LA VERITA'
Sydney ha i capelli rossi e viene torturata da due agenti.
Ora Sydney sta facendo un esame e consegna una relazione... Sydney e il fidanzato stanno passeggiando e Danny le chiede di sposarlo, gridando una canzone, e Sydney accetta! Sydney annuncia il suo matrimonio alla sua migliore amica Francie., e le dice che Danny ha chiamato il padre per avere il consenso di sposarla. Sydney entra in banca ma in realtà entra nell' SD-6, incontra Dixon e capisce che a Sydney è successo qualcosa di bello. Tutti e due vanno alla riunione con Sloane e gli illustra la nuova missione: andare a Taipei localizzare i laboratori dove sono i progetti di Muller ma senza recupero perché è troppo rischioso. Marshall invece gli illustra alcune invenzioni proprie che gli potrebbero servire: un accendino che disturba le frequenze radio, e un rossetto che fotografa.
Ora Sydney sta correndo con Will e lei le dice che si sposa e lui ci rimane un po' male. Sydney e Danny parlano addirittura di avere figli e forse è proprio qui che Sydney sente il bisogno di dirgli qualcosa: lavoro per la CIA.
Si ritorna alla sequenza di prima, Sydney è legata ad una sedia e un uomo cinese, la minaccia con una siringa, addormentandola.
Sydney ora sta raccontando a Danny come è entrata alla CIA: un uomo l'ha avvicinata, e le ha proposto di lavorare per una sezione segreta della CIA, e lei ha accettato perché aveva bisogno di soldi e perché non aveva una vita sociale. Sydney si raccomanda con Danny di non dire niente a nessuno.
Sydney è in viaggio con Dixon, stanno partendo per la missione e parlano della clausola che non si infrange mai: non dire a nessuno che si lavora per la CIA.
Arrivati a Taipei, i due stanno al ricevimento e Sydney si allontana - intanto Danny ubriaco parla alla segreteria della casa di Sydney - dopo aver disturbato le frequenze radio Sydney inizia la missione - intanto l' SD-6 scopre che Danny sa tutto e per questo va eliminato - Sydney entra in una struttura fotografando un po' di cose e trova il progetto di Muller, di corsa Sydney torna al ricevimento ma viene scovata dalle guardie, e incontra l'uomo cinese ma con un trucchetto riesce a svignarsela.
Sloane parla a Jack del fatto che Danny sa dell' SD-6 e Jack le ricorda la sua fedeltà.
Sydney torna a casa di Danny e trova tutto sotto sopra e lo trova morto nella vasca da bagno.
Sydney furiosa va da Sloane e lui le ricorda che è colpa sua che Danny e morto perché se non gli diceva niente dell' SD-6 non c'era bisogno di eliminarlo. Sloane le dice anche di andare da McCullough perché ora anche lei rappresenta un rischio per l'Agenzia.
Si ritorna a Taipei, l'uomo cinese minaccia Sydney ma lei si prende gioco di lui.
Ora sono tutti al funerale di Danny e Sydney cambia il messaggio di benvenuto in segreteria.
Sydney ora è all'università e incontra Dixon che le offre un passaggio in ufficio, ma lei rifiuta di rientrare all' SD-6. Allora la sera in un parcheggio alcuni uomini cercano di ucciderla, lei riesce a scappare anche grazie all'aiuto e padre.
Il padre le confessa che lavora per l'Alleanza e quindi per l' SD-6 e le rivela anche che lei in realtà lavora per il nemico che credeva di combattere.
Si vede Sydney di nuovo a Taipei e l'uomo cinese le toglie i denti.
Sydney chiede aiuto a Will chiedendogli una carta di credito della sorella con almeno 3000 dollari e il suo passaporto, allora lei si tinge i capelli di rosso e parte per Taipei.
Arrivata a Taipei viene beccata da un agente e portata dall'uomo cinese e quindi le due storie di sovrappongono. Sydney con un grande gesto di abilità riesce a liberarsi e a mettere K.O. l'uomo cinese. Va a prendere il progetto di Muller anche se per prenderlo deve distruggere una piccola pallina rossa. Distrugge il laboratorio e torna all' SD-6 consegnando a Sloane quello che voleva, dicendogli che è tornata. Ma in realtà lei va dalla vera CIA a fare un esame per entrare per fare il doppio-gioco e incontra Vaughn e Weiss.
Ora Sydney è al cimitero e incontra il padre, in realtà anche lui fa il doppio-gioco per la CIA e le comunica che anche lei è dentro!