L'INIZIO
Sydney dopo aver avuto uno scontro con Vaughn si rende conto che il suo lavoro sarà più lungo di quanto pensasse.
Will comincia ad indagare sulla morte del fidanzato di Sydney e scopre che Danny aveva prenotato un volo per Singapore, Sydney comunque poi riesce a scoprire che Jack aveva comprato il biglietto per Danny nella speranza di salvarlo.
Sydney ritorna a lavorare all'SD-6 e riceve l'incarico da Sloane di andare con Dixon a Mosca per intercettare e recuperare alcuni file rubati ed appartenenti ad arsenali nucleari sovietici-americani. Sydney e Dixon riescono a recuperare i documenti e Sydney riesce anche a far copiare a Vaughn le informazioni contenute nel dischetto senza essere vista da Dixon.
Dopo il recupero delle informazioni Sydney viene mandata dall' SD-6 in un cimetero per recupera un disposito della Guerra Fredda; aperta la tomba con il nome Ivanov appare il dispositivo pronto ad esplodere; ma grazie a Marshall la bomba viene disattivata in tempo.
Dopo la missione Vaughn
informa Sydney che l' SD-6 ha venduto il dispositivo ad Hassan e siccome lei lo
conosce si reca ad Al Cairo. Trovata la bomba recupera il nucleo ma quando è
pronta a ripartire si ritrova Hassan che le punta una pistola alla testa...
Nel frattempo a Vaughn viene tolto il caso Bristow e viene affidato ad un agente
con più esperienza.