SCOPERTE

Dopo la morte dei quattro agenti della CIA nell'esplosione dell'impianto a Badenweiler, Sydney rimane sconvolta e viene richiamata da Dixon a concludere la loro missione dell'SD-6 e tornare a casa. Sydney continua a lottare contro la verità sull'SD-6 con cui non può parlare con Dixon, mentre Vaughn la convince che non può parlarne con Dixon per evitare pericoli alla vita e alla famiglia dell'uomo.
Dopo il suo ritorno, Sydney scopre che Jack adesso lavorerà insieme con lei all'SD-6 dopo aver terminato il suo lavoro sotto copertura alla Jennings Aerospace. Ma dopo aver letto la cartella della CIA relativa a suo padre che Vaughn le ha passato, Sydney va a trovare la vedova dell'agente Calder dell'FBI, ed inizia a formarsi un'idea che le attività sospette di Jack hanno portato 20 anni prima alla morte di sua madre, e ciò crea una tensione ancora maggiore tra Sydney e Jack.
La CIA continua a scaricare il database dell'SD-6 tramite il worm impiantato nella loro rete tramite un controllo software invisibile, tuttavia Marshall si accorge della fuga di informazioni e fa rapporto a Sloane, che sospetta l'esistenza di una talpa all'interno dell'SD-6.
Nel frattempo, Charlie rivela finalmente a Francie il suo segreto: non ha una relazione con un'altra donna e non ha intenzione di lasciarla, e quella Rachel che lei aveva visto è una pianista con cui nelle ultime settimane si è preparato segretamente per perseguire il suo sogno di diventare cantante. Francie non ha mai sentito Charlie cantare e teme che faccia una figuraccia, ma Charlie la invita al suo debutto ad un night club e Francie è contenta di ascoltare la sua bella voce.
Will scopre la vera identità della donna che diceva di essere Kate Jones e di avere una relazione con Danny, ma quando si presenta a casa sua Eloise (il vero nome di Kate) gli butta addosso lo spray anti-aggressioni e lo manda via. In seguito, Eloise chiama Will al cellulare e spiega di essere stata pagata per impersonare Kate e dire quella storia sulla relazione con Danny, ma quando Will il giorno dopo va da lei per sapere maggiori dettagli della storia trova l'appartamento della donna svuotato e ripitturato...
La nuova missione di Sydney e Dixon è di recuperare un decodificatore protetto geneticamente dalla FTL, un sofisticato dispositivo di criptologia, da un operativo di nome Smythe, che possiede una galleria d'arte a Londra. Dixon impersona un ricco compratore, e distrae Smythe abbastanza a lungo perchè Sydney riesca ad irrompere nell'ufficio pieno di contromisure di sicurezza del proprietario, evitando che una minacciosa guardia di sicurezza la scopra, e recuperare il dispositivo. Con il decodificatore nelle mani dell'SD-6, Marshall scopre che il dispositivo è criptato sul DNA di un individuo, esemplificato da un pezzetto di pelle dall'impronta digitale.
L'SD-6 ha bisogno dell'impronta digitale di Gareth Parkashoff, adesso deceduto e su cui è progettato il dispositivo, e il cui luogo di sepoltura è ignoto a tutti tranne che al suo assassino. Nelle vesti di una paziente, Sydney va a Bucarest e si infiltra nel manicomio dove si è fatto ricoverare Martin Shepard, killer di Parkashoff. Con l'aiuto dell'agente Fisher dell'SD-6, che finge di essere il dott. Carlos Fontanetta, lo psichiatra che la sta facendo ricoverare, la missione di Sydney è andare a Bucarest, in Romania, e farsi rivelare da Shepard le coordinate dov'è sepolto il corpo recitando un verso da una poesia di John Donne, la chiave con cui questo assassino è stato programmato ad eseguire ogni cosa che gli viene chiesta.
Sydney è portata nel manicomio subito dopo l'arrivo in Romania all'istituto Mangalev... ma la sua impresa si prova più complessa del previsto, dato che la CIA scopre troppo tardi che l'istituto è retto da Kreshnik, un agente del Direttorio K. E quando Sydney, dopo aver tentato senza successo di chiedere a Shepard l'informazione ed aver rischiato di farsi strangolare, trova l'agente Fisher con la gola tagliata, i cancelli del manicomio sembrano essersi chiusi per sempre per lei...

Le scoperte di questo episodio...
-Sydney scopre che l'agente Calder dell'FBI era l'uomo scomparso con sua madre nell'incidente di 20 anni prima, come verifica dall'articolo del giornale che aveva conservato, dunque sua madre è probabilmente morta a causa delle attività sospette di suo padre Jack con il KGB.
-Ecco i versi che servono per sbloccaare Shepard: "Nessun uomo è un'isola, unica in se stessa, ognuno è parte di un continente".