Esta temporada se hizo un proyecto a la medida de uno de los más grandes entrenadores de la historia, Arrigo Sacchi (Fujignano, 1 de Abril de 1946). El ex entrenador del mítico Milán de Gullit, Van Basten y Rijkaard armó un equipo a su medida, fichando jugadores de talla internacional como José Antonio Chamot y Vladimir Jugovic (SS Lazio) y otros en alza como Michele Serena (Fiorentina), Zoran Njegus (Estrella Roja de Belgrado), Stefano Torrisi (Bolonia) y los ex mallorquinistas Oscar Mena y Juan Carlos Valerón. Pero la inesperada baja de Christian Vieri dejó al equipo sin su ariete, sólo unos días antes de empezar la campaña. Vieri solicitó su traspaso al Lazio por motivos personales. El Atlético hizo un fortín del Calderón y, aunque fuera de casa no acompañaban demasiado los resultados, se acabó la primera vuelta en un meritorio cuarto puesto. El juego del equipo, que nunca conectó con la afición, y una mala racha de resultados propiciaron la rescisión del contrato de Sacchi, tras la derrota ante el Espanyol en el Manzanares. El testigo lo tomó un hombre de la casa, Carlos Aguiar, que tras nueve partidos en el cargo, no logró enderezar el rumbo del equipo. La directiva volvió a confiar las riendas del equipo al hombre capaz de devolver la ilusión a la afición, Radomir Antic. Su vuelta, sin embargo, no aportó los resultados esperados en la Liga y el equipo acabó en decimotercera posición, con un balance de cuatro empates y dos victorias, una de ellas ante el Real Madrid por un contundente 3-1, en las once jornadas en las que el técnico serbio se sentó en el banquillo. Los torneos por eliminatorias fueron mucho mejor. En la Copa de la UEFA se volvió a llegar a las semifinales tras dejar en la cuneta al Obilic de Belgrado, CSKA de Sofía, Real Sociedad y AC Roma. El verdugo volvió a ser un equipo italiano, el Parma, que con dos victorias acabó con las aspiraciones europeas. La temporada se cerró en Sevilla con la final de la Copa del Rey ante el Valencia. El conjunto de Claudio Ranieri dominó el partido de principio a fin - con un enorme Gaizka Mendieta -, demostrando ser el justo vencedor del torneo. Lo mejor del Atlético fue - una vez más - su afición, que arropó al equipo en un número cercano a veinte mil, ofreciendo toda una lección de deportividad en el Olímpico de Sevilla, pese al 3-0 en contra.