Vicente Miera sustituye a Luis Aragonés al comienzo de la Liga de 1986-1987, que se va a jugar por el sistema del "play-off". No se trata de eliminatorias, que seria la correcta traducción del ingles, sino, de una fase final tras terminar la Liga regular. Los equipos divididos en tres grupos de seis, los primeros lucharan por el título, los últimos por eludir el descenso y los del medio... por nada. La Liga profesional quería dar un puesto en la Copa de la UEFA al vencedor del grupo centro de la liguilla, pero la Organización Europea no lo acepta. El Atlético no carbura en el Campeonato de Liga como se desea, aunque puntúa en las primeras cinco jornadas. Al Atleti le toca un plato fuerte, el Werder Bremen, para empezar en la Copa de la UEFA. En el Manzanares, el 17 de septiembre, el Atlético logra un dos a cero esperanzador para el segundo partido. En Bremen, el 1 de octubre los alemanes empatan la eliminatoria al conseguir dos goles a cero a su favor. En la prorroga Paco Llorente realiza una gran jugada, se hace con el balón en medio del campo, supera por velocidad a la defensa contraria, cede el esférico a Julio Salinas que marca a placer y devuelve la esperanza a los rojiblancos. El Victoria de Guimeraes, próximo rival europeo del Atlético, equipo mas flojo que el alemán que ha quedado en la cuneta, rompe los planes de los rojiblancos. El 22 de octubre, en Portugal, gana por dos a cero al equipo madrileño. Los jugadores del Atleti faltos de ambición no están a la altura de las circunstancias, además padecen un mal arbitraje. El primer gol, producto de un penalty que no existe y el segundo conseguido de forma ilegal, los desconcierta. En Madrid, el 5 de noviembre, a pesar de tener un penalty a su favor, fallado por Da Silva y de la expulsión de un jugador lusitano, el Atleti solo marca un gol por medio de Da Silva y queda apeado del tren de Europa. Esta eliminación y los resultados poco convincentes en la Liga, son razones para que la Junta Directiva cese al entrenador Vicente Miera y encargue de la dirección técnica del equipo a Martínez Jayo. Vicente Calderón se desplaza a Brasil y contrata al jugador Rogelio de Brito "Alemao". Avanzada la temporada con el Campeonato Nacional de Liga en su recta final, el 24 de marzo de 1987, víctima de una hemorragia cerebral fallece el Presidente rojiblanco, Vicente Calderón. Fernando Castedo, Vicepresidente, queda al frente del Club hasta que se convoquen elecciones. La división de la familia rojiblanca es un hecho que influye en el rendimiento del equipo, el Atlético de Madrid ha de buscar la identidad perdida, la afición eclipsadas sus ilusiones se retiene en acudir al Estadio del Manzanares. El Atlético queda clasificado séptimo en la Liga, y el primero en el grupo centro de la liguilla. Queda Campeón el Real Madrid con 50 puntos, F.C. Barcelona (49), R.C.D. Español (43), Sporting de Gijón (37), Real Mallorca (36), Real Zaragoza (36), Atlético de Madrid (35), Real Betis (34), Sevilla C.F. (34), Real Sociedad (34), Real Murcia (32), Real Valladolid (31), Athletic de Bilbao (31), Unión Deportiva Las Palmas (29), Club Atlético Osasuna (27), Racing de Santander (26), Centro de Deportes Sabadell (25), Cádiz C.F. (23). El Atleti en la Copa elimina al equipo de aficionados del Real Madrid, que milita en tercera división, Real Mallorca y en semifinales al Real Madrid. Luis Aragonés repuesto de su indisposición se reintegra al banquillo rojiblanco. Los rivales madrileños se enfrentan primero el 13 de junio, en el Bernabeu, donde se registra un tres a dos favorable al Real Madrid. En el Manzanares el 20 de junio, el Atlético vence por dos a cero.