liga, siguió la consideración, respeto y prestigio para un equipo que iba a contar siempre en el "ranking" de Campeones. Ese aire nuevo se lo proporciono al Club Atlético de Madrid las alas del Atlético Aviación, luz renovadora en el ambiente rojiblanco. Aquel notable cuadro de jugadores y entusiastas directivos representan el impulso vigoroso que trazo el esquema de gran Club. En el mes de abril de 1941, comienza a disputarse la Copa Presidente Federación Española, como estimulo para los equipos clasificados en los primeros puestos de la Liga y darles opción a medirse de nuevo con el Campeón. Los partidos del Atlético correspondientes a este trofeo son: El día 13, juegan en Vallecas, Atlético Aviación y F.C. Barcelona, ganando los rojiblancos por el contundente tanteo de seis goles a cero. En Madrid, el Atlético de Bilbao se enfrenta al Atlético de Aviación, el día 20 del mismo mes y cae derrotado por dos a uno. El 27 de abril, acude el equipo rojiblanco madrileño a San Mames, donde ganan los bilbaínos por seis a dos. En el Campo de la Corts, el 2 de mayo, el Atlético Aviación vence por dos a uno al F.C. Barcelona. El 4 de mayo, en Mestalla, el Valencia C.F. se anota el triunfo por dos a cero ante el Atlético Aviación. Para declarar el campeón queda pendiente el partido de devolución de visita de los valencianistas y los colchoneros, aplazado "sine die". Termina la temporada de 1940-1941, el Teniente Coronel Luis Navarro Garnica deja la Presidencia del Atlético, al ser nombrado Agregado Aéreo, en la Embajada de España en Roma. Le sustituye el Teniente Coronel Manuel Gallego Suarez Somonte y se producen varios relevos en la Junta Directiva, que queda integrada por Cesáreo Galindez, Obregon, Francisco Urquijo, José Luis Costa, Arechavala, Gómez de Arce, José Bosmediano, Quico Marin y Fernando Fuertes de Villavicencio. La petición de mejora de ficha de Pruden, no es aceptada por la Directiva rojiblanca y el jugador regresa a la Unión Deportiva Salamanca. A través de la temporada 1941-1942, se va ha echar en falta un delantero centro rompedor y goleador, ni García, Sol, Fernández, Miranda, Juan Escudero, Domingo, e incluso Mariano Uceda, este jugador valiente y buen rematador, hacen que se olvide la ausencia del salmantino. El partido que se juega el 21 de noviembre de 1941, en Vallecas contra una Selección de la Aviación alemana, concluye tres a dos, favorable a los germanos. Se nota la falta de eficacia goleadora. El gran Francisco Campos se anota los goles del Atlético y Janoa, Hack y Guederoth los alemanes. Puede que esa ausencia fuese el motivo por el que el Atlético no ganase la Liga en el pulso mantenido con el Valencia. Al final se inclina el triunfo a favor de los de la ciudad del Turia. La clasificación de la Liga 1941-1942, queda así: Valencia 40 puntos, Real Madrid (33), Atlético Aviación (33), Real Club Deportivo de la Coruña (28), Real Club Celta (28), Sevilla Club de Fútbol (27), Atlético de Bilbao (27), Deportivo Castellón (26), Real Club Deportivo Español (26), Granada Club de Fútbol (25), Real Oviedo (23), Fútbol Club Barcelona (19), Hercules, de Alicante (17) y Real Sociedad de San Sebastián (12). El plantel de jugadores de la temporada lo han integrado: Fernando Tabales, José Mesa, Alfonso Aparicio, Ramón Gabilondo, Germán Gómez, Francisco Machin, Aníbal Carbazon "Manin", Arencibia, García, Francisco Campos, Juan Vázquez, Benavent, José Cobo, Arana, Blanco, Ramón Colon, Nico, Polo, Juan Escudero, Urquiri, Enrique Marco, Domingo, Mariano Uceda, Miranda, Fernández y Muñoz. En la Copa, el Atlético elimina a la Unión Deportiva Salamanca, al Real Club Deportivo de la Coruña y tropieza con el Real Valladolid.